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1分子スケール蛍光分析化学の創出

研究課題

研究課題/領域番号 20K20458
補助金の研究課題番号 19H05545 (2019)
研究種目

挑戦的研究(開拓)

配分区分基金 (2020)
補助金 (2019)
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関京都大学 (2020-2023)
国立研究開発法人理化学研究所 (2019)

研究代表者

谷口 雄一  京都大学, 高等研究院, 教授 (90556276)

研究分担者 川井 隆之  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 客員研究員 (60738962)
金 水縁  京都大学, 高等研究院, 特定講師 (50758886)
大野 雅恵  京都大学, 高等研究院, 特定講師 (10581738)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
26,000千円 (直接経費: 20,000千円、間接経費: 6,000千円)
2022年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
2021年度: 6,630千円 (直接経費: 5,100千円、間接経費: 1,530千円)
2020年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
2019年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
キーワード1分子蛍光検出 / 超高感度顕微鏡 / 分析化学 / 医療分析 / プロテオミクス / 1分子蛍光検出 / 1分子 / 蛍光イメージング / 生物物理学
研究開始時の研究の概要

今日では、検体に含まれる分子の成分や含有量を調べるために、様々な蛍光検出を用いた分析化学の手法が開発されています。本研究では、1分子蛍光検出の原理を生体分子の検出・分析に適用することで、1分子粒度の分析化学の方法論を開拓することを目的とします。キャピラリ電気泳動などの様々な分析化学的手法への1分子蛍光検出系の導入を試み、その1分子感度化を目指します。

研究成果の概要

ELISA法やゲル電気泳動解析などの様々な生化学解析を、独自の光学系を基に原理上最高感度である単一分子感度にまで向上させることに成功した。実現のため、光学系の再設計と最適化を行うのと共に、液体スキャン系の確立、画像解析系の確立、蛍光ラベリング法の確立など、様々な要素技術の開発を行った。さらに各技術を基に、1細胞内に含まれる複数種のタンパク質の個数をハイスループットに定量化することに成功した。開発した「一細胞プロテオームプロファイル解析法」は、1細胞のプロテオームの分析を安価かつ簡便に実現することが可能であり、希少分子の定量化を必要とする、様々な生命研究や臨床検査に応用が進むものと期待できる。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の大きな意義の一つは、分析化学解析の感度を極限まで追求する点である。一般的なピペットマン操作でも扱えるマイクロリットルの液体内の分子の数を捉えられるため、アト・ゼプトモーラーレベルの極低濃度の検出を行うことが可能であり、一般的な蛍光検出法と比較すると感度が数億倍程度向上する。さらに、1分子粒度での解析ができることを利用して、単なる濃度情報だけではなく、各分子の細かな物性情報を解析することが可能であり、新たな分析化学の方法論の創出につながる。疾病の初期段階の診断や、多様な疾病の診断、低コスト化、侵襲性の低減化など、現代の分子医療診断の高度化に大きく貢献できるものと期待できる。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (53件)

すべて 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (37件) (うち国際学会 14件、 招待講演 35件) 産業財産権 (2件) (うち外国 2件)

  • [国際共同研究] King’s College London(英国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] ストラスブール大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [国際共同研究] コペンハーゲン大学(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Recent methodological advances towards single-cell proteomics2023

    • 著者名/発表者名
      KIM Sooyeon、KAMARULZAMAN Latiefa、TANIGUCHI Yuichi
    • 雑誌名

      Proceedings of the Japan Academy. Ser. B: Physical and Biological Sciences

      巻: 99 号: 8 ページ: 306-327

    • DOI

      10.2183/pjab.99.021

    • ISSN
      0386-2208, 1349-2896
    • 年月日
      2023-10-11
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-Molecule Detection in the Study of Gene Expression2022

    • 著者名/発表者名
      Kumar, V., Leclerc, S., Taniguchi, Y.
    • 雑誌名

      Single-Molecule Science: From Super-Resolution Microscopy to DNA Mapping and Diagnostics

