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線虫を用いた強化学習の試み

研究課題

研究課題/領域番号 20K21805
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分61:人間情報学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

飯野 雄一  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40192471)

研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2020年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード線虫 / 強化学習 / 行動モデル / 確率モデル / 4Dイメージング / 全脳イメージング / 化学走性学習 / シナプス可塑性 / 確率的生成モデル / 行動制御 / 光遺伝学 / シナプス伝達 / 学習 / 化学走性 / 線虫C.elegans / Brain-machine interface / C. elegans / オプトジェネティクス / 走性行動 / MDN-RNN
研究開始時の研究の概要

本研究計画では、強化学習を用いて生物機能を向上させる方法論を開発する。そのために、体制が単純で試験的な研究に適した線虫C. elegansを用い、強化学習を用いて機械学習を行うことにより、線虫の学習能力を制御することを試みる。コンピュータは強化学習により、線虫を目的の場所に向かわせるための刺激を学習する。さらに、線虫の学習能力を高める刺激を学習する。

研究成果の概要

本研究では、まず線虫の行動を定量観測し、過去の行動および外部刺激のパターンから次の行動を確率的に予測するニューラルネットワークモデルを作成した。次にこのモデル線虫に対して強化学習モデルを学習させることにより線虫の行動を制御することに成功した。一方、線虫の全頭部神経の活動を同時に観測し、神経活動から後退運動を予測することに成功した。さらに、学習により変化するシナプスを特定し、シナプス放出に関わるシンタキシンのリン酸化が学習により制御され、行動を変化させることを明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

脳の情報の読み取りや操作は脳科学の大きな目標のひとつである。本研究では、線虫を用いて行動モデルを作成し、その上で強化学習を行い、これにより行動を自在にコントロールする方法を取得し、実際の線虫をその方法で制御できることを示した。さらに、分子的な行動制御にも成功し、全頭部のイメージングによる脳活動の読み取り、行動予測にも成功した。これら一連の読み取り、制御技術は将来ブレインマシンインターフェースにより神経損傷患者のリハビリ支援などの技術を開発する際の基盤的な学術的知見として有用となることが期待される。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 9件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Neuronal sensorimotor integration guiding salt concentration navigation in Caenorhabditis elegans2024

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, A., Toyoshima, Y., Zhang, C., Isozaki, A., Goda, K., and Iino, Y.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 121 号: 5

    • DOI

      10.1073/pnas.2310735121

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ensemble dynamics and information flow deduction from whole-brain imaging data2024

    • 著者名/発表者名
      Toyoshima, Y., Sato, H., Nagata, D., Kanamori, M., Jang, M.S., Kuze, K., Oe, S., Teramoto, T., Iwasaki, Y., Yoshida, R., Ishihara, T., Iino, Y.
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 20 号: 3 ページ: e1011848-e1011848

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1011848

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Multiple p38/JNK mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathways mediate salt chemotaxis learning in C. elegans2023

    • 著者名/発表者名
      Huang, T., Suzuki, K., Kunitomo, H., Tomioka, M., and Iino, Y.
    • 雑誌名

      G3: Genes|Genomes|Genetics

      巻: 13 号: 9

    • DOI

      10.1093/g3journal/jkad129

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Antagonistic regulation of salt and sugar chemotaxis plasticity by a single chemosensory neuron in Caenorhabditis elegans2023

    • 著者名/発表者名
      Tomioka, M., Umemura, Y., Ueoka, Y., Chin, R., Katae, K., Uchiyama, C., Ike, Y., and Iino, Y.
    • 雑誌名

      PLOS Genetics

      巻: 19 号: 9 ページ: e1010637-e1010637

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010637

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans2023

    • 著者名/発表者名
      Tsuyuzaki, K., Yamamoto, K., Toyoshima, Y., Sato, H., Kanamori, M., Teramoto, T., Ishihara, T., Iino, Y., and Nikaido, I.
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 24 号: 1 ページ: 254-254

    • DOI

      10.1186/s12859-023-05230-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Different modes of stimuli delivery elicit changes in glutamate driven, experience-dependent interneuron response in C. elegans2023

    • 著者名/発表者名
      Mabardi Llian、Sato Hirofumi、Toyoshima Yu、Iino Yuichi、Kunitomo Hirofumi
    • 雑誌名

      Neuroscience Research

      巻: 186 ページ: 33-42

    • DOI

      10.1016/j.neures.2022.10.004

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular encoding and synaptic decoding of context during salt chemotaxis in C. elegans2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Shingo、Yoshitane Hikari、Mitsui Hinako、Sato Hirofumi、Umatani Chie、Kanda Shinji、Fukada Yoshitaka、Iino Yuichi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 2928-2928

    • DOI

      10.1038/s41467-022-30279-7

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The redundancy and diversity between two novel PKC isotypes that regulate learning in Caenorhabditis elegans.2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroki S, Iino, Y.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 119(3) 号: 3

    • DOI

      10.1073/pnas.2106974119

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DAF-2c signaling promotes taste avoidance after starvation in Caenorhabditis elegans by controlling distinct phospholipase C isozymes2022

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Tomioka, Moon Sun Jang, Yuichi Iino
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 30-30

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02956-8

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Probabilistic generative modeling and reinforcement learning extract the intrinsic features of animal behavior2022

    • 著者名/発表者名
      Keita Mori, Naohiro Yamauchi, Haoyu Wang, Ken Sato, Yu Toyoshima, Yuichi Iino
    • 雑誌名

      Neural Networks

      巻: 145 ページ: 107-120

    • DOI

      10.1016/j.neunet.2021.10.002

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans2020

    • 著者名/発表者名
      Yu Toyoshima, Stephen Wu, Manami Kanamori, Hirofumi Sato, Moon Sun Jang, Suzu Oe, Yuko Murakami, Takayuki Teramoto, Chanhyun Park, Yuishi Iwasaki, Takeshi Ishihara, Ryo Yoshida & Yuichi Iino
    • 雑誌名

      BMC Biology

      巻: 18 号: 1 ページ: 30-30

    • DOI

      10.1186/s12915-020-0745-2

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Analysis of the decreased brain-wide neural correlations in aging C. elegans2023

    • 著者名/発表者名
      曾 敬萱
    • 学会等名
      線虫研究の未来を創る会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The progeny of C.elegans that have been exposed to high salt conditions in its parent generation avoid high salt conditions2023

    • 著者名/発表者名
      Manami Dote
    • 学会等名
      24th International C. elegans Conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dye-uptake of amphid neurons enhances phototaxis behavior in a LITE-1 dependent manner2023

    • 著者名/発表者名
      Hirofumi Kunitomo
    • 学会等名
      24th International C. elegans Conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Classification of C. elegans behaviors based on centroid movement and posture analyses2023

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Iino
    • 学会等名
      24th International C. elegans Conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 線虫C. elegansにおける糖濃度学習の機能解析2023

    • 著者名/発表者名
      富永 慶子
    • 学会等名
      日本動物学会関東支部第75回大会国
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Investigating how worms integrate sensory and motor information in salt klinotaxis2022

    • 著者名/発表者名
      Ayaka Matsumoto, Chenqi Zhang, Akihiro Isozaki, Keisuke Goda, Yu Toyoshima, Yuichi Iino
    • 学会等名
      CeNeuro2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecules and neural network underlying salt preference2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Hiroki, Hirofumi Sato, Yu Toyoshima, Llian Mabardi, Hikari Yoshitane, Hinako Mitsui, Manami Kanamori, Chie Umatani, Shinji Kanda, Mashiro Tomoioka, Koichi Hashimoto, Hirofumi Kunitomo, Yoshitaka Fukada, Takeshi Ishihara & Yuichi Iino
    • 学会等名
      CeNeuro2022(C. elegans Topic Meeting: Neuronal Development, Synaptic Function and Behavior)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Analysis of neural activity underlying turning movement by tracking-imaging of freely moving C. elegans.2022

    • 著者名/発表者名
      Ukyo T. Tazawa, Koyo Kuze, Ayaka Matsumoto, Yu Toyoshima, Suzu Oe, Takayuki Teramoto, Takeshi Ishihara, Yuichi Iino
    • 学会等名
      NEURO2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 線虫が侵害受容から忌避応答を引き起こす神経回路の解析2022

    • 著者名/発表者名
      久世晃暢、田澤右京、豊島有、大江紗、寺本孝行、石原健、飯野雄一
    • 学会等名
      NEURO2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecules and neural network underlying salt preference2022

    • 著者名/発表者名
      Shingo Hiroki, Hirofumi Sato, Yu Toyoshima, Llian Mabardi, Hikari Yoshitane, Hinako Mitsui, Manami Kanamori, Chie Umatani, Shinji Kanda, Mashiro Tomoioka, Koichi Hashimoto, Hirofumi Kunitomo, Yoshitaka Fukada, Takeshi Ishihara & *Yuichi Iino
    • 学会等名
      CeNeuro2022 (C. elegans Topic Meeting: Neuronal Development, Synaptic Function and Behavior)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 線虫の行動制御神経回路機構の強化学習による探索2021

    • 著者名/発表者名
      山内直寛、森啓太、飯野雄一、銅谷賢治
    • 学会等名
      第44回日本神経科学大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Disentangling behavioral dynamics with MDN-RNN2020

    • 著者名/発表者名
      Keita Mori
    • 学会等名
      NeurIPS2020
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 線虫の混合密度再帰型ニューラルネットワークによる行動シミュレーションと強化学習による行動制御2020

    • 著者名/発表者名
      山内直寛
    • 学会等名
      第43回神経科学大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 飯野研究室

    • URL

      http://molecular-ethology.bs.s.u-tokyo.ac.jp/labHP/J/JTop.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書 2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-08-03   更新日: 2025-01-30  

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