• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

冷却イオントラップ分光による天然変性タンパク質複合体へのボトムアップアプローチ

研究課題

研究課題/領域番号 20K20446
補助金の研究課題番号 19H05527 (2019)
研究種目

挑戦的研究(開拓)

配分区分基金 (2020)
補助金 (2019)
審査区分 中区分32:物理化学、機能物性化学およびその関連分野
研究機関東京工業大学

研究代表者

藤井 正明  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60181319)

研究分担者 石内 俊一  東京工業大学, 理学院, 教授 (40338257)
平田 圭祐  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 (80845777)
宮崎 充彦  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 特定准教授 (00378598)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
26,000千円 (直接経費: 20,000千円、間接経費: 6,000千円)
2021年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2020年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2019年度: 21,580千円 (直接経費: 16,600千円、間接経費: 4,980千円)
キーワード分子クラスター / 多光子イオン化 / エレクトロスプレー / 赤外分光法 / 質量分析 / 天然変性タンパク質 / シヌクレイン / ドーパミン / 赤外分光 / 冷却イオンtラップ / 量子化学計算 / レーザー分光 / 冷却イオントラップ / 部分構造解析 / イオントラップ分光
研究開始時の研究の概要

X線結晶構造解析やNMRでは困難であった、天然変性タンパク質と特異的に相互作用する小分子との複合体の構造解析を、エレクトロスプレー質量分析法、冷却イオントラップ法及び赤外レーザー分光法を組み合わせた新規手法によって可能にする。この手法を、パーキンソン病の原因物質であるα-シヌクレインフラグメントとその凝集を阻害するドーパミンとの複合体に適用し、ドーパミン結合部位に誘起されるタンパク質の二次構造を解明する 。

研究成果の概要

X線構造解析やNMRでは困難な天然変性タンパク質と特異的に相互作用する小分子との複合体の構造解析を、エレクトロスプレー法、冷却イオントラップ法及び赤外レーザー分光法を融合した手法を開拓して実現した。パーキンソン病の原因物質α-シヌクレインフラグメントYEMPSとそのドーパミンとの複合体の赤外スペクトルを測定し、振動バンド解析から複合体中のYEMPSがヘリックス構造を有することを見出した。量子化学計算により複合体の種々の構造とその理論赤外スペクトルを計算し実測赤外スペクトルがYEMPSがヘリックス構造を有する複合体でのみ再現することを見出し、ドーパミンがヘリックス構造を誘起する事を初めて示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、従来法では困難であった天然変性タンパク質と小分子の相互作用を構造に基づき調べる新たな方法を開発した。本手法は、X線結晶構造解析やNMRなどの従来法の様に測定対象に対する制約(結晶化、高濃度時の凝集抑止など)が不要であるため汎用性が高い方法である。この方法により従来理解の進んでいない天然変性タンパク質の分子認識や機能発現機構の解明に大きく貢献し、天然変性タンパク質を対象とした小分子医薬品の開発を加速することが期待される。本手法は局所的な相互作用を分子レベルで解明する強力なツールであり、生化学に加え超分子を基盤とする最新の材料科学への応用など、様々な分野への波及効果・発展性が期待される。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (47件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 13件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (31件) (うち国際学会 4件、 招待講演 6件)

  • [国際共同研究] University of Illinois(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] TU Berlin(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Hydration-induced protomer switching in p-aminobenzoic acid studied by cold double ion trap infrared spectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Akasaka Kyota、Hirata Keisuke、Haddad Fuad、Dopfer Otto、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 号: 6 ページ: 4481-4488

    • DOI

      10.1039/d2cp04497h

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cation-responsive cavity expansion of valinomycin revealed by cryogenic ion trap infrared spectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Hirata Keisuke、Sato Eiko、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-Ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 号: 2 ページ: 1075-1080