      巻: - ページ: 127-141

    • DOI

      10.1017/9781108525909.015

    • ISBN
      9781108525909, 9781108423366, 9781108437479
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution2021

    • 著者名/発表者名
      Ohno Masae、Ando Tadashi、Priest David G.、Taniguchi Yuichi
    • 雑誌名

      Nature Protocols

      巻: 16 号: 7 ページ: 3439-3469

    • DOI

      10.1038/s41596-021-00543-z

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] iNucs: inter-nucleosome interactions2021

    • 著者名/発表者名
      Oveisi Mehrdad、Shukla Manu、Seymen Nogayhan、Ohno Masae、Taniguchi Yuichi、Nahata Sunil、Loos Remco、Mufti Ghulam J、Allshire Robin C、Dimitrov Stefan、Karimi Mohammad M
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 37 号: 23 ページ: 4562-4563

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btab698

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Shinkai Soya、Nakagawa Masaki、Sugawara Takeshi、Togashi Yuichi、Ochiai Hiroshi、Nakato Ryuichiro、Taniguchi Yuichi、Onami Shuichi
    • 雑誌名

      NAR Genomics and Bioinformatics

      巻: 2 号: 2

    • DOI

      10.1093/nargab/lqaa020

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 単一細胞レベル解析の新技術2020

    • 著者名/発表者名
      谷口 雄一・大野 雅恵
    • 雑誌名

      月刊「細胞」2020年 11月号

      巻: 52 ページ: 741-745

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] A top-down algorithm for identifying the multi-scale hierarchical structure of chromosomes2020

    • 著者名/発表者名
      Kumar, V., Leclerc, S., Taniguchi, Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 号: 5 ページ: e26-e26

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa004

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Simultaneous Single-Cell Measurements Demonstrate a Positive Correlation between RNA Copy Number for Mitochondrial Division and Fusion Genes and Mitochondrial Fragmentation2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Yamato、Taniguchi Yuichi
    • 雑誌名

      CYTOLOGIA

      巻: 84 号: 1 ページ: 15-23

    • DOI

      10.1508/cytologia.84.15

    • NAID

      130007628777

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • 年月日
      2019-03-25
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simultaneous Measurements of RNA Molecules Transcribed from Mitochondrial Division or Fusion Genes in Single Cells2019

    • 著者名/発表者名
      Yoshida Yamato、Taniguchi Yuichi
    • 雑誌名

      CYTOLOGIA

      巻: 84 号: 1 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1508/cytologia.84.1

    • NAID

      130007628776

    • ISSN
      0011-4545, 1348-7019
    • 年月日
      2019-03-25
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level2019

    • 著者名/発表者名
      Leclerc Simon、Arntz Youri、Taniguchi Yuichi
    • 雑誌名

      Journal of Visualized Experiments

      巻: 146 号: 146

    • DOI

      10.3791/59199

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] ゲノムの3次元高次分子構造を解く2019

    • 著者名/発表者名
      谷口 雄一, 大野 雅恵
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 59 号: 6 ページ: 305-309

    • DOI

      10.2142/biophys.59.305

    • NAID

      130007751042

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Unravelling genome structure at the nucleosome level with Hi-CO2023

    • 著者名/発表者名
      大野雅恵
    • 学会等名
      第3回 Hi-C研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ultrasensitive bioanalyses via 3D single-molecule imaging2023

    • 著者名/発表者名
      Sooyeon Kim
    • 学会等名
      iCeMS & NCKU Biliteral symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子解像度での生命理解に向けて2023

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第7回IPRフロンティアセミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 一分子電気泳動法の開発と展開2023

    • 著者名/発表者名
      金 水縁、Latiefa Kamarulzaman、谷口 雄一
    • 学会等名
      第45回日本光医学・光生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 一分子蛍光電気泳動の開発とその応用2023

    • 著者名/発表者名
      金 水縁、Latiefa Kamarulzaman、谷口 雄一
    • 学会等名
      第23回日本光生物学会協会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ヌクレオソーム分解能での ゲノムの3次元構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第2回Philosophy研究会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2023

