| 研究課題/領域番号 |
20K08926
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分55010:外科学一般および小児外科学関連
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
直居 靖人 大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい教授 (30646211)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | RNA sequence / マイクロアレイ / Curebest 95GC / 乳癌 / 多遺伝子診断法 / 網羅的遺伝子発現解析 / 多重遺伝子診断法 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
乳癌の再発予測法の開発は臨床現場のニーズが高い。我々は再発予測精度が高い多重遺伝子診断法として、マイクロアレイによる原発巣の95個遺伝子発現値を用いた再発予測法95GC（製品名 Curebest 95GC）を開発した。現在、国内112病院施設にて採用されている。
しかしながら本法では旧来のマイクロアレイ法を用いるため、遺伝子発現情報しか得られないことが将来の発展の妨げになっている。
そこで本研究の目的は、Curebest 95GCをRNA-Seqでも解析可能なようにして、発現情報のみならず融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる新たな検査法として改良することである。
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| 研究成果の概要 |
本研究の目的は、Curebest 95GCをマイクロアレイのみならず、RNA-Seqでも解析可能なように改良することである。本研究では最初に32例ペア（マイクロアレイ＆RNAseq）のトレーニングセットを対象に、マイクロアレイと相関性が高くなるような新規のRNA-Seq発現量算出法を開発した。
次に117例ペアの独立したValidation setを対象に、95GCスコア（再発Lowリスク群：0-50、再発Highリスク群：51-100）の相関性を検証したところ、R=0.94と高い相関性を確認できた。これをもって95GCのRNAseqへのプラットフォーム移行は可能であると考えられた。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
乳癌の再発予測法の開発は、術後補助化学療法の適応を決定する上で臨床現場のニーズが高い。我々は多重遺伝子診断法としてマイクロアレイによる原発巣の95個遺伝子発現値を用いた再発予測法 Curebest 95GC を開発し、2013年に実用化し、乳癌診療ガイドライン2015に掲載された。現在、国内121病院にて採用されている。本研究の目的は、Curebest 95GCをマイクロアレイのみならず、RNA-Seqでも解析可能なようにすることである。この事により一回の95GCの検査で、発現情報のみならず遺伝子変異、融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる可能性があり有意義である。
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