| 研究課題/領域番号 |
20K21670
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分57:口腔科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
岩田 隆紀 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (60431946)
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| 研究分担者 |
前川 祥吾 東京医科歯科大学, 東京医科歯科大学病院, 助教 (20793574)
片桐 さやか 東京医科歯科大学, 歯学部附属病院, 准教授(キャリアアップ) (60510352)
大杉 勇人 東京医科歯科大学, 歯学部附属病院, 医員 (80846791)
芝 多佳彦 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 助教 (90802306)
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| 研究期間 (年度) |
2020-07-30 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2020年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
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| キーワード | 超小型次世代シーケンサー / 口腔細菌 / 歯周病 / インプラント周囲炎 / 顎骨壊死 / 次世代シーケンサー / PCR / 細菌診断 / 口腔内細菌 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
小型次世代シーケンサーを用いて、特に①重度歯周炎患者の唾液・歯肉溝浸出液、②薬剤による顎骨壊死の壊死組織③インプラント周囲炎組織をサンプルとして細菌叢の同定を行い、診断とそれに引き続く診療への情報提供を簡便・一括・迅速にしうるアルゴリズムの開発を行う。
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| 研究成果の概要 |
本研究ではUSBサイズの解析チップを用いた迅速・安価な超小型シーケンサーを用いて、歯周病やインプラント周囲炎、さらには顎骨壊死患者のクリニカルシークエンスを導入することでチェアサイドでの迅速かつ確実な細菌診断技術の確立を目指す。
採取したサンプル（健常者唾液、難治性歯周炎患者、インプラント周囲炎患者の唾液に加えて顎骨壊死患者の壊死部）からデータを取得し、スーパーコンピューターShirokaneを活用することで、解析から可視化までにかかるパイプラインを構築した。さらに、臨床的に価値のあるパラメーターの抽出を行うとともに、可読性の高いデータの表示手法を検討した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究では、これまでで得られたシーケンスデータを用いて、解析アルゴリズムの策定を実施した。個人が持ち得るパソコンの計算資源には限りがあるため、スーパーコンピューターの持つ膨大な計算資源を利用して、解析アルゴリズムの開発をより加速し、有用な臨床パラメーターの選定を実施している。
小型NGSと本研究で構築されたアルゴリズムの組み合わせにより、チェアサイドにおいて組織採取時に即座にサンプル調整し、従来型のベンチトップ次世代シーケンサーがなくてもノート型パソコンがあればどこでも迅速検査を実施できるため、僻地やクリニックなどでも正確な細菌叢検査を実施することが可能となる。
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