• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

グラフ構造に対する実用的な最適化・列挙アルゴリズムの理論設計と実装開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K11691
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分60020:数理情報学関連
研究機関京都大学

研究代表者

永持 仁  京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)

研究分担者 Shurbevski A  京都大学, 情報学研究科, 助教 (70750230)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード離散最適化 / グラフ理論 / アルゴリズム / 整数計画法 / 動的計画法 / ケモインフォマティックス / グラフ・ネットワーク / 計算量
研究開始時の研究の概要

情報工学的諸問題の多くは離散構造を有しており、これらを離散最適化問題として定式化することで数学的に高度な議論の適用が可能になる。しかし一般に、分枝限定法、動的計画法や整数計画法などの汎用的手法を原理的に適用するだけでは、効率の良いアルゴリズムを得ることは期待できない。本研究では、広範な現実問題が共有する数学的な構造としてグラフ・ネットワーク構造などを抽出し、構造特性を利用したアルゴリズムを設計することを目指す。

研究成果の概要

グラフ描画において,直線描画と上向き描画を拡張した理論,および,1-平面再埋め込み可能性を導出した.各点にアイテムが与えられたグラフから共通アイテムの集合が極大となる誘導連結部分グラフを列挙する多項式遅延アルゴリズムを設計した.点対比較可能グラフ(PCG)を特定する方法を線形計画法の択一定理と整数計画法への定式化を利用することにより構築した.学習済みの人工ニューラルネットワークを用いて,指定の物性値を有する化学グラフを設計する問題を整数計画問題として定式化を行い,整数計画問題を解いて得られた化学グラフの構造異性体を列挙するアルゴリズムの設計・実装を行った.

研究成果の学術的意義や社会的意義

オペレーションズ・リサーチ(OR)の手法である数理計画法(線形計画法・整数計画法など)とコンピュータサイエンス(CS)の離散構造列挙アルゴリズムを組み合わせることで,グラフ構造の数学的問題を解き,化学グラフ列挙決システムを構築した.本研究で示した方法論は,学術的には新しい研究分野の創成につながる可能性がある点で重要である.また,計算機で化合物の分子構造を自動設計するシステムは実装・公開しており,今後利用が広まれば社会的にも大きな影響を与えると考えられる.

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (33件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 5件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 11件) 図書 (1件) 備考 (4件)

  • [国際共同研究] シドニー大学(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] シドニー大学(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 電子科学技術大学(中国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Enumeration of Support-Closed Subsets in Confluent Systems2022

    • 著者名/発表者名
      Haraguchi Kazuya、Nagamochi Hiroshi
    • 雑誌名

      Algorithmica

      巻: - 号: 5 ページ: 1279-1315

    • DOI

      10.1007/s00453-022-00927-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A New Approach to the Design of Acyclic Chemical Compounds Using Skeleton Trees and Integer Linear Programming2022

    • 著者名/発表者名
      F. Zhang, J. Zhu, R. Chiewvanichakorn, A. Shurbevski, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Applied Intelligence

      巻: - 号: 15 ページ: 17058-17072

    • DOI

      10.1007/s10489-021-03088-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] On the enumeration of minimal non-pairwise compatibility graphs2022

    • 著者名/発表者名
      Naveed Ahmed Azam, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Journal of Combinatorial Optimization

      巻: 44 号: 4 ページ: 2871-2892

    • DOI

      10.1007/s10878-021-00799-x

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Novel Method for Inferring Chemical Compounds with Prescribed Topological Substructures Based on Integer Programming2021

    • 著者名/発表者名
      J. Zhu, N. A. Azam, F. Zhang, A. Shurbevski, K. Haraguchi, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 雑誌名

      Transaction on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: - 号: 6 ページ: 3233-3245

    • DOI

      10.1109/tcbb.2021.3112598

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Re-embedding a 1-Plane Graph for a Straight-line Drawing in Linear Time2021

    • 著者名/発表者名
      S. Hong, H. Nagamochi
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 892 ページ: 132-154

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2021.09.015

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A novel method for inference of acyclic chemical compounds with bounded branch-height based on artificial neural networks and integer programming2021

    • 著者名/発表者名
      Azam Naveed Ahmed、Zhu Jianshen、Sun Yanming、Shi Yu、Shurbevski Aleksandar、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      Algorithms for Molecular Biology

      巻: 16 号: 1 ページ: 18-18

    • DOI

      10.1186/s13015-021-00197-2

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A Method for Enumerating Pairwise Compatibility Graphs with a Given Number of Vertices2021

    • 著者名/発表者名
      N. A. Azam, Aleksandar Shurbevski, H. Nagamochi
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics

      巻: 303 ページ: 171-185

    • DOI

      10.1016/j.dam.2020.08.016

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 機械学習QSARの整数計画法に基づく逆解析法2021

    • 著者名/発表者名
      NAGAMOCHI Hiroshi、ZHU Jianshen、AZAM Naveed Ahmed、HARAGUCHI Kazuya、ZHAO Liang、AKUTSU Tatsuya
    • 雑誌名

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      巻: 20 号: 3 ページ: 106-111

