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新生ポリペプチド鎖の空間的な局在化に伴ったmRNA分解機構と生理的意義の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K15748
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43030:機能生物化学関連
研究機関大阪大学 (2021-2023)
京都大学 (2020)

研究代表者

石井 英治  大阪大学, 微生物病研究所, 助教 (10835698)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワード翻訳アレスト / RNase / 遺伝子発現 / ビブリオ菌 / RNA分解 / 新生ポリペプチド鎖 / RNA / 遺伝子発現制御 / ribonuclease / RNaseE / 細胞内局在 / SRP / Sec secretion system
研究開始時の研究の概要

ヒトのような真核生物では、細胞におけるタンパク質の量や種類といった挙動に影響を与えるのはmRNAの量だけではなく、細胞内のmRNA分子が存在する場所も重要な要素であることが知られている。一方、ヒト細胞よりはるかに小さい細菌では、細胞内のmRNAの局在はそれらに影響を及ぼさないと考えられてきた。近年の研究により細菌でも多くのmRNAが細胞内の特定の位置に局在することが報告されているが、その詳細な分子機構や生理的な意味合いは明らかとなっていない。本研究の目的は海洋性ビブリオ菌のタンパク質の細胞内局在依存的なmRNAの量的制御に着目し、その分子機構や生理的な意味合いとの関連に焦点を当てて研究を行う。

研究成果の概要

ヒトのような真核生物では、転写、翻訳、mRNAの分解はそれぞれ異なる細胞内領域で起こる。一方、「空間的な区切り」の少ない原核細胞では一つの空間に転写、翻訳、mRNAの分解に関わる因子が混在しており、そのような環境でどのようにして遺伝子発現の秩序が保たれているかは未だ明確ではない。本研究では、翻訳アレストによってタンパク質発現が制御される遺伝子のmRNA動態を追うことで、mRNAの翻訳状態や二次構造による翻訳頻度の調節が、環境に応答した迅速かつ適切なタイミングでの遺伝子発現が可能であることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

原核細胞では一つの空間で転写、翻訳、mRNAの分解に関わる因子が混在しているにもかかわらずその遺伝子発現制御は緻密なネットワークを形成し様々な環境シグナルに応答しててなされている。細菌におけるこのような遺伝子発現がどのようにして組織されているかは未だ不明な点がおおい。本研究では、翻訳アレストというリボソームの異端な挙動を介してmRNAの動態がどのようにして変容し、遺伝子発現に影響を与えるかを明らかにした。これまで翻訳アレストに伴ったmRNA動態に関する報告は少なく、この結果は、複雑な細菌の遺伝子発現のメカニズムを理解するうえで意義深い研究成果であると考える。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] The read-through transcription-mediated autoactivation circuit for virulence regulator expression drives robust type III secretion system 2 expression in Vibrio parahaemolyticus2024

    • 著者名/発表者名
      Anggramukti Dhira Saraswati、Ishii Eiji、Pratama Andre、Al Kadi Mohamad、Iida Tetsuya、Kodama Toshio、Matsuda Shigeaki
    • 雑誌名

      PLOS Pathogens

      巻: 20 号: 3 ページ: e1012094-e1012094

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1012094

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Xenogeneic Silencer Histone-Like Nucleoid-Structuring Protein Mediates the Temperature and Salinity-Dependent Regulation of the Type III Secretion System 2 in Vibrio parahaemolyticus2022

    • 著者名/発表者名
      Pratama A, Ishii E, Kodama T, Iida T and Matsuda S
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 205 号: 1

    • DOI

      10.1128/jb.00266-22

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct RNA Sequencing Unfolds the Complex Transcriptome of Vibrio parahaemolyticus2021

    • 著者名/発表者名
      Al Kadi M, Ishii E, Truong DT, Motooka D, Matsuda S, Iida T, Kodama T, Okuzaki D
    • 雑誌名

      mSystems

      巻: 6 号: 6

    • DOI

      10.1128/msystems.00996-21

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] The regulatory circuit of type III secretion system 2 genes in Vibrio parahaemolyticus2023

    • 著者名/発表者名
      Dhira Saraswati Anggramukti, Eiji Ishii, Andre Pratama, Mohamad Al kadi, Tetsuya Iida, Toshio Kodama and Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      57th United States - Japan Cooperative Medical Science Program -Joint Panel Conference on Cholera and Other Bacterial Enteric Infections
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Single-Cell Analysis Of iPSC-Derived Organoids as Model to Study Host-Pathogen Interaction2023

    • 著者名/発表者名
      M. Al kadi, M. Ishikawa, S. Matsuda, Y. Liu, S. Sato, E. Ishii, S. Sakakibara, T. Kodama and D. Okuzaki
    • 学会等名
      第46回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A positive regulatory loop of a virulence regulator gene linked by read-through transcription ensures pathogenicity in Vibrio parahaemolyticus2023