    • DOI

      10.1039/d2cp04570b

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Thermodynamics and Kinetics of a Partial Peptide of K+ Channels: DFT Transition State Calculations Coupled with Temperature-Controlled Gas Phase Laser Spectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Yukina、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 96 号: 3 ページ: 310-317

    • DOI

      10.1246/bcsj.20220345

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Na+ Selective Binding by Beauvericin and Its Mechanism Studied by Mass-Coupled Cold Ion Trap Infrared Spectroscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Vo Kien X.、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 48 ページ: 11330-11334

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c02814

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Ultraviolet and infrared spectra of mono-, di- and tri-hydrated clusters of protonated noradrenaline -Solvation and conformational variations-2022

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Keisuke、Hirata Keisuke、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 806 ページ: 140014-140014

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.140014

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gas phase protonated nicotine is a mixture of pyridine- and pyrrolidine-protonated conformers: implications for its native structure in the nicotinic acetylcholine receptor2022

    • 著者名/発表者名
      Takeda Naoya、Hirata Keisuke、Tsuruta Kazuya、Santis Garrett D.、Xantheas Sotiris S.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 24 号: 10 ページ: 5786-5793

    • DOI

      10.1039/d1cp05175j

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Double Ion Trap Laser Spectroscopy of Alkali Metal Ion Complexes with a Partial Peptide of the Selectivity Filter in K<sup>+</sup> Channels─Temperature Effect and Barrier for Conformational Conversions2021

    • 著者名/発表者名
      Suzuki Yukina、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 125 号: 44 ページ: 9609-9618

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.1c06440

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Hydration-controlled excited-state relaxation in protonated dopamine studied by cryogenic ion spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Hirata Keisuke、Kasai Ken-ichi、Gregoire Gilles、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 155 号: 15 ページ: 151101-151101

    • DOI

      10.1063/5.0066919

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Rethinking Ion Transport by Ionophores: Experimental and Computational Investigation of Single Water Hydration in Valinomycin-K+ Complexes2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Eiko、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 12 号: 6 ページ: 1754-1758

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c03372

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Potassium and sodium ion complexes with a partial peptide of the selectivity filter in K+ channels studied by cold ion trap infrared spectroscopy: the effect of hydration2021

    • 著者名/発表者名
      Negoro Takumi、Hirata Keisuke、Lisy James M.、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: - 号: 21 ページ: 12045-12050

    • DOI

      10.1039/d1cp00936b

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Chiral discrimination between tyrosine and β-cyclodextrin revealed by cryogenic ion trap infrared spectroscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Hirata Keisuke、Mori Yuta、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki、Zehnacker Anne
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 22 号: 43 ページ: 24887-24894

    • DOI

      10.1039/d0cp02968h

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryogenic Ion Spectroscopy of a Singly Protonated Peptide DYYVVR: Locating Phosphorylation Sites of a Kinase Domain2020

    • 著者名/発表者名
      Kwon Jang Han、Lee Min Ji、Song Gyeongok、Tsuruta Kazuya、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki、Kang Hyuk
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 11 号: 17 ページ: 7103-7108

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c01802

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Alkali and Alkaline Earth Metal Ions Complexes with a Partial Peptide of the Selectivity Filter in K+ Channels Studied by a Cold Ion Trap Infrared Spectroscopy2020

    • 著者名/発表者名
      Otsuka Remina, Hirata Keisuke, Yuta Sasaki, Lisy James M., Ishiuchi Shun-ichi, Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      Chemphyschem

      巻: 21 号: 8 ページ: 712-724

    • DOI

      10.1002/cphc.202000033

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書 2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Can the Partial Peptide SIVSF of the β2-Adrenergic Receptor Recognize Chirality of the Epinephrine Neurotransmitter?2019

    • 著者名/発表者名
      Tamura Masato、Sekiguchi Tsubasa、Ishiuchi Shun-ichi、Zehnacker-Rentien Anne、Fujii Masaaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 10 号: 10 ページ: 2470-2474