    • DOI

      10.2477/jccj.2021-0030

    • NAID

      130008130265

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An Inverse QSAR Method Based on a Two-Layered Model and Integer Programming2021

    • 著者名/発表者名
      Shi Yu、Zhu Jianshen、Azam Naveed Ahmed、Haraguchi Kazuya、Zhao Liang、Nagamochi Hiroshi、Akutsu Tatsuya
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 6 ページ: 2847-2847

    • DOI

      10.3390/ijms22062847

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Group Strategy-proof Mechanisms for Shuttle Facility Games2020

    • 著者名/発表者名
      Yuhei Fukui, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Journal of Information Processing

      巻: 28 号: 0 ページ: 976-986

    • DOI

      10.2197/ipsjjip.28.976

    • NAID

      130007956357

    • ISSN
      1882-6652
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Enumerating tree-like graphs and polymer topologies with a given cycle rank2020

    • 著者名/発表者名
      Naveed Ahmed Azam, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Entropy

      巻: 22 号: 11 ページ: 1295-1295

    • DOI

      10.3390/e22111295

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterizing star-PCGs2020

    • 著者名/発表者名
      Mingyu Xiao, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Algorithmica

      巻: 82 号: 10 ページ: 3066-3090

    • DOI

      10.1007/s00453-020-00712-8

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] An efficient algorithm to count tree-like graphs with a given number of vertices and self-loops2020

    • 著者名/発表者名
      Naveed Ahmed Azam, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Entropy

      巻: 22 号: 9 ページ: 923-923

    • DOI

      10.3390/e22090923

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A novel method for inference of chemical compounds of cycle index two with desired properties based on artificial neural networks and integer programming2020

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Chenxi Wang, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Algorithms

      巻: 13 号: 5 ページ: 124-124

    • DOI

      10.3390/a13050124

    • NAID

      120006993972

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Adjustive linear regression and its application to the inverse QSAR2022

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Kazuya Haraguchi, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      13th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular design based on integer programming and quadratic descriptors in a two-layered model2022

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Shengjuan Cao, Ryota Ido, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi and Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 21st International Conference on Bioinformatics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Adjustive Linear Regression and Its Application to the Inverse QSAR2022

    • 著者名/発表者名
      J. Zhu, K. Haraguchi, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      The 13th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2022)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular Design Based on Artificial Neural Networks, Integer Programming and Grid Neighbor Search2021

    • 著者名/発表者名
      N. A. Azam, J. Zhu, K. Haraguchi, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      The IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An Inverse QSAR Method Based on Decision Tree and Integer Programming2021

    • 著者名/発表者名
      K. Tanaka, J. Zhu, N. A. Azam, K. Haraguchi, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      The 17th International Conference on Intelligent Computing
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An Improved Integer Programming Formulation for Inferring Chemical Compounds with Prescribed Topological Structures2021

    • 著者名/発表者名
      J. Zhu, N. A. Azam, K. Haraguchi, L. Zhao, H. Nagamochi, T. Akutsu
    • 学会等名
      The 34th International Conference on Industrial, Engineering & Other Applications of Applied Intelligent Systems (IEA/AIE 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Experimental results of a dynamic programming algorithm for generating chemical isomers based on frequency vectors2020

    • 著者名/発表者名
      Naveed Ahmed Azam, Jianshen Zhu, Ryota Ido, Hiroshi Nagamochi,Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The Fourth International Workshop on Enumeration Problems and Applications
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Path-monotonic upward drawings of plane graphs2020

    • 著者名/発表者名
      Seok-Hee Hong, Hiroshi Nagamochi
    • 学会等名
      The 26th International Computing and Combinatorics Conference
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] On the enumeration of minimal non-pairwise compatibility graphs2020

    • 著者名/発表者名
      Naveed Ahmed Azam, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • 学会等名
      The 26th International Computing and Combinatorics Conference
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A novel method for the inverse QSAR/QSPR to monocyclic chemical compounds based on artificial neural networks and integer programming2020

    • 著者名/発表者名
      Ren Ito, Naveed Ahmed Azam, Chenxi Wang, Aleksandar Shurbevski,Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 21st International Conference on Bioinformatics & Computational Biology
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A new integer linear programming formulation to the inverse QSAR/QSPR for acyclic chemical compounds using skeleton trees2020

    • 著者名/発表者名
      F. Zhang, J. Zhu, R. Chiewvanichakorn, A. Shurbevski, H. Nagamochi,T. Akutsu
    • 学会等名
      The 33rd International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] ケモインフォマティクスにおけるデータ解析の進め方と具体的応用法2023

    • 著者名/発表者名
      永持仁(分担執筆)
    • 出版者
      技術情報協会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 京都大学情報学研究科離散数理分野ホームページ

    • URL

      https://www-or.amp.i.kyoto-u.ac.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 化学グラフの構造推定を行う計算プログラムのサイト

    • URL

      https://github.com/ku-dml/mol-infer

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 分子構造設計アルゴリズムに開発したプログラムコードの公開サイトGitHub

    • URL

      https://github.com/ku-dml/mol-Infer

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] 分子構造設計アルゴリズムに開発したプログラムコードの公開サイト

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi