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巨大な異種混合グラフの深層表現学習による薬物関係抽出

研究課題

研究課題/領域番号 20K11962
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分61030:知能情報学関連
研究機関豊田工業大学

研究代表者

三輪 誠  豊田工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (00529646)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード薬物間相互作用 / DrugBank / 関係抽出 / 深層学習 / 知識グラフ / 表現学習 / BERT / グラフニューラルネットワーク / 畳み込みニューラルネットワーク
研究開始時の研究の概要

薬物の使用・研究開発において、副作用情報を始めとした薬物に関する情報の整理・共有は重要である.
本研究では,薬物に関する情報を,薬物・属性・関連物質・関連文献などの内容も形式も異なる要素がつながった巨大なグラフとみなし,要素の関係が整合するように,それぞれの要素を包括的に表現する深層学習手法を実現し,得られた表現を関係抽出手法に利用し,高精度な関係抽出を目指す.

研究成果の概要

薬物データベースをもとに,薬物の名前・説明文・カテゴリ・関係などの薬物固有の情報に加え,薬物と関連するタンパク質などの様々な種類の情報を含む異種混合グラフを作成し、薬物の説明文や化学式の情報も含めて、すべての情報を有効活用できる表現学習を実現した。
また、薬物データベースの情報を文書からの薬物関係抽出に利用する手法について研究を進め、知識グラフから学習した表現を入力する文書と対応付けたものを入力として、文書からの情報抽出を行う単一の統一されたモデルを実現した。当初はF値80%以上の抽出性能を数値目標としていたが、最終的に85.40%というF値を達成し、当初の数値目標を大幅に上回ることができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

外部データベースに含まれる文書や化学式など異なる形式の情報をそれぞれが機能するように統合して、さらに自然言語処理に有効に機能させることができた、という本研究成果は、様々な情報を用いた情報処理の成功例として学術的意義がある。さらに、本研究自体は対象を薬物関係として限定して評価したものの、提案手法自体は薬物関係以外にも利用可能な汎用なものであり、その発展性、応用可能性も高い手法となっている。
また、薬物関係を高精度に文書から抽出する技術は薬物データベースの整備・拡充に貢献できる。薬物データベース上での表現学習により、未知の薬物間の関係の可能性を提示することも可能となり、創薬候補の提示にも利用できる。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 6件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Large-scale neural biomedical entity linking with layer overwriting2023

    • 著者名/発表者名
      Tsujimura Tomoki、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Informatics

      巻: 143 ページ: 104433-104433

    • DOI

      10.1016/j.jbi.2023.104433

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Contextualized medication event extraction with striding NER and multi-turn QA2023

    • 著者名/発表者名
      Tsujimura Tomoki、Yamada Koshi、Ida Ryuki、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Informatics

      巻: 144 ページ: 104416-104416

    • DOI

      10.1016/j.jbi.2023.104416

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Integrating heterogeneous knowledge graphs into drug?drug interaction extraction from the literature2022

    • 著者名/発表者名
      Asada Masaki、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 39 号: 1

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac754

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Improving Supervised Drug-Protein Relation Extraction with Distantly Supervised Models2022

    • 著者名/発表者名
      Iinuma Naoki、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 雑誌名

      Proceedings of the 21st Workshop on Biomedical Language Processing

      巻: - ページ: 161-170

    • DOI

      10.18653/v1/2022.bionlp-1.16

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Representing a Heterogeneous Pharmaceutical Knowledge-Graph with Textual Information2021

    • 著者名/発表者名
      Asada Masaki、Gunasekaran Nallappan、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 雑誌名

      Frontiers in Research Metrics and Analytics

      巻: 6

    • DOI

      10.3389/frma.2021.670206

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Using Drug Descriptions and Molecular Structures for Drug-Drug Interaction Extraction from Literature2020

    • 著者名/発表者名
      Asada Masaki、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: - 号: 12 ページ: 1739-1746

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btaa907

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 固有表現抽出における大規模言語モデルのLoRAファインチューニングの学習設定の調査2024

