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マイクロ流路によるシングルセルmRNA解析技術を用いたクルマエビ造血幹細胞の探索

研究課題

研究課題/領域番号 20K15603
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分40040:水圏生命科学関連
研究機関東京海洋大学 (2021-2022)
東京農工大学 (2020)

研究代表者

小祝 敬一郎  東京海洋大学, 学術研究院, 助教 (10867617)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードシングルセル解析 / Drop-seq / 非モデル生物 / クルマエビ / 血球細胞 / ウイルス感染 / WSSV / 1細胞解析 / マイクロ流路 / ウイルス
研究開始時の研究の概要

これまでも多くの研究者によりクルマエビ類細胞の初代培養の試みがなされてきたが、継代培養に成功した例がない。細胞の培養条件を明らかにするには、目的とする細胞がどのような分化機構を辿るかを理解することが重要である。 本研究では、末梢血液中および造血組織中に存在する血球細胞それぞれを、1細胞レベルで集団解析し細胞ごとの分化度を調べることで、どのように造血組織の造血幹細胞が末梢血液中の血球細胞へ分化するかを理解することを目的とする。シングルセル解析を行うことで高い解像度で細胞のサブポピュレーションを分類し、その中から目的の幹細胞の同定が可能になる。

研究成果の概要

クルマエビの血球細胞をシングルセル解析した結果、血球細胞は複数の細胞集団に分類され、各集団に特異的なマーカー遺伝子が得られた。免疫関連遺伝子の転写量が細胞集団ごとに異なっていたため、集団ごとに免疫機能が異なることが推定された。ホワイトスポットウイルス感染は、特定細胞集団の割合を増減させ、特に抗菌ペプチドを発現する細胞集団の割合を減少させていた。また、ウイルス感染の有無にかかわらずクルマエビの血球細胞を客観的に分類可能とするマーカー遺伝子を複数同定し、そのmRNA発現パターンを観察することに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究成果により、クルマエビのようなモデル生物と比較して細胞の分類に課題がある養殖対象魚介類の細胞でも、網羅的シングルセルmRNA解析を実施することで、体を構成する細胞の図鑑(細胞アトラス)を構築可能であることを明らかにしました。
また、ウイルス感染時に割合が減少する血球細胞集団が判明したため、この集団を増やす、もしくは、減らさないようにする飼育法や飼料添加物を開発することで、クルマエビ類養殖で問題となっているウイルス病の克服に繋がると期待されます。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うちオープンアクセス 3件、 査読あり 1件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 3件、 招待講演 7件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] scRNA-seq analysis of hemocytes of penaeid shrimp under virus infection2023

    • 著者名/発表者名
      Koiwai Keiichiro、Kondo Hidehiro、Hirono Ikuo
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: N/A

    • DOI

      10.1101/2023.01.04.521844

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-cell RNA-seq analysis reveals penaeid shrimp hemocyte subpopulations and cell differentiation process2021

    • 著者名/発表者名
      Koiwai Keiichiro、Koyama Takashi、Tsuda Soichiro、Toyoda Atsushi、Kikuchi Kiyoshi、Suzuki Hiroaki、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 10

    • DOI

      10.7554/elife.66954

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-cell RNA-seq analysis reveals penaeid shrimp hemocyte subpopulations and cell differentiation process2021

    • 著者名/発表者名
      Koiwai Keiichiro、Koyama Takashi、Tsuda Soichiro、Toyoda Atsushi、Kikuchi Kiyoshi、Suzuki Hiroaki、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2021.01.10.426076

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] バナメイエビ血球細胞の分類と分類マーカーの探索に向けた一細胞トランスクリプトーム解析2023

    • 著者名/発表者名
      原田真知, 小祝敬一郎, 近藤秀裕, 廣野育生
    • 学会等名
      令和5年度日本水産学会大会春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] WSSVに感染したクルマエビ血球細胞のscRNA-seq解析2023

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎, 近藤秀裕, 廣野育生
    • 学会等名
      第23回マリンバイオテクノロジー学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] コロナ禍での新規実験系の立ち上げ実例2022

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎
    • 学会等名
      第22回マリンバイオテクノロジー学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非モデル生物へのハイスループットシングルセルトランスクリプトーム解析適用実例2022

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎
    • 学会等名
      シングルセルゲノミクス研究会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水産学ってどんな分野があるの?~水産学若手の会を舞台に~2022

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎
    • 学会等名
      令和4年度日本水産学会秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Towats single cell mRNA analysis using fixed shrimp hemocytes2022

    • 著者名/発表者名
      Keiichiro Koiwai, Hidehiro Kondo, Ikuo Hirono
    • 学会等名
      The 13th Asian Fisheries and Aquaculture Forum
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] クルマエビ類横断的な血球細胞の分類に向けた一細胞mRNAシーケンシング解析2022

    • 著者名/発表者名
      原田真知, 小祝敬一郎, 近藤秀裕, 廣野育生
    • 学会等名
      シングルセルゲノミクス研究会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] シングルセル解析で挑む非モデル生物の細胞分類2022

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎
    • 学会等名
      令和4年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ハイスループットシングルセルトランスクリプトーム解析の魚介類への適用とそこから得られる情報の活用2021

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎
    • 学会等名
      第21回マリンバイオテクノロジー学会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Application of single-cell transcriptome analysis to fishery species2021

    • 著者名/発表者名
      Keiichiro Koiwai, Hidehiro Kondo, Ikuo Hirono
    • 学会等名
      The Control of Aquatic Animal Diseases
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Microfluidic cell separation and genetic analysis of kuruma shrimp2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Murakami, Keiichiro Koiwai, Hiroaki Suzuki
    • 学会等名
      2021 21st International Conference on Solid-State Sensors, Actuators and Microsystems (Transducers 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 固定した細胞を用いたシングルセル解析に向けて2021

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎, 近藤秀裕, 廣野育生
    • 学会等名
      令和3年度日本水産学会秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 水産無脊椎動物へのシングルセルmRNA解析適用の実際と工夫2021

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎
    • 学会等名
      イルミナウェビナー
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単細胞レベルでのクルマエビ血球細胞の機能および分化経路推定2021

    • 著者名/発表者名
      小祝敬一郎、小山喬、津田宗一郎、豊田敦、菊池潔、鈴木宏明、川野竜司
    • 学会等名
      令和3年度日本水産学会春季大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] DLD法によるエビ血球細胞のサイズ別分離と評価2020

    • 著者名/発表者名
      村上友樹、小祝敬一郎、鈴木宏明
    • 学会等名
      第7回サイボウニクス研究会 (2020)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] DLD法を用いたエビ血球細胞の分離と評価2020

    • 著者名/発表者名
      村上友樹、小祝敬一郎、鈴木宏明
    • 学会等名
      第 12 回マイクロ・ナノ工学シンポジウム ONLINE
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 個人研究用HP

    • URL

      https://sites.google.com/view/koiwai/home

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 所属研究室HP

    • URL

      https://genome-lab.jp/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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