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生物群集全体と各2種間相互作用との関係を人工生態系での総当たり実験により解明する

研究課題

研究課題/領域番号 20K06825
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分45040:生態学および環境学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所 (2021-2023)
大阪大学 (2020)

研究代表者

細田 一史  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 客員研究員 (30515565)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2022年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2021年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2020年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード実験生態系 / 人工生態系 / 生物群集 / 種間相互作用 / 微生物 / 適応
研究開始時の研究の概要

生態系における生物群集は、しばしば2種間相互作用の総和として理解される。しかし各2種間が全てわかれば群集全体がわかるというわけではない。では全ての2種間がわかれば、どれだけ全体が予測できるのか?逆に全体からは、どれだけ2種間が予測できるのか?
本研究では、微生物による人工生態系を用いて「群集全体と各2種間総和の関係」を解明する。具体的には、微生物12種を混合した人工生態系をつくる。一方で、単種および2種の全組み合わせを調べて全種と比較し、これらの関係を明らかにする。本研究の解明により「各生物種の生態」と「群集や生態系」がより強くつながれば、生態学のさらなる発展促進が期待される。

研究成果の概要

本研究の成果として、単種と2種の動態の情報だけでは、全種の動態を予想できない部分が多いことが分かった。つまり単純な人工生態系でさえ3種以上の非線形の関係が存在していた。さらに、離散性や適応に起因する確率的な動態も観察された。全てわかった後であれば、単種、2種、全種の系の全てを矛盾なく一つの数理モデルで説明できた。一方で、ある程度安定化した生態系の安定性に関しては、その個体数や動態の情報を使用せずとも、種の存在の情報だけで予測できることが分かった。この結果は捕食を含まない微生物実験生態系とは異なり、逆に自然湿地生態系と似ていた。この人工生態系での解明は、より一般的な生態系の理解に役立つだろう。

研究成果の学術的意義や社会的意義

生態系サービスの劣化が顕著な今、各個体群と生態系全体を同時に捉えてその関係を理解することは、人類にとって急務です。本研究では人工生態系について、この関係を解明しました。またそれだけでなく、生態系の安定性に関して、粗いマクロな指標として複数の多様性指標を比較し、最もシンプルな種数という多様性指標の有効性を示しました。これらの結果は自然生態系に直接適用できるわけではないでしょう。しかし、数理モデルよりも現実的であり、かつ、多くの実験生態系よりもデザイン性と多様性に優れ、圧倒的にハイスループットである本研究の人工生態系は、理論的理解と自然生態系のシームレスな橋渡しに大きく貢献するでしょう。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2024 2023 2021 2020

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件、 招待講演 9件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Synthetic model ecosystem of 12 cryopreservable microbial species allowing for a noninvasive approach2024

    • 著者名/発表者名
      Hosoda Kazufumi、Seno Shigeto、Murakami Naomi、Matsuda Hideo、Osada Yutaka、Kamiura Rikuto、Kondoh Michio
    • 雑誌名

      Biosystems

      巻: 235 ページ: 105087-105087

    • DOI

      10.1016/j.biosystems.2023.105087

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biodiversity and Constrained Information Dynamics in Ecosystems: A Framework for Living Systems2023

    • 著者名/発表者名
      Hosoda Kazufumi、Seno Shigeto、Kamiura Rikuto、Murakami Naomi、Kondoh Michio
    • 雑誌名

      Entropy

      巻: 25 号: 12 ページ: 1624-1624

    • DOI

      10.3390/e25121624

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Synthetic symbiosis between a cyanobacterium and a ciliate toward novel chloroplast-like endosymbiosis2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Azuma, Saburo Tsuru, Masumi Habuchi, Risa Takami, Sotaro Takano, Kayo Yamamoto & Kazufumi Hosoda
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 6104-6104

    • DOI

      10.1038/s41598-023-33321-w

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A model ecosystem of twelve cryopreservable microbial species allowing for a non-invasive approach2020

    • 著者名/発表者名
      Hosoda Kazufumi、Seno Shigeto、Murakami Naomi、Matsuda Hideo、Osada Yutaka、Kondoh Michio
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: 2020.10.23.351742 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1101/2020.10.23.351742

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] 生命とは何か、何がわかれば嬉しいのだろうか:人工細胞、人工生態系、人工知能を例に2023

    • 著者名/発表者名
      細田 一史
    • 学会等名
      第16回生物学基礎論研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Perspectives on ecosystems as biofluids2021

    • 著者名/発表者名
      Kazufumi Hosoda
    • 学会等名
      Biofluids 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A high-throughput synthetic microbial ecosystem: stochastic community dynamics, inter-ecosystem interactions, predictions and controls2021

    • 著者名/発表者名
      Kazufumi Hosoda
    • 学会等名
      Symposium of Ecological Society of Japan Kanto Branch
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] モデル生態系として人工的に設計された微生物群集2021

    • 著者名/発表者名
      細田 一史, 村上 なおみ, 瀬尾 茂人, 長田 穣, 松田 秀雄, 近藤 倫生, 古澤 力
    • 学会等名
      京都大学生態学研究センターワークショップ:微生物を軸とした群集構造研究の統合とさらなる展開
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 無数の実験生態系から生命の法則を探る2021

    • 著者名/発表者名
      細田 一史
    • 学会等名
      脳情報通信融合研究センターBFIセミナー
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 無数の小世界をつくって生命の法則にたどり着きたい2020

    • 著者名/発表者名
      細田 一史
    • 学会等名
      京都大学MACSセミナー
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 1万を超える人工生態系により生態系と生命の謎に迫る2020

    • 著者名/発表者名
      細田 一史
    • 学会等名
      生態研セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生物進化と生態系変化の制約にモデル人工生態系で迫る2020

    • 著者名/発表者名
      細田 一史, 村上 なおみ, 瀬尾 茂人, 長田 穣, 松田 秀雄, 近藤 倫生, 古澤 力
    • 学会等名
      日本進化学会第22回オンライン大会企画シンポジウム「システム頑健性と進化可能性」
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 今や簡単に家管理、ラボ管理、実験機器連携が低コストかつ思いつきで自動化できる2020

    • 著者名/発表者名
      細田 一史
    • 学会等名
      Laboratory Automation勉強会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] 生体の科学、特集「生物物理学の進歩―生命現象の定量的理解へ向けて」、人工生態系の生物物理2021

    • 著者名/発表者名
      細田一史
    • 総ページ数
      5
    • 出版者
      医学書院
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
  • [図書] システム/制御/情報、「複雑ネットワーク研究の最前線特集号」、生命システムにおける複雑ネットワークとその制御2021

    • 著者名/発表者名
      細田一史, 瀬尾茂人
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      一般社団法人 システム制御情報学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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