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細胞内相分離の誘導制御系開発による相分離形成過程の超解像1分子動態解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K15755
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関東京工業大学

研究代表者

伊藤 由馬  東京工業大学, 生命理工学院, 助教 (70803245)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2020年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード1分子計測 / 生細胞イメージング / 相分離 / 生細胞1分子イメージング
研究開始時の研究の概要

本研究は、細胞内のタンパク質が水と油のような異なる液滴に分かれる、相分離の性質に注目し、相分離形成の人工的な制御と、1分子可視化技術の組み合わせで、その形成過程の解明を目指す。特に相分離を担うタンパク質を薬剤添加で集合させ、独自に開発した生細胞1分子イメージング法を用いて観察し、相分離に伴う分子動態の変化をミリ秒かつナノメートルスケールで高精細に解析する。これにより、これまで観察自体が困難であった細胞内の相分離過程の詳細な知見が得られる。

研究成果の概要

本研究は、生体機能に重要な相分離の機構を調べるための、薬剤添加により細胞内相分離を人工的に誘導する系を確立し、液滴内の分子動態を生細胞1分子イメージングで計測することを可能にした。本手法により、液滴形成における細胞内環境の影響、液滴内外での分子拡散や交換、相分離に寄与するアミノ酸組成等が、多様な相分離タンパク質の天然変性領域について1分子レベルの精密な定量情報として得られた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞内の相分離は遺伝子発現やタンパク質分解などの広範な生体機能を制御しており、がんや神経変性疾患などにも関与している。本研究で開発した相分離誘導系は、液滴形成における特徴的な動態を顕在化し、その基盤となる物理的な性質や分子生物学的な機構を定量的かつ高精細に計測できるものである。さらに生化学等の研究手法にも広く適用できると考えられ、相分離が関与する広範な生命科学研究へ貢献すると期待できる。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe.2022

    • 著者名/発表者名
      Uchino S, Ito Y, Sato Y, Handa T, Ohkawa Y, Tokunaga M, Kimura H.
    • 雑誌名

      J Cell Biol.

      巻: 221 号: 2 ページ: 1-23

    • DOI

      10.1083/jcb.202104134

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Matsumori Haruka、Watanabe Kenji、Tachiwana Hiroaki、Fujita Tomoko、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Sakata-Sogawa Kumiko、Osakada Hiroko、Haraguchi Tokuko、Awazu Akinori、Ochiai Hiroshi、Sakata Yuka、Ochiai Koji、Toki Tsutomu、Ito Etsuro、Goldberg Ilya G、Tokunaga Kazuaki、Nakao Mitsuyoshi、Saitoh Noriko
    • 雑誌名

      Life Science Alliance

      巻: 5 号: 7 ページ: 1-18

    • DOI

      10.26508/lsa.202101045

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualizing looping of two endogenous genomic loci using synthetic zinc‐finger proteins with anti‐FLAG and anti‐HA frankenbodies in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      Liu Yang、Zhao Ning、Kanemaki Masato T.、Yamamoto Yotaro、Sadamura Yoshifusa、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Stasevich Timothy J.、Kimura Hiroshi
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 26 号: 11 ページ: 905-926

    • DOI

      10.1111/gtc.12893

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Live-cell single-molecule imaging of the dynamic interaction between RNA polymerase II and chromatin nanostructures2022

    • 著者名/発表者名
      Yuma Ito
    • 学会等名
      The 30th Hot Spring Harbor International Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Simultaneous single molecule imaging of RNA polymerase II dynamics and chromatin nanostructures in living cells2022

    • 著者名/発表者名
      Yuma Ito, Makio Tokunaga
    • 学会等名
      66th Biophysical Society Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] A simulation study to evaluate improvement of three-dimensional localization precision of single molecule images using adaptive optics2021

    • 著者名/発表者名
      Xiang Zhou, Yuma Ito, Makio Tokunaga
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule analysis of state-specific histone mobility in chromatin subcompartments with different epigenetic modifications2021

    • 著者名/発表者名
      Masanori Hirose, Yuma Ito, Makio Tokunaga
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule imaging analysis of RNA-dependent dynamics of phase-separated nucleolar protens in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      Yuma Ito, Supanut Sirisukhodom, Makio Tokunaga
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Single-molecule super-resolution analysis for nano-scale interaction between RNA polymerase II and chromatin2021

    • 著者名/発表者名
      Yuma Ito, Makio Tokunaga
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural changes in heterochromatin involved in cell cycle using single-molecule and super-resolution imaging2021

    • 著者名/発表者名
      Masanori Nakano, Yuma Ito, Makio Tokunaga
    • 学会等名
      第59回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Visualizing and quantifying single-molecule dynamics in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Tokunaga M
    • 学会等名
      The 9th Tokyo Tech International Symposium on Life Science and Technology
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nano-scale localization analysis of histone variants in living cells using single-molecule super-resolution imaging2020

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Tokunaga M
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Quantification of dynamics and kinetics using single-molecule and super-resolution imaging in living cells2020

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Tokunaga M
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Multicolor single-molecule imaging analysis of the nucleolar proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Sirisukhodom S, Ito Y, Saitoh N, Tokunaga M
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Dynamics of Heterochromatin protein 1α inside and outside chromocenter domain in living cells using single-molecule imaging2020

    • 著者名/発表者名
      Nakano M, Ito Y, Maeda T, Obuse C, Tokunaga M
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Light field simulation of single-molecule imaging for aberration correction using adaptive optics2020

    • 著者名/発表者名
      Zhou X, Ito Y, Tokunaga M
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2023-01-30  

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