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y
    • 学会等名
      16th International Symposium on Nanomedicine (ISNM2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Ultrasensitive bioanalyses based on single-molecule microscopic imaging2023

    • 著者名/発表者名
      Sooyeon Kim
    • 学会等名
      25th iCeMS International Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 3D molecular structure analysis of the genome by coupling next-generation DNA sequencing and molecular dynamics simulation2022

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      The 45th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2022

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      Huazhong University of Science and Technology Lecture
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] シングルセルにおける遺伝子発現ダイナミクスの定量化2022

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第9回日本リウマチ学会ベーシックリサーチカンファレンス
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 1分子イメージング法を利用した超高感度生化学分析法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      学術変革領域研究(B)「機能性ラマンプローブによる革新的多重イメージング」オンラインセミナー
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2022

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      15th Asia-Pacific Physics Conference (APPC15)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2022

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y
    • 学会等名
      2nd WPI NanoLSI-iCeMS Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子解像度での生命理解に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      東大物性研ワークショップ:開放系トポロジーと生体・量子・統計物理
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2021

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 1分子検出に基づく次世代型生化学分析法の開発2021

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      ARO協議会第8回学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2021

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y
    • 学会等名
      CMUH-iCeMS Joint Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the yeast genome2021

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Asia Conference: Yeast and life science
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 1分子感度の生化学分析技術の開発2021

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      AMED難治性疾患実用化研究事業2020年度成果報告会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 1分子感度での生化学分析2021

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第75回日本口腔科学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular-resolved biology for understanding complex Biosystems2021

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y
    • 学会等名
      iCeMS-MacDiarmid Institute Online Workshop
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular-resolved biology for understanding complex biosystems2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Taniguchi
    • 学会等名
      iCeMS-MacDiarmid Institute Online Workshop
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Revealing nucleosome-resolved 3D genome architecture2021

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Taniguchi
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2021
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2020

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      RIKEN Life Science Retreat, Shizuoka, Japan
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムの3次元高次分子構造を解く2020

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      東京大学生物科学セミナー、東京大学
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2020

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      2020 POSTECH-APCTP Symposium, Pohang, Korea
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Nucleosome-level 3D organization of the genome2020

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      Seoul National University Seminar, Seoul, Korea
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヌクレオソーム配列構造による遺伝子制御2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会ワークショップ、福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 3D nucleosome-resolution genome structure analysis2019

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi, Y.
    • 学会等名
      14th Asia-Pacific Physics Conference (APPC14), Kuching, Malaysia,
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] ヌクレオソーム分解能でのゲノム3次元構造の定量解析2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      定量生物学の会、北海道大学
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 1分子電気泳動解析2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第69回日本電気泳動学会シンポジウム、慶應大学三田キャンパス
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヌクレオソーム分解能での3次元ゲノム構造解析2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会シンポジウム、宮崎シーガイアコンベンションセンター
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノム DNA の3次元分子構造解析技術2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内でゲノムはどのような構造で収納されているか?2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第31回高遠分子細胞生物学シンポジウム、高遠さくらホテル
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子レベルでの生命理解のための新技術2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      先端的バイオ計測法研究会、東京大学
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 1分子感度での『分子診断法』の開発2019

    • 著者名/発表者名
      谷口雄一
    • 学会等名
      第63回理研イブニングセミナー、理研三宮拠点
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [産業財産権] 顕微鏡、焦準器具、流体保持器具、及び光学ユニット2019

    • 発明者名
      谷口 雄一、西村 和哉
    • 権利者名
      理化学研究所
    • 産業財産権種類
      実用新案
    • 出願年月日
      2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] 顕微鏡、焦準器具、流体保持器具、及び光学ユニット2019

    • 発明者名
      谷口 雄一、西村 和哉
    • 権利者名
      理化学研究所
    • 産業財産権種類
      実用新案
    • 出願年月日
      2019
    • 取得年月日
      2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 外国

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公開日: 2019-07-04   更新日: 2025-01-30  

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