| 研究課題/領域番号 |
20K15974
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分47020:薬系分析および物理化学関連
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| 研究機関 | 北里大学 |
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研究代表者 |
小澤 新一郎 北里大学, 薬学部, 助教 (20724868)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2020年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
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| キーワード | インシリコ創薬 / フラグメントベース創薬 / フラグメントマッピング / バーチャルスクリーニング / ポケット構造予測 / cryptic pocket / サブポケット探索 / PPI阻害剤 / アロステリック阻害剤 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
リガンド結合時にはじめて形成されるサブポケットは、明確なポケット構造を持たないアロステリック部位やタンパク質-タンパク質間相互作用（PPI）界面の機能解析/創薬において重要である。本研究では、申請者らが以前に開発した計算機手法を応用し、従来法とは原理の異なるサブポケット探索法を開発することを目的とする。本手法を確立できれば、現時点で有効な治療薬のない高難易度標的に対する創薬、あるいは過渡的なポケット形成や準安定構造といったタンパク質の動的構造に関する解析の進展が期待できる。
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| 研究成果の概要 |
リガンド結合時にはじめて形成される薬物結合ポケット（cryptic pocket）は創薬において重要である。本研究課題では、申請者らの研究室で開発した計算手法であるインシリコ・フラグメントマッピング法を用いてcryptic pocketを同定および構築するための計算条件を検討した。また、複数の創薬標的に対して本手法を適用することにより、実際に阻害活性を有する化合物を同定することに成功した。これにより、cryptic pocketを標的とした新しい創薬手法としてのインシリコ・フラグメントマッピング法の有効性を実証した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
Cryptic pocket は従来の薬物標的より柔軟性の高いアロステリック部位やタンパク質-タンパク質間相互作用界面に対する創薬や機能解析に重要である。これまでにcryptic pocket探索のための計算手法が複数開発されてきたが、インシリコ・フラグメントマッピング法は従来法とは原理が異なるため、標的ごとの使い分けや適切な手法の組み合わせといった相補的な利用が想定される。これにより、これまでアンドラッガブルと見なされていた高難度標的に対する創薬の加速や、過渡的なポケット形成や準安定構造といった様々な生命現象に関わるタンパク質の動的構造解析への進展が期待できる。
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