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.9b00184

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] プロトン化ニコチン類似体とその水和クラスターの冷却イオントラッ プ・赤外分光2022

    • 著者名/発表者名
      大倉由楓,平田圭祐,石内俊一,築山光一,藤井正明
    • 学会等名
      第22回分子分光研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] IR-IR dip2重共鳴分光のためのリフレクトロン型タンデム飛行時間型質量分析器の開発2022

    • 著者名/発表者名
      王 君成,田邊 悟,平田 圭祐,石内 俊一,藤井 正明
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] プロトン化ニコチン類似体の冷却イオントラップ赤外分光2022

    • 著者名/発表者名
      大倉 由楓,平田 圭祐,石内 俊一,築山 光一,藤井 正明
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 冷却イオン分光による分子認識系へのボトムアップアプローチ2022

    • 著者名/発表者名
      石内 俊一
    • 学会等名
      第16回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Double Ion Trap Laser Spectroscopy on Biological Motif for Molecular Recognition - Temperature Effect2022

    • 著者名/発表者名
      Masaaki Fujii
    • 学会等名
      Gordon Research Conference : Molecular & Ionic Clusters
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] プロトン付加p-アミノ安息香酸水和クラスターの冷却イオントラップ分光ー水和によるプロトマースイッチ2021

    • 著者名/発表者名
      赤阪恭汰,Haddad Fuad,Dopfer Otto,佐野晃,石川春樹,平田圭祐,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] カルボン酸-マグネシウムは何個の水分子で電離するか?-水和クラスターの冷却イオントラップ分光2021

    • 著者名/発表者名
      高柳光,平田圭祐,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] LLおよびLDシクロジチロシンの冷却イオントラップ分光-プロトン・アルカリ金属イオン付加と光学異性2021

    • 著者名/発表者名
      吉沢幸毅,平田圭祐,石内俊一,Anne Zehnacker-Rentine,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] K+チャネル選択フィルター部分ペプチド-アアルカリ金属イオン錯体水和クラスターの冷却トラップ分光-イオン選択性に対する水和効果2021

    • 著者名/発表者名
      鈴木雪菜,平田圭祐,J. M. Lisy,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] プロトン付加ニコチン水和クラスターのエレクトロスプレー・冷却イオントラップ分光-プロトン移動と同位体効果2021

    • 著者名/発表者名
      武田直哉,平田圭祐,石内俊一,S. Xantheas,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] K+チャネル選択フィルター部分ペプチド(GYG)-金属錯体の冷却イオントラップ赤外分光-Ag+の特異性2021

    • 著者名/発表者名
      田邊悟,平田圭祐,石内俊一,築山光一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] アドレナリン受容体部分ペプチド-リガンド複合体の冷却イオン分光-分子認識のアミノ酸配列依存性2021

    • 著者名/発表者名
      大古拡弥,花市峻咲,平田圭祐,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子認識する芳香環カプセルの冷却イオン赤外分光-性ホルモン認識メカニズム2021

    • 著者名/発表者名
      千葉大雅,角田瑠輝,平田圭祐,石内俊一,吉沢道人,築山光一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] プロトン化ベンゾカインす岩倉アスターの冷却イオントラップ赤外分光-水和による分子ないプロトン移動2021

    • 著者名/発表者名
      平田圭祐,Haddad Fuad,Dopfer Otto,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      第15回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Hydration effect on Mg2+ channel studied by cryogenic ion trap spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      石内俊一
    • 学会等名
      PACIFICHEM2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 冷却イオン分光で見るイオン選択性に対する微視的水和効果2021

    • 著者名/発表者名
      石内俊一
    • 学会等名
      日本化学会 第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cold Ion Trap Spectroscopy for Molecular Recognition Systems2020

