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細胞内結晶化による標的タンパク質融合結晶の迅速構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K21244
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関東京工業大学

研究代表者

上野 隆史  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2021年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2020年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワードタンパク質結晶 / タンパク質集合体 / 結晶構造解析 / 細胞内結晶化 / タンパク質工学 / タンパク質結晶構造解析 / 細胞内タンパク質結晶 / 多孔性材料
研究開始時の研究の概要

本研究では、単独では構造決定が困難な標的タンパク質を遺伝子的に融合した多孔性タンパク質複合結晶を細胞内結晶化により合成し、標的タンパク質の高分解能構造決定の実現に挑む。
そこで、研究期間内に、
(1) 多孔性タンパク質結晶の細胞内結晶化と最適化
(2) 標的タンパク質を融合した多孔性タンパク質結晶の細胞内合成と構造決定
(3) 迅速構造解析に向けた大腸菌を用いる標的タンパク質融合多孔性タンパク質結晶合成を達成する。

研究成果の概要

タンパク質の高分解能構造の決定は、生命現象の理解から医薬応用まで様々な分野で渇望されており、従来主流となっていたX線結晶構造解析に加え、様々な構造解析手法が開発されてきた。しかしながら、共通する大きな課題としてタンパク質の単離・精製が依然として解決されていない。本研究では、直径数nmの細孔を内部に有するタンパク質結晶(多孔性タンパク質結晶)に着目し、標的タンパク質を融合した標的タンパク質融合多孔性タンパク質結晶を細胞内で合成した。鋳型タンパク質の特定の部位に標的タンパク質を融合することによって、大型放射施設の微結晶ビームラインによる構造解析を行ない、構造決定に至った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

近年の結晶構造解析装置の急速な進歩に伴い、国内外でも数μmサイズの細胞内で結晶化するタンパク質の構造解析も報告されつつある。しかしながら、エンジニアリングしたタンパク質の結晶を細胞内合成し構造決定に成功した例は、数例のみである。本研究は、細胞内タンパク質結晶化、標的タンパク質融合多孔性タンパク結晶化と超微小結晶構造解析を一貫して行うことによりはじめて達成できる。得られる成果は生命現象の理解から医薬応用まで様々な分野で渇望されている高分解能タンパク質構造の迅速決定を可能とし、その高い社会的インパクトとニーズにより、新しい生体分子化学の領域を切り開くと考えられる。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (56件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (37件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 図書 (1件) 備考 (2件) 産業財産権 (2件) (うち外国 2件)

  • [国際共同研究] TATA基礎科学研究(インド)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] 南洋理工大学(シンガポール)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] 清華大学(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Controlled Uptake of an Iridium Complex inside Engineered apo‐Ferritin Nanocages: Study of Structure and Catalysis**2022

    • 著者名/発表者名
      Taher Mohd、Maity Basudev、Nakane Taiki、Abe Satoshi、Ueno Takafumi、Mazumdar Shyamalava
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 13

    • DOI

      10.1002/anie.202116623

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Importance of the Subunit?Subunit Interface in Ferritin Disassembly: A Molecular Dynamics Study2022

    • 著者名/発表者名
      Li Zhipeng、Maity Basudev、Hishikawa Yuki、Ueno Takafumi、Lu Diannan
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 38 号: 3 ページ: 1106-1113

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.1c02753

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Engineering of protein crystals for use as solid biomaterials2022

    • 著者名/発表者名
      Kojima Mariko、Abe Satoshi、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Biomaterials Science

      巻: 10 号: 2 ページ: 354-367

    • DOI

      10.1039/d1bm01752g

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Protein Needles Designed to Self‐Assemble through Needle Tip Engineering2022

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Kosuke、Fukuyama Tatsuya、Uchihashi Takayuki、Furuta Tadaomi、Maeda Yusuke T.、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Small

      巻: 18 号: 10 ページ: 2106401-2106401

    • DOI

      10.1002/smll.202106401

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Behavior of Cargo Proteins Regulated by Linker Peptides on a Protein Needle Scaffold2022

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Que D.、Kikuchi Kosuke、Kojima Mariko、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 51 号: 1 ページ: 73-76

    • DOI

      10.1246/cl.210599

    • NAID

      130008137585

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of a gold clustering site in an engineered apo-ferritin cage2022

