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病原微生物のその場メタゲノミックタイピング手法の研究開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K20616
研究種目

挑戦的研究(開拓)

配分区分基金
審査区分 中区分58:社会医学、看護学およびその関連分野
研究機関大阪大学

研究代表者

中村 昇太  大阪大学, 微生物病研究所, 准教授 (90432434)

研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
26,000千円 (直接経費: 20,000千円、間接経費: 6,000千円)
2022年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2021年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
2020年度: 10,400千円 (直接経費: 8,000千円、間接経費: 2,400千円)
キーワード感染症 / メタゲノミクス / 病原細菌 / 抗酸菌 / 微生物 / 病原体検出 / 次世代シークエンス / 医療システム / クラウドコンピューティング
研究開始時の研究の概要

本研究課題では、ナノポアシークエンス技術を用いて、感染症発症の現場で網羅的な病原体同定結果が得られるメタゲノミックタイピング手法の研究開発を行う。これまでもナノポアシークエンス技術を用いたその場解析が強調されてきたが、それらの多くがその場でシークエンスだけを行っており、実際はデータを取得後、研究室に持ち帰り大型計算機で解析しているが、これではその場解析手法とは言えない。本研究課題では最新のネットワークコンピューティングモデルと遺伝情報解析手法を組み合わせて、真にその場で病原体のタイピング結果が得られるシステム開発を行う。

研究成果の概要

本研究課題ではOxford Nanopore Technologies社のシークエンス技術を用いて、感染症発生の現場でオンサイトに解析を行い、その場で網羅的な病原体同定結果が得られるメタゲノミックタイピング手法の研究開発を行った。構築した病原体同定のクラウドコンピューティングシステムを活用し、非結核性抗酸菌の同定を行った。この取り組みにより、従来法では同定不可能であった症例からMycobacterium senriense という新種の発見や菌種レベルの同定において99.1%の精度を示し、84.5%を亜種レベルで同定したMGIT-seqという手法論を確立した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

感染症対策の初動の基本は病原体同定であり、究極的な病原体同定手法としては感染症が発生しているその場所で、あらゆる病原体の同定を行うことが望ましい。そこで新たにポータブル型の次世代シークエンス技術による非結核性抗酸菌(NTM)の同定システムの構築を行った。本研究成果で得られた方法論であるMGIT-seqは菌種レベルの同定において99.1%の精度を示し、84.5%を亜種レベルで同定した。このMGIT-seqは、非結核性抗酸菌の網羅的な種同定を達成し、臨床現場における単一の検査による亜種同定と肺NTM症治療戦略の決定に適用できる可能性がある。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (16件) (うち国際共著 1件、 査読あり 15件、 オープンアクセス 12件) 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Non-tuberculosis Mycobacterial Pulmonary Disease Caused by <i>Mycobacterium kiyosense</i>, a New Species2024

    • 著者名/発表者名
      Yamada Kotaro、Koyauchi Takafumi、Yokomura Koshi、Fujita Taiga、Sugiyama Hiroki、Shimota Ryo、Shimura Nobuhiro、Matsumoto Yuki、Nakamura Shota、Chikamatsu Kinuyo、Mitarai Satoshi、Suda Takafumi
    • 雑誌名

      Internal Medicine

      巻: 63 号: 13 ページ: 1913-1916

    • DOI

      10.2169/internalmedicine.2785-23

    • ISSN
      0918-2918, 1349-7235
    • 年月日
      2024-07-01
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] MGIT-seq for the Identification of Nontuberculous Mycobacteria and Drug Resistance: a Prospective Study2023

    • 著者名/発表者名
      Fukushima K、Matsumoto Y、Matsuki T、Saito H、Motooka D、Komukai S、Fukui E、Yamuchi J、Nitta T、Niitsu T、Abe Y、Nabeshima H、Nagahama Y、Nii T、Tsujino K、Miki K、Kitada S、Kumanogoh A、Akira S、Nakamura S、Kida H
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Microbiology

      巻: 61 号: 4

    • DOI

      10.1128/jcm.01626-22

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiple mutations of Mycobacterium intracellulare subsp. chimaera causing false-negative reaction to the transcription-reverse transcription concerted method for pathogen detection2023

    • 著者名/発表者名
      Togawa Atsushi、Chikamatsu Kinuyo、Takaki Akiko、Matsumoto Yuki、Yoshimura Michinobu、Tsuchiya Shigeo、Nakamura Shota、Mitarai Satoshi
    • 雑誌名

      International Journal of Infectious Diseases

      巻: 133 ページ: 14-17

    • DOI

      10.1016/j.ijid.2023.04.406

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rapid and Comprehensive Identification of Nontuberculous Mycobacteria2023

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto Yuki、Nakamura Shota
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 無し ページ: 247-255

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2996-3_17

    • ISBN
      9781071629956, 9781071629963
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chronic Pulmonary Disease Caused by <i>Tsukamurella toyonakaense</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Kuge Tomoki、Fukushima Kiyoharu、Matsumoto Yuki、Saito Haruko、Abe Yuko、Akiba Eri、Haduki Kako、Nitta Tadayoshi、Kawano Akira、Tanaka Michio、Hattori Yumi、Kawasaki Takahiro、Matsuki Takanori、Shiroyama Takayuki、Motooka Daisuke、Tsujino Kazuyuki、Miki Keisuke、Mori Masahide、Kitada Seigo、Nakamura Shota、etc
    • 雑誌名

