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単純なペプチドから汎用的な祖先タンパク質フォールドへの進化

研究課題

研究課題/領域番号 20K15854
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分45020:進化生物学関連
研究機関早稲田大学 (2023)
国立研究開発法人理化学研究所 (2020-2022)

研究代表者

八木 創太  早稲田大学, 人間科学学術院, 講師(任期付) (10779820)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードタンパク質 / 生命の起源 / RNAポリメラーゼ / 分子進化 / 構造生物学 / タンパク質進化 / フォールディング / タンパク質のフォールディング
研究開始時の研究の概要

セントラルドグマにおける「転写」反応を司るRNAポリメラーゼの活性ドメインを含め、多くのタンパク質で保存されるβバレフォールドであるDPBBの起源を探る。そのため、本研究では、理論的設計法及びコンピュータデザイン手法により祖先DPBBを実験的に復元し、その機能解析を進める。これにより、汎用的な祖先DPBBフォールドが如何にして誕生し、原始的な生物システムにどのような機能を与えうるかを解明する。

研究成果の概要

本課題では、遺伝子発現システムで働く多くのタンパク質に保存されるβバレル構造の進化を実験的に再現することに成功した。初めに、RNAポリメラーゼの活性コアに存在するβバレル構造DPBBが7種類のアミノ酸からなる約40残基ほどの短いダイマーペプチドから再構成できることを見出した。この単純で短いペプチドは環境条件に従って自然界にはない新たなβバレル構造DZBBも形成すことを発見した。このDZBBはタンパク質進化のミッシングリンクとなる構造であり、OB構造など他のβバレルタンパク質構造へと分岐進化可能であることを明らかにした。これらは、遺伝子発現系の初期進化を明らかにする上で大きな成果だと言える。

研究成果の学術的意義や社会的意義

タンパク質の初期進化研究は理論的研究が先行しており、実験的検証が進んでいない状況であった。それに対して、本研究では、遺伝子発現系に関与するRNAポリメラーゼやリボソームタンパク質が持つβバレルタンパク質がどのようにして単純なペプチド配列から進化してきたのか、またβバレル構造の多様化が生じてきたのかを実験的に明らかにしてきた。これらの結果は、将来的に遺伝子発現系がどのように誕生し進化をしてきたかを明らかにする上で実験的な証拠を提供し、生命の起源の理解に大きな貢献が期待できる。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 2件、 査読あり 2件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Missing-link fold reveals the evolutionary pathway between RNA polymerase and ribosomal proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Sota Yagi and Shunsuke Tagami
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2023.07.05.547881

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 7種類のアミノ酸だけで古代βバレルを創る2022

    • 著者名/発表者名
      八木創太、田上俊輔
    • 雑誌名

      Viva Origino

      巻: 50 号: 1 ページ: 1

    • DOI

      10.50968/vivaorigino.50_1

    • ISSN
      0910-4003, 1346-6933
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Seven Amino Acid Types Suffice to Create the Core Fold of RNA Polymerase2021

    • 著者名/発表者名
      Sota Yagi, Aditya K. Padhi, Jelena Vucinic, Sophie Barbe, Thomas Schiex, Reiko Nakagawa, David Simoncini*, Kam Y. J. Zhang*, and Shunsuke Tagami*
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 39 ページ: 15998-16006

    • DOI

      10.1021/jacs.1c05367

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase2021

    • 著者名/発表者名
      Yagi Sota、Padhi Aditya K.、Vucinic Jelena、Barbe Sophie、Schiex Thomas、Nakagawa Reiko、Simoncini David、Zhang Kam Y. J.、Tagami Shunsuke
    • 雑誌名

      Biorxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2021.02.22.432383

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] Experimental reconstruction of the evolutionary pathway bridging central dogma machinery via a missing-link fold2024

    • 著者名/発表者名
      Sota Yagi and Shunsuke Tagami
    • 学会等名
      Joint CO world & 12th ELSI Symposium “EMERGENCE AND DETECTION OF LIFE”
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Reconstruction of ancient protein folds in the central dogma machinery2023

    • 著者名/発表者名
      Sota Yagi and Shunsuke Tagami
    • 学会等名
      Library Design for Protein Engineering 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Experimental reconstruction of the evolutionary pathway between ancient beta‐barrel proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Sota Yagi and Shunsuke Tagami
    • 学会等名
      日本進化学会第25回沖縄大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Experimental reconstruction of the evolutionary pathway between ancient four b-barrels through a missing-link fold2023

    • 著者名/発表者名
      八木創太、田上俊輔
    • 学会等名
      第47回 生命の起源および進化学会学術講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Reconstruction of the evolution of the ancient b-barrels with a limited amino acid types2022

    • 著者名/発表者名
      八木創太、田上俊輔
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] RNAポリメラーゼの進化的起源2022

    • 著者名/発表者名
      八木創太、田上俊輔
    • 学会等名
      第24回日本進化学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 古代βバレルタンパク質のメタモルフォーゼ2022

    • 著者名/発表者名
      八木創太、田上俊輔
    • 学会等名
      第46回 生命の起原および進化学会学術講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 単純なペプチドから RNA ポリメラーゼコアドメインへの進化過程の実験的再現2021

    • 著者名/発表者名
      八木 創太,、田上 俊輔
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 7種類のアミノ酸だけで古代βバレルを創る2021

    • 著者名/発表者名
      八木創太
    • 学会等名
      生命の起原および進化に関するシンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Evolution of the core fold in RNA polymerase from ancient simple peptide2021

    • 著者名/発表者名
      Sota Yagi
    • 学会等名
      RIKEN BDR symposium 2021
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 生命誕生初期のタンパク質を再現する試み

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2021/20211202_2/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] Evolution of a RNA polymerase

    • URL

      https://www.riken.jp/en/news_pubs/research_news/rr/20220127_1/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2025-01-30  

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