| 研究課題/領域番号 |
20K18923
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分58020:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含む
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| 研究機関 | 富山県衛生研究所 |
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研究代表者 |
安川 和志 富山県衛生研究所, 化学部, 主任研究員 (00737835)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2020年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 遺伝子型別 / 三本鎖DNA / レジオネラ菌 / レジオネラ属菌 / 病原性細菌 / 三重鎖DNA / ポリプリン配列 / 微生物 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究は, 病原菌や食中毒菌の簡便で迅速な新規遺伝子型別法の開発を目指すものであり, レジオネラ属菌をモデルとして実施する。
具体的には, 以下2点について検討する。
1) 微生物の染色体DNA上に分布するポリプリン-ポリピリミジン配列情報(PolyR15T)を抽出し, その染色体DNA上の位置情報と出現する配列パターンから, 微生物の遺伝子型別法に利用可能なデータセットを検討する。
2) 上記で検討した微生物の染色体DNA上のPolyR15T配列をターゲットに, 三重鎖DNAの形成を利用した検出法を開発し, 迅速な遺伝子型別検査法に応用する。
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| 研究成果の概要 |
本研究では, ポリプリン/ポリピリミジン配列 (PolyR) の三本鎖DNA形成予測式を開発した。 そして, それを利用することで微生物の染色体DNA上に存在するPolyR配列から遺伝子型別に利用可能かつ三本鎖DNAの形成が容易な配列を効率良く選択することが可能となった。レジオネラ属菌をモデルに, 染色体ＤNA上の24種類のPolyR配列を用いて遺伝子型別を行い, 既存のSequence-based typing (SBT) 法とin silicoによる比較を行った結果, 本法の多様度指数 (D = 0.989) がSBT法 (D = 0.981)より優位である結果が得られた。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
開発した三本鎖DNA形成温度を予測する式は, 実験的にも機能することが確認できた。本技術は, 選択した配列がどの様な条件下で三本鎖DNAを形成するかをPC上で容易に確認できる。このことにより, 精度の高い実験計画の立案から迅速な応用研究への展開まで幅広く活用可能であると考えられる。また, レジオネラ属菌をモデルに染色体DNA上の三本鎖DNA形成配列を解析することで, 遺伝子型別が可能であることを示した。三本鎖DNAの形成は, 熱変性を必要とせず二本鎖DNAの配列特異的に速やかに結合することから, 三本鎖DNA形成を利用する新規遺伝子型別法は, 迅速な分析法として期待できる。
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