| 研究課題/領域番号 |
20K16145
|
|---|
| 研究種目 |
若手研究
|
| 配分区分 | 基金 |
|---|
| 審査区分 |
小区分48040:医化学関連
|
|---|
| 研究機関 | 熊本大学 |
|---|
研究代表者 |
衛藤 貫 熊本大学, 発生医学研究所, 特別研究員 (50867207)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
|
| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
|
|---|
| キーワード | RNA-seq / バイオインフォマティクス / 細胞老化 / ゴルジ体 |
|---|
| 研究開始時の研究の概要 |
申請者は、細胞老化におけるゴルジ体の断片化は、細胞老化依存的な分泌現象を制御するために存在すると仮説を立てた。この仮説を検証するために、以下の二つの課題を本研究の目的とする。
１. 老化細胞においてゴルジ体の断片化を引き起こす分子及びその分子機構の同定
２. 細胞レベル及び個体レベルにおける老化現象とゴルジ体の断片化の関係性の解明
上記の目的を果たすために、まず、トランスクリプトーム解析及びプロテオーム解析の二つの観点から、老化細胞においてゴルジ体の断片化に関与する分子の同定を目指す。さらに、同定した分子のノックアウト細胞及びノックアウトマウスを作製し、その分子の機能と老化現象との関係性を検証する。
|
| 研究成果の概要 |
本研究は、トランスクリプトーム解析を切り口に老化細胞におけるゴルジ体の構造変化に関与する分子機構を明らかにする試みである。トランスクリプトーム解析は、高度なプログラミングの専門知識が必要であり、また、方法が標準化されていないため再現性に問題が生じる場合がある。そのため、初学者にとって非常にハードルが高く、また間違った解析をしてしまう恐れがあるという問題があった。そこで、簡便に再現性のあるトランスクリプトーム解析ができる環境を構築することを目的に、ウェブアプリ「RNAseqChef」を新規に開発した。本研究成果をまとめた論文はJ. Biol. Chem.に受理された。
|
| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
トランスクリプトーム解析は、分野を超えて利用される生命科学・医科学研究における基幹技術である。実験の工程としてはキット化されており比較的簡便にデータを取得できる一方で、そのデータ解析は難易度が高くバイオインフォマティクスの専門家でなければ困難であった。今回開発したRNAseqChefはプログラミングの専門知識を必要とせず、データをアップロードするだけで自動的に解析・可視化・結果の取得ができるツールである。従って、様々な分野において研究促進につながると考えている。
|
