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膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K20376
補助金の研究課題番号 18H05367 (2018-2019)
研究種目

挑戦的研究(開拓)

配分区分基金 (2020)
補助金 (2018-2019)
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

豊島 近  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任教授 (70172210)

研究分担者 恒川 直樹  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任研究員 (90638800)
秋葉 俊彦  東京大学, 定量生命科学研究所, 特任研究員 (80291889)
研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
25,610千円 (直接経費: 19,700千円、間接経費: 5,910千円)
2020年度: 8,320千円 (直接経費: 6,400千円、間接経費: 1,920千円)
2019年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
2018年度: 8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円)
キーワード脂質二重膜 / X線結晶解析 / 膜蛋白質 / 結晶 / 結晶解析 / 結晶大型化 / 構造生物学
研究開始時の研究の概要

本研究は、燐脂質と膜蛋白質との相互作用の詳細の解明を目指し、膜蛋白質結晶中の脂質二重膜を可視化する技術を開発しようというものである。そのためには、脂質二重膜からの寄与が大きくなる、分解能10Åよりも低角の反射点の位相を決定する必要があり、多重同型置換法と溶媒コントラスト変調法、その両者を組み合わせた技術を開発する。当面の材料としては、実績のあるカルシウムポンプ結晶を用いる。

研究成果の概要

膜蛋白質の真の構造生物学を目指し、「脂質二重膜からプロトンまで」の全てを可視化する技術の開発に取り組んでいる。第一の目標は膜蛋白質結晶中の脂質二重膜の可視化であり、具体的課題は分解能10Åよりも低角の反射点の位相決定である。溶媒コントラスト変調法の拡張と多重同型置換法、その両者の組み合わせの適用を考え、技術開発とデータ収集を行った。さらに、中性子回折への発展を考え、膜蛋白質の大型結晶の作製技術の開発を試みた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の結果、低角反射に対する位相決定技術が拡充され、既に実績のある溶媒コントラスト変調法に関しても適用できる結晶が大幅に拡大した。その結果、これまでX線結晶解析が機能しないためにごく限られた知見しかない、燐脂質と膜蛋白質との相互作用の詳細を明らかにすることが可能になった他、蛋白質結晶中で熱運動が大きくて解像できなかった糖鎖等も解像できるようになった。クライオ電子顕微鏡法では燐脂質頭部が解像されないことが多いため、本研究で開発した技術との組み合わせも追及されるべきであろう

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実績報告書
  • 2018 実績報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2022 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 2件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 4件、 招待講演 9件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Cryoelectron microscopy of Na+,K+-ATPase in the two E2P states with and without cardiotonic steroids.2022

    • 著者名/発表者名
      Ryuta Kanai , Flemming Corneliusb , Bente Vilsenb , Chikashi Toyoshima
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 119 号: 15

    • DOI

      10.1073/pnas.2123226119

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Binding of cardiotonic steroids to Na+,K+-ATPase in the E2P state2020

    • 著者名/発表者名
      Kanai Ryuta、Cornelius Flemming、Ogawa Haruo、Motoyama Kanna、Vilsen Bente、Toyoshima Chikashi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 118 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1073/pnas.2020438118

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] What ATP binding does to the Ca2+ pump and how nonproductive phosphoryl transfer is prevented in the absence of Ca2+2020

    • 著者名/発表者名
      Kabashima Yoshiki、Ogawa Haruo、Nakajima Rie、Toyoshima Chikashi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 号: 31 ページ: 18448-18458

    • DOI

      10.1073/pnas.2006027117

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X線コントラスト変調法によって明らかになった膜蛋白質と燐脂質の相互作用のダイナミクス2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近、乗松 良行
    • 雑誌名

      放射光

      巻: 31 ページ: 212-218

    • NAID

      40021599683

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] What is the activation signal for phosphoryl transfer in the calcium2019

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      Honorary Skou Professor Seminar,Aarhus University, Aarhus, Denmark
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] イオンポンプの構造生物学:脂質二重膜からプロトンまで2019

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      2019年度iBIX-JAXA-KEK物構研-QST合同研究会「クライオEM、X線、中性子タンパク質構造解析の住み分け」
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] P 型 ATPase によるイオン輸送とその制御機構2019

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      日本薬学会 第139年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Role of phospholipids in ion pumping2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      5th ShanghaiTech-SIAIS BioForum
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 原子構造に基づく筋小胞体カルシウムポンプの制御機構2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      日本筋学会第4会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] カルシウムポンプの結晶構造解析の現状2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      第2回SPring-8における蛋白質構造生物学研究の現状と将来
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural Biology of the Calcium Pump2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      第18回国際薬理学・臨床薬理学会議
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural Biology of Ion Pumps2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      Post Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural Biology of Ion Pumps2018

    • 著者名/発表者名
      豊島 近
    • 学会等名
      The 2nd International Symposium on Chemical Communication
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] 豊島研究室ホームページ

    • URL

      http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/StrBiol/index.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

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公開日: 2018-07-20   更新日: 2024-03-26  

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