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非共有結合性阻害剤の探索を目的としたペニシリン認識酵素のX線結晶解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K07484
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分49050:細菌学関連
研究機関城西国際大学

研究代表者

額賀 路嘉  城西国際大学, 薬学部, 教授 (20251150)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2023年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2022年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードβ-ラクタマーゼ / ペニシリン結合タンパク質 / 抗生物質 / X線結晶解析 / 分子動力学計算 / 耐性菌 / 抗菌薬 / カルバペネマーゼ / メチシリン耐性黄色ブドウ球菌 / バークホルデリア・セパシア細菌群 / カルバペネム / 第五世代セフェム / 薬剤耐性 / ARM / 抗生物質耐性 / X線結晶解析 / MRSA / PBP / 構造生物学 / 細胞壁合成阻害剤
研究開始時の研究の概要

β-ラクタム系抗生物質は、ペニシリン結合タンパク質(PBP)に対する優れた阻害剤であり、中でもカルバペネム系薬は耐性要因であるセリンβ-ラクタマーゼにも優れた結合性を示す。しかしながら、これらは、活性中心と共有結合で結ばれたアシル中間体を阻害形態としており、アミノ酸置換などの変異により、耐性菌が生まれやすい。
本研究では、MRSAの耐性要因であるPBP2aと代表的カルバペネマーゼであるBurkholderia multiviorans由来PenAを材料にしてX線結晶構造解析、分子動力学計算、化合物データベース検索などを行い、既知阻害剤の阻害メカニズム研究と新規阻害剤探索を行う。

研究成果の概要

抗生物質耐性は医療上の大きな問題である。本研究では特にβ-ラクタム系薬耐性に着目し、MRSA由来のPBP2a(ペニシリン結合タンパク質)とBurkholderia multiviorans由来、PenAカルバペネマーゼを対象にし、X線結晶解析と分子動力学計算を中心とした研究を行った。MRSAのPBP2aは既知のセフタロリン複合体の知見をもとに結晶化条件を見直し、アロステリック阻害剤の可能性について検討した。PenAカルバペネマーゼについては、その変異酵素を作成し、立体構造とその動きを予想することによってカルバペネム耐性や阻害剤耐性に関する知見を得た。

研究成果の学術的意義や社会的意義

抗生物質耐性菌は世界的な問題で、新しい抗菌剤の開発は急務である。本研究では、最後の切り札的に利用されているカルバペネム系薬耐性の主要因であるカルバペネマーゼの保存性アミノ酸R220とE166の変異酵素の研究を通して、PenAカルバペネマーゼの反応機構におけるタンパク質の動きの重要性を示すとともに、これまで一般的だったツールとしてのE166の問題点を提唱することができた。MRSAのPBP2aの研究では、アロステリック阻害剤の可能性を示した。完了していない部分が多いのではあるが、今後、研究を完成させ発表していきたい。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2024 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)

  • [国際共同研究] CWRU-Cleveland VAMC Center(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Louis Stokes Cleveland VAMC(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Louis Stokes Cleveland VAMC Cleveland(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Development of Inhibitory Compounds for Metallo-beta-lactamase through Computational Design and Crystallographic Analysis2024

    • 著者名/発表者名
      Kamo Taichi、Kuroda Keiichi、Nimura Saki、Guo Yan、Kondo Shota、Nukaga Michiyoshi、Hoshino Tyuji
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: - 号: 10 ページ: 1278-1286

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.4c00069

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of the Inhibitory Compounds for Metallo-β-lactamases and Structural Analysis of the Binding Modes2021

    • 著者名/発表者名
      Kamo T, Kuroda K, Kondo S, Hayashi U, Fudo S, Yoneda T, Takaya A, Nukaga M, Hoshino T.
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 69 号: 12 ページ: 1179-1183

    • DOI

      10.1248/cpb.c21-00611

    • NAID

      130008123292

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2021-12-01
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Assessing the Potency of β-Lactamase Inhibitors with Diverse Inactivation Mechanisms against the PenA1 Carbapenemase from Burkholderia multivorans.2021

    • 著者名/発表者名
      Nukaga M, Yoon MJ, Taracilia MA, Hoshino T, Becka SA, Zeiser ET, Johnson JR, Papp-Wallace KM
    • 雑誌名

      ACS Infect Dis.

      巻: 7 号: 4 ページ: 826-837

    • DOI

      10.1021/acsinfecdis.0c00682

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Burkholderia multivorans由来の薬剤耐性因子PenRのX線結晶構造解析2024

    • 著者名/発表者名
      渋谷 明日香、坂本 翔、星野 忠次、Maria F Mojica、額賀 路嘉
    • 学会等名
      日本薬学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Characterizing the resistance mechanisms present in an unusually, highly multi-drug resistant isolate of Burkholderia multivorans(ASM Microbe online, ePoster)2020

    • 著者名/発表者名
      M. Nukaga, S. A. Becka, E. T. Zeiser, J. J. LiPuma, K. M. Papp-Wallace
    • 学会等名
      5th ASM Microbe Meeting
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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