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ホスファチジルセリン脱炭酸酵素による生体膜リン脂質生合成機構の構造生物学的解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K15734
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関山形大学

研究代表者

渡邊 康紀  山形大学, 理学部, 講師 (30772636)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2020年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードX線結晶構造解析 / リン脂質 / PS脱炭酸酵素 / ホスファチジルコリン / PmtA / NMR / ホスファチジルセリン脱炭酸酵素 / リン脂質代謝 / 結晶構造解析 / ホスファチジルエタノールアミン
研究開始時の研究の概要

大腸菌由来PSDについて,以下のプロセスで研究を進める.①アポ型PSDの結晶構造解析.②基質結合型PSDの結晶構造解析.③リポソームを用いた膜結合メカニズムの解明.④構造に基づいた基質認識及び反応触媒モデルの構築,およびin vitro, in vivo両面からの検証.以上の結果から,PSDによるPE生合成メカニズムを明らかにする.本研究の成果をもとに,大腸菌のみならず,より高等な生物のリン脂質代謝機構の解明にも発展させることが可能となる.

研究成果の概要

生体膜を構成する主要リン脂質であるホスファチジルエタノールアミン(PE)の生合成に関わるホスファチジルセリン脱炭酸酵素(PSD)は酵素の発見以来50年近くその立体構造は明らかになっておらず、PE生合成の詳細なメカニズムは不明なままであった。本研究では大腸菌由来PSDの単体および基質結合型の立体構造をX線結晶構造解析法により明らかにすることに初めて成功した。決定した構造に基づいた変異解析により、基質認識に関与するアミノ酸残基の同定および膜への結合メカニズムを明らかになり、PSDによるPE生合成の構造基盤を解明することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

PEの生合成に関わるPSDは細菌からヒトに至るまで高度に保存されており,リン脂質代謝において重要な役割を果たしている。ヒト由来PSD遺伝子(PISD遺伝子)に変異が導入されることが原因で白内障や骨系統疾患が発症することが報告された。これらは生体膜を構成するリン脂質の代謝の恒常性維持が生命活動に密接に関連していることを示唆している。本研究でのPSDの構造解析研究を通して将来的にはPISD遺伝子の変異によりヒトの疾患が引き起こされる原因の解明につながるであろう。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) (うち招待講演 1件)

  • [国際共同研究] Johns Hopkins University(米国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] Johns Hopkins University(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Impaired phosphatidylethanolamine metabolism activates a reversible stress response that detects and resolves mutant mitochondrial precursors2021

    • 著者名/発表者名
      Sam Pingdewinde N.、Calzada Elizabeth、Acoba Michelle Grace、Zhao Tian、Watanabe Yasunori、Nejatfard Anahita、Trinidad Jonathan C.、Shutt Timothy E.、Neal Sonya E.、Claypool Steven M.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 号: 3 ページ: 102196-102196

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102196

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural Basis for Phosphatidylethanolamine Biosynthesis by Bacterial Phosphatidylserine Decarboxylase2020

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Yasunori、Watanabe Yasuo、Watanabe Seiya
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 28 号: 7 ページ: 799-809.e5

    • DOI

      10.1016/j.str.2020.04.006

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ミトコンドリアにおけるホスファチジルエタノールアミン生合成機構の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      渡邊康紀
    • 学会等名
      第20回日本ミトコンドリア学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] PE生合成を担うPS脱炭酸酵素の構造機能解析2021

    • 著者名/発表者名
      渡邊康紀
    • 学会等名
      第63回日本脂質生化学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ホスファチジルセリン脱炭酸酵素の結晶構造が解き明かす生体膜リン脂質生合成機構2020

    • 著者名/発表者名
      渡邊康紀
    • 学会等名
      第93回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Crystal Structures of Phosphatidylserine Decarboxylase Reveal the Basis of Phosphatidylethanolamine Biosynthesis2020

    • 著者名/発表者名
      渡邊康紀
    • 学会等名
      第20回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2023-01-30  

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