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自然環境再生を実現する微生物生態系形成プロセスの解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K15544
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分39060:生物資源保全学関連
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 研志  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (80870188)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2020年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード微生物生態系 / 代謝ネットワーク / 環境保全 / 環境保全再生 / 環境再生 / モデル微生物生態系
研究開始時の研究の概要

生物資源の保全は社会にとって必要不可欠である一方で、自然環境は刻々と減少しており、失われた自然を再生することが重要な課題となっている。本研究では生命に必須な物質循環の中核を担う微生物生態系の形成プロセス解明を目指す。その為に、複数種の分離菌株を用いたモデル微生物生態系を構築し、その動態を個々の微生物の代謝とその繋がり(代謝ネットワーク)として捉る。また、代謝ネットワークを化学反応式に落とし込むことでし、これまで概念として捉えられてきた微生物生態系の安定性の熱力学的定量評価方法の構築を目指す。

研究成果の概要

本研究は微生物生態系の形成、維持、変遷メカニズムの解明を目指した。そのために5種の異なるフェノール分解菌を用いた培養系の解析を行なった。その結果、5種の植菌順序が最終的な群集構造に影響を及ぼし複数の平衡点を持つことが示された。RNA-seq解析により群集構造変遷メカニズムを検討した結果、早期に群集構造が安定した培養系では優占種がフェノールを独占し、他の菌株は培養液中に分泌された代謝物に依存して増殖することが示唆された。一方で、不安定な培養系では複数種がフェノールを競合する状態にあることが示唆された。以上の結果から、微生物生態系は代謝ネットワーク形成により安定化することが示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では微生物生態系の形成過程が最終的な微生物群集構造を変化させることを示した。また、微生物間で代謝ネットワークが形成できるか否かがシステムの安定性に重要であることを示唆しており、微生物生態系の形成、維持変遷に関わる根幹的知見を得ることができたと判断できる。また、複合微生物群のデザイン、制御において、微生物種だけでなく形成される代謝ネットワークを考慮する重要性を示し、微生物利用技術の発展そして地球環境保全および再生に寄与できることから社会的意義も高いと評価できる。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Imbalance in Carbon and Nitrogen Metabolism in <i>Comamonas testosteroni</i> R2 Is Caused by Negative Feedback and Rescued by L-arginine2021

    • 著者名/発表者名
      Abd Rahman Jabir Mohd Din, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Koki Amano, Tomoka Nishimura, Ryota Moriuchi, Hideo Dohra, Hidehiro Ishizawa, Motohiko Kimura, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 36 号: 4 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME21050

    • NAID

      130008103594

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Coexisting mechanisms of bacterial community are changeable even under similar stable conditions in a chemostat culture2021

    • 著者名/発表者名
      Fatma Azwani Abdul Aziz, Kenshi Suzuki, Masahiro Honjo, Koki Amano, Abd Rahman Jabir Bin Mohd Din, Yosuke Tashiro, and Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 131 号: 1 ページ: 7783-7783

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.09.009

    • NAID

      40022457739

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 複合微生物群集における安定的共存の理解に向けた合成微生物群集の解析2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 複合系の好適制御のために:Dry & Wet解析から見えてきた三菌株の安定的共存系の仕組み2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会中部支部
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Functional stability and instability observed in engineered microbial complex systems, 人工的微生物複合系において観察された機能的安定性と不安定性2022

    • 著者名/発表者名
      池田麗、天野光喜、本荘雅宏、高橋宣博、鈴木研志、栗栖太、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 微生物群集の好適制御に向けた複合微生物系の機能的構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      池田麗、天野光喜、本荘雅宏、高橋宣博、鈴木研志、栗栖太、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 複合微生物系の好適制御に向けた微生物群集の機能的構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      池田麗、天野光喜、本荘雅宏、高橋宣博、鈴木研志、栗栖太、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 複合微生物群集における安定的共存には微生物間相互作用の変化が重要2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 代謝ネットワーク形成プロセスと微生物共存2022

    • 著者名/発表者名
      鈴木 研志、上原 悠太郎、栗栖 太、野尻 秀昭
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Fluctuation of Bacterial Interactions Enables Coexistence of Different Bacterial Strains in Chemostat Conditions2021

    • 著者名/発表者名
      M. Honjo, K. Suzuki, K. Amano, Y. Saito, K. Takeda, M. Kimura, H. Ishizawa, Y. Tashiro, H. Futamata
    • 学会等名
      World Microbe Forum, American Society for Microbiology, Federation of European Microbiological Societies
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Collapse of Phenol-utilizing Bacterium Comamonas testosteroni Strain R2 Under a Chemostat Condition Supplied with Phenol as Sole Carbon Source2021

    • 著者名/発表者名
      A. Mohd Din, K. Suzuki, K. Amano, M. Kimura, H. Ishizawa, Y. Tashiro, H. Futamata
    • 学会等名
      World Microbe Forum, American Society for Microbiology, Federation of European Microbiological Societies
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 基質競合下における微生物間代謝ネットワーク形成と多種共存2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木 研志、上原 悠太郎、栗栖 太、野尻 秀昭
    • 学会等名
      日本農芸化学会関東支部2021年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 微生物群集の創造に向けた共存系における微生物間相互作用の理解2021

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、天野光喜、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 基質競合下における代謝ネットワークの進化と微生物共存2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木研志, 上原悠太郎, 栗栖太, 野尻秀昭
    • 学会等名
      第73回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] ケモスタット培養系における微生物間相互作用の揺らぎが生み出す異属三菌株の共存機構2021

    • 著者名/発表者名
      本荘 雅宏, 鈴木 研志, 天野 光喜, 齋藤 保久, 武田 和宏, 木村 元彦 , 石澤 秀紘, 田代 陽介, 二又 裕之
    • 学会等名
      第73回日本生物工学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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