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深層パラメタ変動ダイナミクスと電荷分布依存ポテンシャル関数を用いた分子動力学法

研究課題

研究課題/領域番号 20K11854
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分60100:計算科学関連
研究機関大阪公立大学 (2023)
兵庫県立大学 (2020-2022)

研究代表者

福田 育夫  大阪公立大学, 大学院理学研究科, 客員教授 (40643185)

研究分担者 森次 圭  大阪公立大学, 大学院理学研究科, 教授 (80599506)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2021年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード分子動力学 / 相互作用計算 / 力学系 / 運動方程式 / サンプリング / 数値積分
研究開始時の研究の概要

分子動力学 (MD) シミュレーションは,生体高分子系や機能材料系等さまざまなマクロな系の分子レベルでの解析を可能にする.本研究の目的は,MD計算において状態サンプリング法の深化と相互作用計算の精密化を行うことである.これにより,大規模・複雑系での状態サンプリングを頑強にし,またシミュレーション結果の信頼性を上げる.この際に,ボトルネックである計算コストの問題を回避する.これらの技術が,物理・化学等の基礎科学分野のみならず,材料工学,薬学等を対象にする幅広い分野で容易に用いられるための研究基盤の確立を目指す.

研究成果の概要

分子動力学(MD) 計算において状態サンプリング法の深化と相互作用計算の精密化を行なった.環境系の分布に付随するパラメタを動力学にする仕組みを開発し,それを実現するパラメタ変動ダイナミクスを構築した.また,物理系の電荷分布の情報を取り込み,系の特徴を掴んだ静電相互作用計算法を構築した.これらにより,大規模・複雑系での状態サンプリングを頑強にし,また相互作用計算を精密に行いシミュレーション結果の信頼性を上げることができる.この実現において,これ迄に進めてきたMD計算の基盤技術の開発と適用結果の知見を展開し,計算コストの問題を回避した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

分子動力学シミュレーションは,生体高分子系や機能材料系等さまざまなマクロな系の分子レベルでの解析を可能にし,生活に大きく影響を与え得る技術の一つになってきている.大規模・複雑系での状態サンプリングを頑強にし,かつシミュレーション結果の信頼性を上げることで,物理・化学等の基礎科学分野,さらには材料工学,環境工学,薬学等を対象にする幅広い分野で容易に用いられるための研究基盤の確立を目指すものである.

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 3件)

  • [雑誌論文] A cutoff-based method with charge-distribution-data driven pair potentials for efficiently estimating electrostatic interactions in molecular systems.2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Junichi Higo, Yoshifumi Fukunishi.
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 159 号: 23 ページ: 234116-234116

    • DOI

      10.1063/5.0172270

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-Ewald Methods for Evaluating the Electrostatic Interactions of Charge Systems: Similarity and Difference2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Haruki Nakamura
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 14 号: 6 ページ: 1315-1340

    • DOI

      10.1007/s12551-022-01029-2

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Analysis of multiple data sequences with different distributions: defining common principal component axes by ergodic sequence generation and multiple reweighting composition2021

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 雑誌名

      IOP SciNotes

      巻: 2 号: 3 ページ: 035201-035201

    • DOI

      10.1088/2633-1357/ac0ac2

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] On Ergodicity for Multi-Dimensional Harmonic Oscillator Systems with Nose--Hoover Type Thermostat2021

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, and Yoshifumi Fukunishi
    • 雑誌名

      Regular and Chaotic Dynamics

      巻: 26 号: 2 ページ: 183-204

    • DOI

      10.1134/s1560354721020064

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Flexibility and cell permeability of cyclic Ras-inhibitor peptides revealed by coupled Nose Hoover equation2021

    • 著者名/発表者名
      Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Narutoshi Kamiya, Junichi Higo, Isao Yasumatsu, Yoshifumi Fukunishi and Ikuo Fukuda
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 4 ページ: 1921-1930

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c01427

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temperature--Energy-Space Sampling Molecular Dynamics: Deterministic and Single-Replica Method Utilizing Continuous Temperature System2020

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 雑誌名

      J. Phys. A: Math. Theor.

      巻: 53 号: 37 ページ: 375004-375004

    • DOI

      10.1088/1751-8121/aba027

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Cutoff-based approach for efficiently calculating electrostatic interactions in molecular simulations: from physical approach to beyond2023

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda, Kei Moritsugu, Yoshifumi Fukunishi
    • 学会等名
      12th International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics sampling scheme utilizing dynamically enforced heat-bath temperature2022

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 学会等名
      11th International Conference on Mathematical Modeling in the Physical Sciences
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics scheme coupling a physical system and an environment system: mathematical structure and enhanced sampling2021

    • 著者名/発表者名
      Ikuo Fukuda and Kei Moritsugu
    • 学会等名
      10th International Conference on Mathematical Modeling in the Physical Sciences
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Enhanced conformational sampling of cyclic peptide cyclorasin by coupled Nose--Hoover equation2020

    • 著者名/発表者名
      Kei Moritsugu, Koh Takeuchi, Yoshifumi Fukunishi, Ikuo Fukuda
    • 学会等名
      CBI学会2020大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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