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超小型シークエンサーを用いた周術期感染症のオンサイト迅速モニタリング技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K09419
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分56020:整形外科学関連
研究機関関西医科大学

研究代表者

串田 剛俊  関西医科大学, 医学部, 非常勤講師 (70411527)

研究分担者 松尾 禎之  関西医科大学, 医学部, 講師 (50447926)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード次世代シーケンサー / MinION / インプラント感染 / NGS / 脊椎術後感染 / SSI / 次世代シークエンサー / オンサイト迅速モニタリング
研究開始時の研究の概要

超高齢社会に伴い、整形外科での関節及び脊椎へのインストゥールメンテーションは全国的に増加している。
しかし、非生体素材であるインプラントは細菌感染に弱いため、インプラント感染の診断が遅れると、インプラント抜去を要することが多く、その予後は不良である。
そこで、本研究では次世代シークエンサーであるMinIONを使用し、早期診断システムの有用性を確認することで、これまで不可能であった術後経過に伴う細菌プロファイルの変動と病態との関連性を明らかにし、より適切な感染予防・抗菌治療の実現に繋がるエビデンス構築を目指す。

研究成果の概要

報告者らはMinIONを活用した細菌の迅速同定法を確立し感染症診断に大きな変革をもたらすことを目標に、頚椎術後早期の患者を対象に検体の採取、sequencingを行い、術後早期感染の検出に有効であるかの検証を行なう予定であった。しかし新型コロナ感染症の蔓延による手術症例数の低下および当院の手術法の特色である低侵襲脊椎手術によるインプラント感染の発生の低下により対象症例の確保が困難で、感染症例のデータ蓄積が困難であった。
以上から、MinIONを用いた周術期インプラント感染の早期診断法は確立できなかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

今回、インプラント感染症例がほとんど発生しなかったことによりMinIONを用いた周術期インプラント感染の早期診断法は確立できなかったが、当院で行われている低侵襲脊椎固定手術手技はインプラント感染の予防に大きく貢献していることが明らかであり、80歳以上の高齢者、糖尿病、アレルギー性皮膚炎、抗リウマチ薬、免疫抑制薬の内服などの免疫機能低下を来す併存症を有する患者には非常に有用であることが本研究が成立しなかった点からも実証されたと言える。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] MinION, a portable long-read sequencer, enables rapid vaginal microbiota analysis in a clinical setting2022

    • 著者名/発表者名
      Komiya Shinnosuke、Matsuo Yoshiyuki、Nakagawa So、Morimoto Yoshiharu、Kryukov Kirill、Okada Hidetaka、Hirota Kiichi
    • 雑誌名

      BMC Medical Genomics

      巻: 15 号: 1 ページ: 68-68

    • DOI

      10.1186/s12920-022-01218-8

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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