    • 著者名/発表者名
      Ishiuchi Shun-ichi
    • 学会等名
      Gordon Research Conferences "Molecular and Ionic Clusters"
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子動力学法と量子化学計算を用いたプロトン付加ノルアドレナリン水和クラスター配座異性体の網羅的探索2020

    • 著者名/発表者名
      三井聡一郎 ,平田 圭祐,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      分子科学オンライン討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 冷却イオン分光法によるシクロデキストリン包接錯体の気相分光-キラル選択性の解明2020

    • 著者名/発表者名
      森優太 ,平田圭祐,石内俊一,藤井 正明,Anne Zeunacker-Reutien
    • 学会等名
      分子科学オンライン討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 天然変性タンパク質 α シヌクレイン部分ペプチド-リガンド複合体の冷却イオン 分光 -リガンド結合によって誘起される二次構造の探索2020

    • 著者名/発表者名
      大古拡弥,田端みずき,James Lisy,吉森篤史,中野洋文,平田圭祐,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      分子科学オンライン討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] プロトン付加ノルニコチン水和クラスターのエレクトロスプレー・冷却イオン トラップ分光 - プロトン付加位置に対する水和効果2020

    • 著者名/発表者名
      武田直也,寉田知弥,平田圭祐,石内俊一,Sotiris Xantheas,藤井正明
    • 学会等名
      2020年日本分光学会年次講演会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] カルボン酸-マグネシウム水和クラスターの冷却イオントラップ赤外分光 - 何個の水分子で電離するか?2020

    • 著者名/発表者名
      高柳光,平田圭祐,石内俊一,藤井正明
    • 学会等名
      2020年日本分光学会年次講演会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Cold Ion Trap Spectroscopy for Molecular Recognition Systems2020

    • 著者名/発表者名
      Shun-ichi Ishiuchi
    • 学会等名
      Gordon Research Conferences “Molecular and Ionic Clusters”
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] プロトン付加ドーパミン水和クラスターの冷却イオントラップ分光 - 励起状態緩和に対する水和効2019

    • 著者名/発表者名
      笠井賢一、平田圭祐、石内俊一、藤井正明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 冷却イオントラップ法によるバリノマイシン-アルカリ金属イオン水和クラスターの赤外分光2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤映虹、平田圭祐、石内俊一、藤井正明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] アドレナリン受容体部分ペプチド・リガンド錯体の冷却イオントラップ分光2019

    • 著者名/発表者名
      田村将人、大古拡弥、森優太、関口翼、平田圭祐、石川春樹、石内俊一、藤井正明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 天然変性タンパク質αシヌクレイン部分ペプチド-低分子リガンド複合体の冷却イオントラップ分光-リガンド結合による二次構造誘起2019

    • 著者名/発表者名
      田端みずき、吉森篤史、中野洋文、平田圭祐、石内俊一、藤井正明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] プロトン付加アドレナリン水和クラスターの冷却イオントラップ分光 - コンフォメーションに対する水和効果2019

    • 著者名/発表者名
      三井聡一郎、加賀屋舜、石内俊一、藤井正明、平田圭祐
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] カリウムイオンチャネル選択フィルター部分ペプチド-アルカリ土類金属錯体の冷却イオントラップ赤外分光2019

    • 著者名/発表者名
      大塚玲美奈、平田圭祐、James M. Lisy、石内俊一、藤井正明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] カリウムイオンチャネル選択フィルター部分ペプチドーアルカリ金属錯体の冷却イオントラップ分光 - 錯形成に対する水和効果2019

    • 著者名/発表者名
      根来拓己、石内俊一、James M. Lisy、平田圭祐、藤井正明、福井義光
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] カルボン酸ーアルカリ土類金属クラスターの冷却イオントラップ分光 - 電離過程に対する水和効果2019

    • 著者名/発表者名
      平田圭祐、高柳光、武田直也、石内俊一、築山光一、藤井正明
    • 学会等名
      第13回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

URL: 

公開日: 2019-07-04   更新日: 2024-03-26  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi