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元素特異的ナノスケールCTで迫る微生物と生息空間―ナノ空間地球微生物学の幕開け

研究課題

研究課題/領域番号 20K20952
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分17:地球惑星科学およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人海洋研究開発機構

研究代表者

諸野 祐樹  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(高知コア研究所), 主任研究員 (30421845)

研究分担者 山村 雅幸  東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (00220442)
浦本 豪一郎  高知大学, 教育研究部総合科学系複合領域科学部門, 講師 (70612901)
谷川 亘  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(高知コア研究所), 主任研究員 (70435840)
研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2021年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2020年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワード海底下生命圏 / 生存空間 / CT / X線断層撮影 / X線断層
研究開始時の研究の概要

本研究ではナノスケールで物質の三次元構造観察を可能とするコンピューター断層撮影(XCT)を活用し、環境試料中に存在する微生物及びその生息空間の三次元観察を実現する。地球バイオマスの数~10%程度を占め、その生態が謎に包まれる海底下微生物について、極限環境における生命存続戦略や地球規模の元素循環に果たす役割を明らかにすることを最終目的とする。微生物のみならず、地層中の微小鉱物との相互作用、相互配置を含めた総合的な地層環境の解析を可能とする技術へとつながるものである。

研究成果の概要

微生物とそれを取り巻く微小空間、つまり「微生物の家」はどれくらい大きいのか?どのような物質で囲まれているのか?全地球バイオマスの数~10%程度を占め、生態が謎に包まれる海底下微生物を観察対象とし、地層環境中での微生物存在様態を明らかにすることを目的としてCTによる可視化を目指した。微生物に重元素を付加した染色や空隙を可視化するイオン液体の活用などを通じて、微生物レベルの空間分解能でCT観察を実現した。さらに元素特異的にコントラストが変化するCT観察も実施し、微生物様の粒子を環境試料で可視化することにも成功し、選択的可視化への課題も発見することが出来た。

研究成果の学術的意義や社会的意義

「環境と相互作用しながら生きる微生物とその周辺環境の三次元可視化・観察」これが本研究での挑戦であり、その意義である。海底下に限らず、微生物が生育する環境では微生物自身が行う代謝反応により様々な化学グラジエントが形成され、その結果として物理的な生息環境の改変も起こる。このような海底下の持続的物質動態を本質的に理解する上で、主体となる生命活動とその周辺環境を観察することこそが必要なアプローチである。これまで二次元的な観察またはその連続によって可視化されてきた微生物と生息空間を3次元的に解析するために必須の研究であると自負している。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 4件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] A simple method for taxon-specific purification of diatom frustules from ocean sediments using a cell sorter2023

    • 著者名/発表者名
      Kato Yuji、Morono Yuki、Ijiri Akira、Terada Takeshi、Ikehara Minoru
    • 雑誌名

      Progress in Earth and Planetary Science

      巻: 10 号: 1 ページ: 13-13

    • DOI

      10.1186/s40645-023-00543-5

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Label-Free Identification of Spore-Forming Bacteria Using Ultrabroadband Multiplex Coherent Anti-Stokes Raman Scattering Microspectroscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, K., R. Oketani, T. Terada, P. Leproux, Y. Morono and H. Kano
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 9 ページ: 1940-1946

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c07291

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Simple In-liquid Staining of Microbial Cells for Flow Cytometry Quantification of the Microbial Population in Marine Subseafloor Sediments2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Fumiaki、Nishimura Tomoya、Wakamatsu Taisuke、Terada Takeshi、Morono Yuki
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 36 号: 3 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME21031

    • NAID

      130008077315

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bringing 100 million-year-old marine microbes back to life2021

    • 著者名/発表者名
      Morono Yuki
    • 雑誌名

      TheScienceBreaker

      巻: 07 号: 02

    • DOI

      10.25250/thescbr.brk532

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Temperature limits to deep subseafloor life in the Nankai Trough subduction zone2020

    • 著者名/発表者名
      Heuer Verena B.、Inagaki Fumio、Morono Yuki、Kubo Yusuke、Spivack Arthur J.、Viehweger Bernhard、Treude Tina、Beulig Felix、Schubotz Florence、Tonai Satoshi、Bowden Stephen A.、Cramm Margaret、Henkel Susann、Hirose Takehiro、Homola Kira、Hoshino Tatsuhiko、Ijiri Akira、Imachi Hiroyuki、Kamiya Nana、et al.
    • 雑誌名

      Science

      巻: 370 号: 6521 ページ: 1230-1234

    • DOI

      10.1126/science.abd7934

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Aerobic microbial life persists in oxic marine sediment as old as 101.5 million years2020

    • 著者名/発表者名
      Morono Yuki、Ito Motoo、Hoshino Tatsuhiko、Terada Takeshi、Hori Tomoyuki、Ikehara Minoru、D’Hondt Steven、Inagaki Fumio
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 11 号: 1 ページ: 3626-3626

    • DOI

      10.1038/s41467-020-17330-1

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] EDTA-FISH: A Simple and Effective Approach to Reduce Non-specific Adsorption of Probes in Fluorescence <i>in situ</i> Hybridization (FISH) for Environmental Samples2020

    • 著者名/発表者名
      Morono, Y., K. Kubota, D. Tsukagoshi and T. Terada
    • 雑誌名

      Microbes and Environments

      巻: 35 号: 3 ページ: 1-1

    • DOI

      10.1264/jsme2.me20062

    • NAID

      130007865781

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 白亜紀の超貧栄養海底下堆積物から生きて発見された生命2021

    • 著者名/発表者名
      Morono Y, Ito M, Hoshino T, Terada T, Hori T, Ikehara M, D'Hondt S, Inagaki F.
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] EDTA-FISH:環境試料のFluorescence in situ Hybridization (FISH)において非特異的プローブ吸着を抑制する効果的かつシンプルなアプローチ2020

    • 著者名/発表者名
      諸野祐樹、久保田健吾、塚越大介、寺田武志
    • 学会等名
      第21回極限環境生物学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Aerobic microbial life in oxic sediment of South Pacific Gyre persists up to 101.5 million years2020

    • 著者名/発表者名
      Morono Y, Ito M, Hoshino T, Terada T, Hori T, Ikehara M, D'Hondt S, Inagaki F.
    • 学会等名
      American Geophysical Union Fall meeting 2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [図書] 生物がすむ果てはどこだ?2022

    • 著者名/発表者名
      諸野祐樹
    • 総ページ数
      96
    • 出版者
      くもん出版
    • ISBN
      9784774327112
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [産業財産権] 試料の空隙を可視化する方法2020

    • 発明者名
      諸野祐樹, 浦本豪一郎
    • 権利者名
      諸野祐樹, 浦本豪一郎
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2020-201369
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-08-03   更新日: 2024-01-30  

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