      Emerging Infectious Diseases

      巻: 28 号: 7 ページ: 1437-1441

    • DOI

      10.3201/eid2807.212320

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mycobacterium senriense sp. nov., a slowly growing, non-scotochromogenic species, isolated from sputum of an elderly man2022

    • 著者名/発表者名
      Abe Yuko、Fukushima Kiyoharu、Matsumoto Yuki、Niitsu Takayuki、Nabeshima Hiroshi、Nagahama Yasuharu、Akiba Eri、Haduki Kako、Saito Haruko、Nitta Tadayoshi、Kawano Akira、Tanaka Michio、Matsuki Takanori、Motooka Daisuke、Tsujino Kazuyuki、Miki Keisuke、Nakamura Shota、Iida Tetsuya、Kida Hiroshi
    • 雑誌名

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      巻: 72 号: 5 ページ: 005378-005378

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.005378

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Whole-genome analyses of extended-spectrum or AmpC β-lactamase-producing Escherichia coli isolates from companion dogs in Japan2021

    • 著者名/発表者名
      Yasugi M, Hatoya S, Motooka D, Matsumoto Y, Shimamura S, Tani H, Furuya M, Mie K, Miyake M, Nakamura S, Shimada T
    • 雑誌名

      Plos One

      巻: 16 号: 2 ページ: e0246482-e0246482

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0246482

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Genomic characterization of clinical Enterobacter roggenkampii co-harbouring blaIMP-1- and blaGES-5-encoding IncP6 and mcr-9-encoding IncHI2 plasmids isolated in Japan2021

    • 著者名/発表者名
      Umeda Kaoru、Nakamura Hiromi、Fukuda Akira、Matsumoto Yuki、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Yasui Yoshinori、Yoshida Hideki、Kawahara Ryuji
    • 雑誌名

      Journal of Global Antimicrobial Resistance

      巻: 24 ページ: 220-227

    • DOI

      10.1016/j.jgar.2020.11.028

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Whole-genome sequencing and comparative analysis of the genomes of Bacteroides thetaiotaomicron and Escherichia coli isolated from a healthy resident in Vietnam2020

    • 著者名/発表者名
      Mohsin Mashkoor、Tanaka Kaori、Kawahara Ryuji、Kondo Shinji、Noguchi Hideki、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Khong Diep Thi、Nguyen Thang Nam、Hoang Trong Nang、Yamamoto Yoshimasa
    • 雑誌名

      Journal of Global Antimicrobial Resistance

      巻: 21 ページ: 65-67

    • DOI

      10.1016/j.jgar.2020.02.034

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Expression of small RNAs of Bordetella pertussis colonizing murine tracheas2020

    • 著者名/発表者名
      Hiramatsu Yukihiro、Suzuki Koichiro、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Horiguchi Yasuhiko
    • 雑誌名

      Microbiology and Immunology

      巻: - 号: 6 ページ: 469-475

    • DOI

      10.1111/1348-0421.12791

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] UNAGI: an automated pipeline for nanopore full-length cDNA sequencing uncovers novel transcripts and isoforms in yeast2020

    • 著者名/発表者名
      Al kadi Mohamad、Jung Nicolas、Ito Shingo、Kameoka Shoichiro、Hishida Takashi、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Iida Tetsuya、Okuzaki Daisuke
    • 雑誌名

      Functional & Integrative Genomics

      巻: 20 号: 4 ページ: 523-536

    • DOI

      10.1007/s10142-020-00732-1

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Fecal Gram staining of phagocytosed bacteria to differentiate methicillin-resistant Staphylococcus aureus: A case report2020

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Kentaro、Takahashi Ayumi、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Tomono Kazunori、Ogura Hiroshi、Shimazu Takeshi
    • 雑誌名

      Journal of Infection and Chemotherapy

      巻: 26 号: 10 ページ: 1078-1081

    • DOI

      10.1016/j.jiac.2020.05.021

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel human reovirus isolated from children and its long-term circulation with reassortments2020

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Seiji P.、Motooka Daisuke、Egawa Kazutaka、Kaida Atsushi、Hirai Yuki、Kubo Hideyuki、Motomura Kazushi、Nakamura Shota、Iritani Nobuhiro
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 963-963

    • DOI

      10.1038/s41598-020-58003-9

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Detection of Genetic Elements Carrying vanA in Vancomycin-Resistant Enterococcus saigonensis VE80T Isolated from Retail Chicken Meat2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsuya Harada, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Yoshimasa Yamamoto, Takahiro Yamaguchi, Ryuji Kawahara, and Kentaro Kawatsu
    • 雑誌名

      Foodborne Pathogens and Disease

      巻: 17 号: 12 ページ: 772-774

    • DOI

      10.1089/fpd.2020.2827

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular characterization of blaKHM-1 encoding plasmid in an Enterobacter hormaechei subsp. hoffmannii isolate from blood culture2020

    • 著者名/発表者名
      Umeda Kaoru、Nakamura Hiromi、Fukuda Akira、Yamaguchi Takahiro、Matsumoto Yuki、Motooka Daisuke、Nakamura Shota、Kawahara Ryuji
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 号: 1 ページ: e0227605-e0227605

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0227605

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phosphorothioation of foreign DNA influences the transformation efficiency in Clostridium perfringens NCTC82392020

    • 著者名/発表者名
      Yasugi M, Motooka D, Nakamura S, Miyake M
    • 雑誌名

      Anaerobe

      巻: 61 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1016/j.anaerobe.2019.102085

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 非結核性抗酸菌の迅速その場同定2022

    • 著者名/発表者名
      中村昇太
    • 学会等名
      第6回抗酸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-08-03   更新日: 2025-01-30  

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