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Development of cell image data analysis method for highly accurate 3D vesicle movement detection based on computer vision techniques

研究課題

研究課題/領域番号 20K15753
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関東京大学

研究代表者

Lee Seohyun  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任助教 (00847973)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2021年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2020年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード細胞内物質輸送 / 小胞 / イメージ処理 / 小胞運動 / 3次元マイクロスコピー / 3次元マイクロスコピー / イメージプロセシング / コンピュータービジョン / データ解析
研究開始時の研究の概要

小胞による物質輸送は細胞内情報伝達の基本単位として知られており、抗がん剤や抗ウイルス剤などの薬物開発に関わる核心的な生命現象である。ナノスケールである小胞の3次元運動を理解するためには、細胞イメージから画像処理で得られた座標データを高精度で取得することが必須的である。本研究では、コンピュータービジョン基盤のイメージプロセッシン グ技術を多焦点イメージングによる細胞内小胞の3次元位置計測に導入させ、小胞の物質輸 送様式を高精度で追跡可能とするイメージデータ解析分野においての革新を目指す。

研究成果の概要

本研究は、生きている細胞内小胞の3次元軌跡をナノスケールでデータを取得し、高精度でその運動を解明することを目標とした。従来の研究では、高度化されたイメージング技術により細胞と細胞内部の器官の位置は正確に撮影できるが、そのイメージデータから実際位置を計算する段階で誤差が発生する問題があった。 本研究で提案したイメージ処理アルゴリズムにより、特に3次元の座標を計算するための二重焦点光学系から得た二つのイメージに線形座標変換を適用することでイメージマッピングの正確度をナノスケールで達成することができた。また、このようなイメージ処理及び最終的な3次元座標計算を一度にできるソフトウェアも開発した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

がん細胞をはじめとする病気の原因となる細胞を外部の薬剤を利用して制御するためには、細胞内で行われる情報伝達パターンに関する知識が最も重要である。本研究では、細胞内での情報伝達を担当する小胞の運動を解析するため、小胞の3次元軌跡を高精度で得られるアルゴリズムを提案した。そのアルゴリズムによって実験者のマニュアルな操作による測定及び計算の誤差を最小限に抑え、簡単な操作でナノスケール精度の3次元座標データが得られる。したがって、本研究は薬剤開発や関連研究の基礎となる意義を持ち、細胞内での情報の伝達に関するあらゆる研究に貢献できると期待される。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 10件)

  • [雑誌論文] Visualization Method for the Cell-Level Vesicle Transport Using Optical Flow and a Diverging Colormap2021

    • 著者名/発表者名
      Lee Seohyun、Kim Hyuno、Higuchi Hideo、Ishikawa Masatoshi
    • 雑誌名

      Sensors

      巻: 21 号: 2 ページ: 1-13

    • DOI

      10.3390/s21020522

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Extended Dual-Focus Microscopy for Ratiometric-Based 3D Movement Tracking2020

    • 著者名/発表者名
      Lee Seohyun、Kim Hyuno、Higuchi Hideo
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 10 号: 18 ページ: 1-12

    • DOI

      10.3390/app10186243

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Automation of detecting and tracking 3D vesicle transport using dual-focus optics2023

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi
    • 学会等名
      SPIE Photonics West (Three-Dimensional and Multidimensional Microscopy: Image Acquisition and Processing)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Deep learning approach for metastatic cancer cell classification using live-cell imaging data2022

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      SPIE Photonics West (Imaging, Manipulation, and Analysis of Biomolecules, Cells, and Tissues)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Generative Adversarial Network Approach to Metastatic Cancer Cell Images2022

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa, Ryuichiro Nakato
    • 学会等名
      International Conference on Artificial Intelligence in Information and Communication
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An automatic detection and tracking method for the 3D reconstruction of vesicle movement in a living cell2022

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] A Generative Adversarial Network Approach to Metastatic Cancer Cell Images2022

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa, Ryuichiro Natato
    • 学会等名
      2022 IEEE International Conference on Artificial Intelligence in Information and Communication
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Deep learning approach for metastatic cancer cell classification using live-cell imaging data2022

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      SPIE Photonics West BiOS 2022
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Understanding of vesicle transport using machine learning and image processing technology2022

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Masatoshi Ishikawa, Hideo Higuchi
    • 学会等名
      The annual meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] A machine learning approach to transport categorization for vesicle tracking data analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      SPIE Photonics West BiOS 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Classification of Metastatic Breast Cancer Cell using Deep Learning Approach2021

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      2021 IEEE International Conference on Artificial Intelligence in Information and Communication
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Optical flow of vesicles: Computer vision approach for endocytosis of nanoparticles in a living cell2020

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      SPIE Photonics West BiOS 2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Visualization and Data Analysis for Intracellular Transport using Computer Vision Techniques2020

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      2020 IEEE Sensors Applications Symposium
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Estimation of Vesicle Transport near the Cellular Membrane using Image Processing2020

    • 著者名/発表者名
      Seohyun Lee, Hyuno Kim, Hideo Higuchi, Masatoshi Ishikawa
    • 学会等名
      2020 OSA Imaging and Applied Optics Congress
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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