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ナノ転写装置を介したクロマチンの力感知メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K20180
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分90110:生体医工学関連
研究機関京都大学

研究代表者

牧 功一郎  京都大学, 医生物学研究所, 助教 (90849233)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワードバイオメカニクス / DNA / 力学的構造変化 / クロマチン / 一本鎖DNA / 力学計測 / 原子間力顕微鏡 / 生体医工学 / 遺伝子転写 / 1本鎖DNA / DNA損傷-修復 / 細胞老化 / トルク / 転写 / 分子構造変化
研究開始時の研究の概要

本研究では,クロマチンに存在するナノ転写装置の構造変化およびDNAのナノスケールの曲率の変化に着目し,それらの細胞・in vitro 再構成により,以下の仮説を検証する.(1)力のもとでナノ転写装置が構造変化する.(2)力のもとでDNAの曲率が変化する。本研究が達成された暁には,機械的な力を利用して細胞の運命決定を行う「メカノジェネティクス」分野の創設,および,機械的な力が老化・がん化に及ぼす影響の解明など,高齢化社会を支えるバイオメカニクス・再生医工学の研究において大きな波及効果が期待される.

研究成果の概要

生体組織は、力の負荷に対してその構造を機能的に変化させる。細胞は、メカノセンサ分子を介して機械的な力を感知することが知られているが、力のもとで遺伝子発現が調節される仕組みについては不明な点が多い。本研究では、細胞核内のクロマチンに着目し、力のもとでのクロマチンの構造変化が遺伝子発現に及ぼす効果を理解することを目的とした。クロマチンの構造を理解するにあたり、DNA二本鎖から一本鎖DNAへの解離が鍵を握ると考え、細胞内の一本鎖DNAをin situ で観察する実験系の構築を目指し、妥当性の検討が完了した。今後は、力の作用下において、二本鎖DNAから一本鎖DNAの解離が生じるかを検証する予定である。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、in situ での一本鎖DNAの観察に世界で初めて成功した。これまで、DNAへの結合性を有した低分子の開発が行われてきたが、細胞内での妥当性の検討がボトルネックとなってきた。本研究では、細胞の semi-intact 化により、核酸への種々の酵素処理を可能とし、開発したイメージング手法における一本鎖DNAの検出の特異性を確認できた。一本鎖DNAと反応するタンパク質群に関して、今後幅広い探索が可能になることから、力のもとで生じるDNAの構造変化を起点としたタンパク質構造体の形成・分解など、細胞の力感知機構を原点的に理解する足掛かりができた。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [国際共同研究] Max Planck Institute/Molecular Biomedicine(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Helsinki Institute of Life Science(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Helsinki Institute for Life Science(フィンランド)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Vasculature atrophy causes a stiffened microenvironment that augments epidermal stem cell differentiation in aged skin2022

    • 著者名/発表者名
      Ryo Ichijo、Koichiro Maki、Mio Kabata、Teruasa Murata、Arata Nagasaka、Seiichiro Ishihara、Hisashi Haga、Tetsuya Honda、Taiji Adachi、Takuya Yamamoto、Fumiko Toyoshima
    • 雑誌名

      Nature Aging

      巻: 2 号: 7 ページ: 592-600

    • DOI

      10.1038/s43587-022-00244-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Hydrostatic pressure prevents chondrocyte differentiation through heterochromatin remodeling2020

    • 著者名/発表者名
      Maki Koichiro、Nava Michele M.、Villeneuve Clementine、Chang Minki、Furukawa Katsuko S.、Ushida Takashi、Wickstrom Sara A.
    • 雑誌名

      Journal of Cell Science

      巻: 134 号: 2 ページ: 247643-247643

    • DOI

      10.1242/jcs.247643

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Fluorescence imaging of underwound DNA in the cell nucleus2022

    • 著者名/発表者名
      福手淳平,牧功一郎,安達泰治
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Single-stranded DNA forms condensates surrounding nucleoli2022

    • 著者名/発表者名
      牧功一郎, 福手淳平, 安達泰治
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] A novel fluorescent technique for single-stranded DNA in cell nucleus: toward understanding biomechanical behaviors of genomic DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Koichiro Maki, Jumpei Fukute, Takashi Suetake, Taiji Adachi
    • 学会等名
      9th World Congress of Biomechanics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞核内における一本鎖 DNA 凝集体のイメージング2022

    • 著者名/発表者名
      牧功一郎
    • 学会等名
      第34回バイオエンジニアリング講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ATP枯渇条件における細胞核内DNAライブイメージング2021

    • 著者名/発表者名
      福手淳平、牧功一郎、安達泰治
    • 学会等名
      日本バイオレオロジー学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] DNA 超らせん形成が核内クロマチンのアクセシビリティに与える効果2021

    • 著者名/発表者名
      福手淳平、牧功一郎、安達泰治
    • 学会等名
      日本機械学会 第 31 回バイオフロンティア講演会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-12-25  

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