    • 著者名/発表者名
      鬼頭泰清, 牧野晃平, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第30回年次大会(NLP2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 他文書の予測を知識グラフに蓄積・利用する文書単位関係抽出2024

    • 著者名/発表者名
      松原拓磨, 辻村有輝, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第30回年次大会(NLP2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] CVAEによる複数データセットからの固有表現抽出2024

    • 著者名/発表者名
      大井拓, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第30回年次大会(NLP2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 文献グラフにおける多項関係の埋め込み2024

    • 著者名/発表者名
      井田龍希, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第30回年次大会(NLP2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 複数の形式・表現の質問を利用した多角的な関係抽出2024

    • 著者名/発表者名
      山田晃士, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第30回年次大会(NLP2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] IDレベル関係抽出における不要な文の自動選択2024

    • 著者名/発表者名
      辻村有輝, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第30回年次大会(NLP2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Distantly Supervised Document-Level Biomedical Relation Extraction with Neighborhood Knowledge Graphs2023

    • 著者名/発表者名
      Takuma Matsubara, Makoto Miwa, Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      The 22nd Workshop on Biomedical Natural Language Processing and BioNLP Shared Tasks
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biomedical Relation Extraction with Entity Type Markers and Relation-specific Question Answering2023

    • 著者名/発表者名
      Koshi Yamada, Makoto Miwa, Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      The 22nd Workshop on Biomedical Natural Language Processing and BioNLP Shared Tasks
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Biomedical Document Classification with Literature Graph Representations of Bibliographies and Entities2023

    • 著者名/発表者名
      Ryuki Ida, Makoto Miwa, Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      The 22nd Workshop on Biomedical Natural Language Processing and BioNLP Shared Tasks
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] テキスト情報の表現を利用した文献グラフの表現学習2023

    • 著者名/発表者名
      片桐脩那, 井田龍希, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第29回年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 近傍知識グラフからの埋め込みを統合利用する文書からの遠距離教師あり関係抽出2023

    • 著者名/発表者名
      松原拓磨, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第29回年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ラベル内容のエンコードとラベル間の制約に基づく補助コーパスを用いた固有表現抽出2023

    • 著者名/発表者名
      大井拓, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第29回年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 文書外の書誌情報と用語情報を組み込んだ文書分類2023

    • 著者名/発表者名
      井田龍希, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第29回年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 複数の質問形式を利用した分類型の質問応答による薬物タンパク質間関係抽出2023

    • 著者名/発表者名
      山田晃士, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第29回年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Span-based and Question Answering-based Medication Event Extraction2022

    • 著者名/発表者名
      Koshi Yamada, Ryuki Ida, Tomoki Tsujimura, Kohei Makino, Makoto Miwa and Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      2022 n2c2/OHNLP Shared Task and Workshop
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Improving Supervised Drug-Protein Relation Extraction with Distantly Supervised Models2022

    • 著者名/発表者名
      Iinuma Naoki、Miwa Makoto、Sasaki Yutaka
    • 学会等名
      Proceedings of the 21st Workshop on Biomedical Language Processing
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 項の表現に着目した質問応答による関係分類2022

    • 著者名/発表者名
      山田晃士, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第28回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 薬学知識グラフ上のヘテロな情報を利用した文献からの薬物相互作用抽出2022

    • 著者名/発表者名
      浅田真生, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第28回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 遠距離教師データの特徴表現を活用した薬物タンパク質間関係抽出2022

    • 著者名/発表者名
      飯沼直己, 三輪誠, 佐々木裕
    • 学会等名
      言語処理学会第28回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] TTI-COIN at BioCreative VII Track 1 Drug-protein interaction extraction with external database information2021

    • 著者名/発表者名
      Naoki Iinuma, Masaki Asada, Makoto Miwa, and Yutaka Sasaki
    • 学会等名
      BioCreative VII Workshop
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] tticoin/PharmaHKG-Text

    • URL

      https://github.com/tticoin/PharmaHKG-Text

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] DESC_MOL-DDIE

    • URL

      https://github.com/tticoin/DESC_MOL-DDIE

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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