    • 著者名/発表者名
      Lu Chenlin、Maity Basudev、Peng Xue、Ito Nozomi、Abe Satoshi、Sheng Xiang、Ueno Takafumi、Lu Diannan
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 5 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s42004-022-00651-1

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Solubility enhancement of poorly water soluble domperidone by complexation with the large ring cyclodextrin2021

    • 著者名/発表者名
      Ismail Abbas、Kerdpol Khanittha、Rungrotmongkol Thanyada、Tananuwong Kanitha、Ueno Takafumi、Ekasit Sanong、Muangsin Nongnuj、Krusong Kuakarun
    • 雑誌名

      International Journal of Pharmaceutics

      巻: 606 ページ: 120909-120909

    • DOI

      10.1016/j.ijpharm.2021.120909

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021

    • 著者名/発表者名
      Abe Satoshi、Pham Thuc Toan、Negishi Hashiru、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: - 号: 22 ページ: 12341-12345

    • DOI

      10.1002/anie.202102039

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Versatile Manipulations of Self-Assembled Proteins in Vaccine Design2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Que Dan、Kikuchi Kosuke、Maity Basudev、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 号: 4 ページ: 1934-1934

    • DOI

      10.3390/ijms22041934

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] In-Cell Engineering of Protein Crystals with Nanoporous Structures for Promoting Cascade Reactions2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Tien K.、Abe Satoshi、Kasamatsu Makoto、Maity Basudev、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Kojima Mariko、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      ACS Applied Nano Materials

      巻: 4 号: 2 ページ: 1672-1681

    • DOI

      10.1021/acsanm.0c03129

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-molecule level dynamic observation of disassembly of the apo-ferritin cage in solution2020

    • 著者名/発表者名
      Maity Basudev、Li Zhipeng、Niwase Kento、Ganser Christian、Furuta Tadaomi、Uchihashi Takayuki、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 22 号: 33 ページ: 18562-18572

    • DOI

      10.1039/d0cp02069a

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Functionalization of amyloid beta peptide into ferritin cage and observation of the cage disassembly.2022

    • 著者名/発表者名
      Basudev Maity, Shiori Kameyama, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Analysis of Dynamic Behavior of Aromatic Interactions using Protein Cages2022

    • 著者名/発表者名
      Yuki Hishikawa, Asuka Asanuma, Basudev Maity, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics structural analysis of miniprotein by in-cell crystal engineering2022

    • 著者名/発表者名
      Mariko Kojima, Yuki Hishikawa, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 無細胞タンパク質結晶エンジニアリングによる構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      田中 潤子, 安部 聡, 金丸 周司, 上野 隆史
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] In-cell crystal engineering for the development of solid biomaterials2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe, Mariko Kojima, Junko Tanaka, Yuto Nakasuji, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Structural investigation of a semi-clathrate hydrate formation using porous ferritin crystals2022

    • 著者名/発表者名
      Jiaxin Tian, Basudev Maity, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Design of the heteroepitaxial vertical assembly of asymmetric protein needles2022

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Kikuchi, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      102nd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質ケージ内芳香族クラスターによる蛍光分子特性制御2021

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, MAITYBASUDEV, 吉沢道人, 森本 正和, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 迅速タンパク質結晶化とサブミクロン結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 田中潤子, 上野隆史
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 無細胞タンパク質合成を利用した結晶化とサブミクロン結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      70th Symposium on Macromolecules
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Effect of Alanine substitution at the 2-fold symmetric interface of the ferritin cage2021

    • 著者名/発表者名
      Jiaxin Tian, Basudev Maity, Satoshi Abe, Kenji Yasuda, Takeshi Murata, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      70th Symposium on Macromolecules
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] βヘリックスタンパク質分子針の末端設計による二次元集合制御2021

    • 著者名/発表者名
      菊池 幸祐, 福山達也, 古田 忠臣, 内橋 貴之, 前多裕介, 上野 隆史
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質分子針の末端構造設計による二次元集合パターン制御2021

