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列島日本人形成の解明:旧石器時代人のゲノム分析

研究課題

研究課題/領域番号 20K15884
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分45050:自然人類学関連
研究機関東邦大学

研究代表者

水野 文月  東邦大学, 医学部, 講師 (50735496)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2020年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワード列島日本人 / 古代ゲノム / 旧石器時代 / 性別判定 / 縄文早期 / 早期縄文時代人 / 核ゲノム / 分子人類学 / 人類学 / 古人骨 / 旧石器時代人 / 日本列島
研究開始時の研究の概要

これまでに、旧石器時代人である港川人のDNA分析に挑戦し、そのミトコンドリアDNA塩基配列全長を獲得した。本研究ではミトコンドリアDNAという母系の遺伝情報だけでなく、港川人の核DNA配列を明らかにすることによって、父母両系の遺伝情報に関して「港川人のDNAは現代日本人に引き継がれているのかどうか」を検証する。また、新たに分析の機会を得た旧石器時代のサキタリ洞人のDNA分析結果を加えることで、これまで全く遺伝的手掛かりの無かった「列島日本人の形成における旧石器時代人の位置付け」を明らかにする。

研究成果の概要

旧石器時代人、早期ならびに前期縄文時代人のミトコンドリアゲノムの全長配列を解読した。得られたすべての縄文時代人ミトコンドリアDNA配列は現代日本人配列クラスターに含まれ、縄文時代人と現代日本人の間では連続性が見られた。一方、港川人のもつ配列を直接的な祖先とする現代人は存在せず、港川人から現代日本人への直線的連続性は見られなかった。なお、予想以上に港川人のDNA保存状態は厳しく、系統解析をするに十分な核ゲノムデータ量は得られなかったが、一定量以上の次世代シーケンス・リード配列は得られた。そこで、確度の高い性別判定方法を新たに開発し、港川1号は男性であるとのゲノム判定結果を得た。

研究成果の学術的意義や社会的意義

出アフリカを果たした現代型ホモサピエンスが日本列島に到達したのは数万年前の後期旧石器時代であるが、酸性土壌が多い日本列島では骨などが残り難いだけでなく、人骨に残されたDNAへのダメージも大きい。このため、日本列島旧石器時代人骨のゲノム情報は皆無であったが、本研究によって、そのミトコンドリアゲノムの全長配列解読が初めて成し遂げられた。また、一定量以上の次世代シーケンス・リード配列が得られたことで、ゲノム情報に基づく性別判定も成し遂げられた。これは、“最初の列島日本人”である旧石器時代人の全ゲノム解明への第一歩となる成果であり、列島日本人を体系的に理解するための始点に到達した学術的意義は大きい。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 オープンアクセス 3件、 査読あり 2件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 4件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] Ancient DNA studies of human remains2023

    • 著者名/発表者名
      水野 文月
    • 雑誌名

      文明動態学

      巻: 2 ページ: 46-55

    • DOI

      10.18926/64202

    • ISSN
      2436-8326
    • URL

      https://ousar.lib.okayama-u.ac.jp/64202

    • 年月日
      2023-03-25
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 旧石器時代人のゲノム分析2022

    • 著者名/発表者名
      水野文月
    • 雑誌名

      月刊考古学ジャーナル

      巻: 764 ページ: 31-34

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Population dynamics in the Japanese Archipelago since the Pleistocene revealed by the complete mitochondrial genome sequences.2021

    • 著者名/発表者名
      Mizuno, F., Gojobori, J., Kumagai, M., Baba, H., Taniguchi, Y., Kondo, O., Matsushita, M., Matsushita, T., Matsuda, F., Higasa, K., Hayashi, M., Wang, L., Kurosaki, K. and Ueda, S.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 11 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41598-021-91357-2

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A study of 8,300-year-old Jomon human remains in Japan using complete mitogenome sequences obtained by next-generation sequencing2020

    • 著者名/発表者名
      Mizuno F*, Taniguchi Y, Kondo O, Hayashi M, Kurosaki K*, and Ueda S.
    • 雑誌名

      Annals of Human Biology

      巻: 47 号: 6 ページ: 555-559

    • DOI

      10.1080/03014460.2020.1797164

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] DNA分析が明らかにする縄文早期人の系統関係2023

    • 著者名/発表者名
      水野文月、植田信太郎
    • 学会等名
      日本第四紀学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムワイドデータからおこなう性別判定2022

    • 著者名/発表者名
      水野文月、植田信太郎、日笠幸一郎、松田文彦、黒崎久仁彦
    • 学会等名
      第106次日本法医学会学術全国集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 居家以岩陰遺跡出土人骨のDNA分析2022

    • 著者名/発表者名
      水野文月
    • 学会等名
      第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会連合大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 姥山貝塚ならびに加曽利貝塚出土人骨のDNA分析2022

    • 著者名/発表者名
      水野文月、植田信太郎
    • 学会等名
      第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会連合大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 港川旧石器時代人と土井ヶ浜弥生時代人の古代人ゲノム2021

    • 著者名/発表者名
      ○水野文月
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第66回大会第28回日本遺伝子診療学会大会合同開催
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 群馬県居家以岩陰遺跡から出土した縄文早期人骨の親族関係2021

    • 著者名/発表者名
      ○水野 文月、谷口 康浩、近藤 修、石谷 孔司、林 美千子、山田 孝、植田 信太郎、黒崎 久仁彦.
    • 学会等名
      日本DNA多型学会第30回学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] 居家以人骨の研究1 早期縄文人の社会と葬制2023

    • 著者名/発表者名
      谷口康浩、大日方一郎、茅原明日香、近藤修、米田穣、尾嵜大真、大森貴之、植田信太郎、水野文月
    • 総ページ数
      150
    • 出版者
      六一書房
    • ISBN
      9784864451680
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 近世大名の葬制と社会2022

    • 著者名/発表者名
      松原典明 編 坂詰秀一 監修、分担:黒崎久仁彦、水野文月
    • 総ページ数
      332
    • 出版者
      雄山閣
    • ISBN
      9784639028758
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 三浦按針の謎に迫る2022

    • 著者名/発表者名
      森良和、フレデリック・クレインス、小川秀樹 編著、分担:水野文月
    • 総ページ数
      340
    • 出版者
      玉川大学出版部
    • ISBN
      9784472303142
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [図書] 月刊考古学ジャーナル 特集:旧石器時代の大規模遺跡「旧石器時代人のゲノム分析」2022

    • 著者名/発表者名
      水野文月
    • 総ページ数
      34
    • 出版者
      ニュー・サイエンス社
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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