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相空間幾何学に基づく動力学的反応経路図の自動作成法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K15224
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

水野 雄太  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (10846348)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2023年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2022年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2021年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2020年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード化学反応動力学 / 相空間幾何学 / 非統計的化学反応 / Voronoi分割 / 教師あり主成分分析 / Lie正準変換摂動論 / 第一原理分子動力学法 / 化学反応ダイナミクス / 化学反応ネットワーク
研究開始時の研究の概要

化学反応経路図は,反応機構の解明や反応速度・選択性の予測に不可欠な学術的基盤である.しかし,従来の反応経路図の作成法には,化学反応における分子の運動の効果を考慮していないという問題点がある.そこで本研究では,分子の運動を幾何学的観点から捉える数学的理論である相空間幾何学に基づき,分子の運動の効果も考慮した反応経路図自動作成プログラムを開発する.これにより,実在の化学反応の動力学的反応機構の系統的解明と反応速度・選択性の系統的予測のための学術的基盤の構築を目指す.

研究成果の概要

我々は,動力学効果を考慮した反応経路図の計算機による自動作成を目指し,相空間幾何学に基づくアルゴリズムを開発した.具体的には,動力学的反応経路図の作成の基礎となるReactive Islandとよばれる相空間構造を分子動力学シミュレーションを利用して効率的に計算するために,(1)Voronoi分割を用いたReactive Islandの効率的計算アルゴリズムや(2)教師あり主成分分析を用いた反応性クラスの低次元射影アルゴリズムなどを開発した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

動力学効果の考慮が不可欠な化学反応の報告例は,有機化学反応から生体内反応まで多数ある.これらの化学反応の反応機構は,分子動力学シミュレーションの結果から発見的に解明されてきた.しかし,このような発見的研究法では,重要な反応経路を見落とす可能性がある,反応速度の予測が困難である,などの問題がある.本研究で開発したアルゴリズムは,動力学的反応経路図を作成するための要素技術であり,動力学効果を考慮した化学反応の系統的・予測的研究に資すると期待される.

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 5件)

  • [雑誌論文] An algorithm for computing phase space structures in chemical reaction dynamics using Voronoi tessellation2021

    • 著者名/発表者名
      Mizuno Yuta、Takigawa Mikoto、Miyashita Saki、Nagahata Yutaka、Teramoto Hiroshi、Komatsuzaki Tamiki
    • 雑誌名

      Physica D: Nonlinear Phenomena

      巻: 428 ページ: 133047-133047

    • DOI

      10.1016/j.physd.2021.133047

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A Phase Space Structure Analysis of Chemical Reaction Dynamics Using Supervised Dimensionality Reduction2023

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Energy Landscapes: Theory and Applications
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An analysis of Chemical Reaction Dynamics in DImensionally Reduced Phase Space2023

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Visualization of Chemical Reaction Phase Space Using Supervised Dimensional Reduction Method2023

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 24th RIES-HOKUDAI International Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 教師つき次元縮約を用いた化学反応動力学の相空間構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      田中 綾一, 水野 雄太, 堤 拓朗, 戸田 幹人, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第25回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] An algorithm for computing phase space structures in chemical reaction dynamics using Voronoi tessellation2022

    • 著者名/発表者名
      Yuta Mizuno, Mikoto Takigawa, Saki Miyashita, Yutaka Nagahata, Hiroshi Teramoto, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      37th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Theoretical Study of Organic Reaction Dynamics in a Low Dimensional Space Reduced by Principal Component Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Ryoichi Tanaka, Yuta Mizuno, Takuro Tsutsumi, Mikhail Tsitsvero, Mikito Toda, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      37th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 主成分分析を用いた次元縮約法による化学反応動力学の相空間構造の可視化2022

    • 著者名/発表者名
      田中 綾一, 水野 雄太, 堤 拓朗, チツベロ ミカイル, 戸田 幹人, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第45回ケモインフォマティクス討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 化学反応の特徴を保ちながら効果的に自由度を縮約する手法の研究2022

    • 著者名/発表者名
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 戸田幹人, 武次徹也, 小松崎民樹
    • 学会等名
      化学系学協会北海道支部2022年冬季研究発表会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 主成分分析による自由度の削減手法の開発 : [1,3]シグマトロピー転移の類似反応を例に2021

    • 著者名/発表者名
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 武次徹也, 小松崎民樹
    • 学会等名
      第23回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 主成分分析により抽出した少数自由度におけるハミルトン系の構成2021

    • 著者名/発表者名
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 武次徹也, 小松崎民樹
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] AFIR法を用いた化学反応における動的効果の研究:1, 3-シグマトロピー転移の類似反応を例に2021

    • 著者名/発表者名
      田中綾一, 水野雄太, 堤拓朗, ミカイルチツベロ, 武次徹也, 小松崎民樹
    • 学会等名
      化学系学協会北海道支部2021年冬季研究発表会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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