    • 著者名/発表者名
      菊池 幸祐, 福山達也, 古田 忠臣, 前多裕介, 内橋 貴之, 上野 隆史
    • 学会等名
      第1回発動分子科学研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内タンパク質結晶を利用した天然変性タンパク質の構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      小島摩利子, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DESIGN OF IN-CELL PROTEIN CRYSTALS FOR DEVELOPMENT OF BIO-SOLID MATERIALS2021

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      22nd American Conference on Crystal Growth and Epitaxy (ACCGE-22)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] タンパク質ケージ結晶を用いた芳香族クラスターの動的挙動解析2021

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, MAITYBASUDEV, 長門石 曉, 津本浩平, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      The 70th SPSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質分子針の末端設計による二次元集合パターン制御2021

    • 著者名/発表者名
      菊池幸祐, 福山達也, 古田忠臣, 前多裕介, 内橋貴之, 上野隆史
    • 学会等名
      The 70th SPSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] The role of helix modification in building hybrid ferritin cages2021

    • 著者名/発表者名
      Jiaxin Tian, Kenji Yasuda, Basudev Maity, Satoshi Abe, Takeshi Murata, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 70th SPSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] β-ヘリックス人工分子針の動的集合設計2021

    • 著者名/発表者名
      菊池幸祐, 福山達也, Maity Basudev, 古田忠臣, 前多裕介, 内橋貴之, 上野隆史
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質ケージ内における芳香族分子集積と反応制御2021

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Energy Analysis of Miniprotein by in Vivo Protein Crystallization2021

    • 著者名/発表者名
      小島 摩利子, 菱川 湧輝, 安部 聡, 古田 忠臣, Tran Phuoc Duy, 北尾 彰朗, 上野 隆史
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Design of the two-dimensional protein assembly patterns by β-helical protein needle2020

    • 著者名/発表者名
      菊池 幸祐, 上野 隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 無細胞タンパク質合成による微小結晶構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      小島摩利子, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質ケージを利用した芳香族クラスターの構築と外来分子内包2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      発動分子科学第5回領域会議
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Construction of Fibril Protein Assemblies From Engineered Protein Crystals2020

    • 著者名/発表者名
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • 学会等名
      69th Symposium on Macromolecules
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Construction of Filament Protein Assembly From Autonomous Cross-Linked Crystals2020

    • 著者名/発表者名
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • 学会等名
      14th Bio-related Chemistry Symposium
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質結晶工学による新機能材料2020

    • 著者名/発表者名
      上野隆史
    • 学会等名
      第28回ポリマー材料フォーラム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] GPCR 内包を目指したタンパク質ハイブリッド結晶の構築2020

    • 著者名/発表者名
      田中潤子, 安部聡, 長田俊哉, 上野隆史
    • 学会等名
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular design of protein needle for norovirus vaccine2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Dan Que, 上野 隆史
    • 学会等名
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Protein Crystals for Designing Multiple Nanofunctions2020

    • 著者名/発表者名
      上野 隆史
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内タンパク質結晶化の最適化と迅速構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] フェリチンケージのサブユニット界面を利用した多核金結合サイトの構築2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • 学会等名
      第70回錯体化学会討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質ケージの内部空間設計による芳香族クラスターの構築2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] In vivo Protein Crystal Engineering for Structure Analysis of Meta-stable State Mini-protein2020

    • 著者名/発表者名
      小島 摩利子, 安部 聡, 上野 隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質の迅速結晶化とサブミクロン結晶の構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 小島摩利子, 上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] かご状タンパク質フェリチンのサブユニット界面における金集積機構の解明2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子学会年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] タンパク質の細胞内迅速・微量結晶化と構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子学会年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [図書] Cell-Inspired Materials and Engineering2021

    • 著者名/発表者名
      H. Tabe and T. Ueno
    • 総ページ数
      257
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 上野研究室

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] Ueno Lab

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [産業財産権] タンパク質結晶の製造方法及び結晶構造解析方法2021

    • 発明者名
      上野 隆史/安部 聡/小島
    • 権利者名
      上野 隆史/安部 聡/小島
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 外国
  • [産業財産権] タンパク質固体材料の製造2020

    • 発明者名
      上野 隆史/安部 聡/小島 摩利子
    • 権利者名
      上野 隆史/安部 聡/小島 摩利子
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 外国

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公開日: 2020-08-03   更新日: 2023-01-30  

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