    • 著者名/発表者名
      Dhira Saraswati Anggramukti, Eiji Ishii, Andre Pratama, Mohamad Al kadi, Tetsuya Iida, Toshio Kodama and Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      第76回日本細菌学会関西支部総会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Read-through transcription-mediated positive autoregulation of VtrB drives robust type III secretion system 2 expression in Vibrio parahaemolyticus2023

    • 著者名/発表者名
      Dhira Saraswati Anggramukti, Eiji Ishii, Andre Pratama, Mohamad Al kadi, Tetsuya Iida, Toshio Kodama and Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      第55回ビブリオシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The regulatory circuit of type III secretion system 2 genes ensures virulence in Vibrio parahaemolyticus2023

    • 著者名/発表者名
      Dhira Saraswati Anggramukti, Eiji Ishii, Andre Pratama, Mohamad Al kadi, Tetsuya Iida, Toshio Kodama and Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      第21回あわじ感染と免疫国際フォーラム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 腸炎ビブリオの病原性遺伝子島を制御する転写因子VtrBの遠位プロモーターによる正の自己制御機構の解析2023

    • 著者名/発表者名
      Dhira Saraswati Anggramukti、石井英治、児玉年央、Andre Pratama、Al kadi Mohamad、 飯田哲也、松田重輝
    • 学会等名
      第19回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] H-NSによる腸炎ビブリオⅢ型分泌装置2遺伝子群の温度・塩分濃度依存的な発現制御機構2022

    • 著者名/発表者名
      Andre Pratama, 石井英治、児玉年央、飯田哲也、松田重輝
    • 学会等名
      第18回21世紀大腸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] A global regulator H-NS mediates temperature- and salinity-dependent regulation of type III secretion system 2 in Vibrio parahaemolyticus2022

    • 著者名/発表者名
      Andre Pratama, Eiji Ishii, Toshio Kodama, Tetsuya Iida, Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      第20回あわじ感染と免疫国際フォーラム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Annotation of Bacterial Transcriptome Using Direct RNA Sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Mohamad Al Kadi, Eiji Ishii, Shigeaki Matsuda, Tetsuya Iida,Toshio Kodama, Daisuke Okuzaki
    • 学会等名
      第54回ビブリオシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] A global regulator H-NS mediates temperature- and salinity-dependent regulation of type III secretion system 2 in Vibrio parahaemolyticus2022

    • 著者名/発表者名
      Andre Pratama, Eiji Ishii, Toshio Kodama, Tetsuya Iida, Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      第54回ビブリオシンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] A global regulator H-NS mediates temperature- and salinity-dependent regulation of type III secretion system 2 in Vibrio parahaemolyticus2022

    • 著者名/発表者名
      Andre Pratama, Eiji Ishii, Toshio Kodama, Tetsuya Iida, Shigeaki Matsuda
    • 学会等名
      第75回日本細菌学会関西支部総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Genome-wide mining of non-coding RNAs in the food-borne pathogen Vibrio parahaemolyticus using direct RNA sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Mohamad Al kadi, Shigeaki Matsuda, Eiji Ishii, Hiroyuki Terashima, Tetsuya Iida, Daisuke Okuzaki, Toshio Kodama
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 翻訳アレストペプチドVemPを介した遺伝子発現制御における転写産物の動態解析2022

    • 著者名/発表者名
      石井英治、秋山芳展、森博幸
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ビブリオ属細菌における翻訳アレストを介した遺伝子発現制御2022

    • 著者名/発表者名
      石井 英治,松田 重輝,飯田 哲也,秋山 芳展,森 博幸
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Transcriptome Complexity of Vibrio parahaemolyticus revealed by direct RNA sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      アルカディ ムハッマド,石井 英治,Tat Truong Dang,元岡 大祐, 松田 重輝,飯田 哲也,児玉 年央,奥崎 大介
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] H-NS mediates temperature- and salinity-dependent regulation of T3SS2 in Vibrio parahaemolyticus2022

    • 著者名/発表者名
      Andre Pratama,石井 英治,児玉 年央,飯田 哲也,松田 重輝
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] The complex landscape of Vibrio parahaemolyticus transcriptome.2022

    • 著者名/発表者名
      Mohamad Al Kadi, 石井英治、Dang Tat Truong、元岡大祐、松田重輝、飯田哲也、児玉年央、奥崎大介
    • 学会等名
      第95回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Xenogeneic silencing-mediated regulation of T3SS2 in Vibrio parahaemolyticus2022

    • 著者名/発表者名
      Andre Pratama, 石井英治、児玉年央、飯田哲也、松田重輝
    • 学会等名
      第95回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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