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In-situワークフローのための適応的な計算資源配分フレームワーク

研究課題

研究課題/領域番号 20K19808
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分60090:高性能計算関連
研究機関東北大学 (2021-2023)
奈良先端科学技術大学院大学 (2020)

研究代表者

高橋 慧智  東北大学, サイバーサイエンスセンター, 助教 (40846408)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2021年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードヘテロジニアスコンピューティング / In-situ可視化 / In-situワークフロー / 資源管理 / ワークフロー / オーケストレーション / 性能計測 / In-situ処理 / 負荷分散 / 並列分散計算
研究開始時の研究の概要

次世代のスーパコンピュータではストレージI/O性能の不足が深刻化するため,ストレージを介さず,シミュレーションや可視化アプリケーション間で直接データを授受するIn-situ処理が注目されている.In-situ処理のスループット最大化のためには,各アプリケーション間でスループットが均等になるよう計算資源を配分することが不可欠である.本研究では,In-situ処理において各アプリケーションへ計算資源を動的かつ自動的に配分するフレームワークを構築する.

研究実績の概要

本年度は,これまでにNEC SX-Aurora TSUBASA (SX-AT) システムへ移植したIOミドルウェアAdaptable Input/Output System version 2 (ADIOS2) とIn-situワークフロー (3次元反応拡散系のシミュレーションとその結果を可視化・分析するアプリケーション群) を活用し,SX-ATシステム上でIn-situワークフローの性能分析とモデル化を実施した.SX-ATはスカラ処理に適したx86プロセッサとベクトル処理に適したベクトルプロセッサを搭載したヘテロジニアスなシステムである.
評価では,シミュレーションをスカラプロセッサとベクトルプロセッサのいずれかで実行した場合を比較した.また,ワークフローを構成するアプリ間の通信方法としてファイルを介する方法とメモリを介する方法を比較した.その結果,出力データのサイズが大きい場合には,シミュレーションをベクトルプロセッサで実行しメモリベースの通信を採用した場合が最もワークフローの実行時間が短いことが明らかになった.一方,出力データのサイズが小さい場合には,ADIOS2に由来するオーバーヘッドのためファイルベースの通信の方が実行時間が短かった.この結果から,ヘテロジニアスなシステムにおけるワークフローの資源割当では,プロセッサの種別やコア数に加えて,出力データのサイズも考慮する必要があることが明らかになった.さらに,3次元反応拡散系のシミュレーションに加えて,格子ボルツマン法に基づく流体力学シミュレーションを移植し,同様の結論が得られた.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

最新の技術動向を反映して昨年度に想定環境をホモジニアスなシステムから異種のプロセッサを搭載したヘテロジニアスなシステムをへ変更したため,ヘテロジニアスなシステムであるSX-ATへのソフトウェアスタックの移植に時間を要し,当初の計画よりも進捗が遅延している.

今後の研究の推進方策

今年度明らかにしたSX-ATシステムにおけるIn-situワークフローの性能特性を考慮し,SX-ATシステムにおけるワークフロー再構成の実現に取り組む.提案フレームワークを完成をさせ,その有用性の評価と研究成果の取りまとめを行う.評価にあたっては,これまでにSX-ATへ移植した3次元反応拡散系アプリケーション,格子ボルツマン法アプリケーション,可視化アプリケーション,ならびにそれらをワークフローとして結合するADIOS2ミドルウェアを使用する.

報告書

(4件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 5件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Oak Ridge National Laboratory(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Oak Ridge National Laboratory(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Oak Ridge National Laboratory(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Toward Scalable Empirical Dynamic Modeling2024

    • 著者名/発表者名
      Keichi Takahashi, Kohei Ichikawa, Gerald M. Pao
    • 雑誌名

      Sustained Simulation Performance 2022

      巻: - ページ: 61-69

    • DOI

      10.1007/978-3-031-41073-4_5

    • ISBN
      9783031410727, 9783031410734
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Scalable Empirical Dynamic Modeling With Parallel Computing and Approximate k-NN Search2023

    • 著者名/発表者名
      Keichi Takahashi, Kohei Ichikawa, Joseph Park, Gerald M. Pao
    • 雑誌名

      IEEE Access

      巻: 11 ページ: 68171-68183

    • DOI

      10.1109/access.2023.3289836

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-Objective Optimization of Controller Placement in Distributed ONOS Networks2023

    • 著者名/発表者名
      Kang Xingyuan, Keichi Takahashi, Chawanat Nakasan, Kohei Ichikawa, Hajimu Iida
    • 雑誌名

      2023 Eleventh International Symposium on Computing and Networking (CANDAR)

      巻: - ページ: 76-85

    • DOI

      10.1109/candar60563.2023.00017

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Performance Evaluation of a Next-Generation SX-Aurora TSUBASA Vector Supercomputer2023

    • 著者名/発表者名
      Keichi Takahashi, Soya Fujimoto, Satoru Nagase, Yoko Isobe, Yoichi Shimomura, Ryusuke Egawa, and Hiroyuki Takizawa
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 13948 ページ: 359-378

    • DOI

      10.1007/978-3-031-32041-5_19

    • ISBN
      9783031320408, 9783031320415
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Performance Evaluation of File-based and Memory-based Workflows on a Heterogeneous Vector System2023

    • 著者名/発表者名
      Yutsen Tseng
    • 学会等名
      第247回システム・アーキテクチャ・第192回ハイパフォーマンスコンピューティング合同研究発表会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Challenges in Scaling Empirical Dynamic Modeling2022

    • 著者名/発表者名
      Keichi Takahashi and Gerald Pao
    • 学会等名
      34th Workshop on Sustained Simulation Performance (WSSP34)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Sparse Communication for Federated Learning2022

    • 著者名/発表者名
      Thonglek Kundjanasith、Takahashi Keichi、Ichikawa Kohei, Nakasan Chawanat, Leelaprute Pattara, and Iida Hajimu
    • 学会等名
      IEEE 6th International Conference on Fog and Edge Computing (ICFEC)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Comparative Performance Study of Lightweight Hypervisors Used in Container Environment2021

    • 著者名/発表者名
      Guoqing Li, Keichi Takahashi, Kohei Ichikawa, Hajimu Iida, Pree Thiengburanathum, Passakorn Phannachitta
    • 学会等名
      11th International Conference on Cloud Computing and Services Science (CLOSER 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] kEDM: A Performance-portable Implementation of Empirical Dynamic Modeling using Kokkos2021

    • 著者名/発表者名
      Keichi Takahashi, Wassapon Watanakeesuntorn, Kohei Ichikawa, Joseph Park, Ryousei Takano, Jason Haga, George Sugihara, Gerald M. Pao
    • 学会等名
      Practice & Experience in Advanced Research Computing (PEARC 2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Massively Parallel Causal Inference of Whole Brain Dynamics at Single Neuron Resolution2020

    • 著者名/発表者名
      Wassapon Watanakeesuntorn, Keichi Takahashi, Kohei Ichikawa, Joseph Park, George Sugihara, Ryousei Takano, Jason Haga, Gerald M. Pao
    • 学会等名
      26th International Conference on Parallel and Distributed Systems (ICPADS 2020)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] ADIOS2 for SX-Aurora TSUBASA

    • URL

      https://github.com/keichi/ADIOS2/tree/ve-port

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-12-25  

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