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高分解能X線および中性子線回折による高電位鉄硫黄タンパク質の酸化還元反応の理解

研究課題

研究課題/領域番号 20K22642
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0701:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関東京医科歯科大学 (2021-2023)
国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 (2020)

研究代表者

花園 祐矢  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (00750465)

研究期間 (年度) 2020-09-11 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード電子伝達タンパク質 / 精密構造解析 / 中性子構造解析 / X線構造解析
研究開始時の研究の概要

高電位鉄硫黄タンパク質(HiPIP)の酸化型、還元型二つの状態を高分解能のX線および中性子線回折データをもとに高精度で水素原子を含めた構造解析を行う。高分解能のデータを用いることによって、外角電子の密度形状や電荷、水素原子位置、精密な結合長や結合角を実験的に決定する。さらに、精密な結合長や結合角、相互作用が明らかになった構造から量子化学計算を行うことで、生体中の酸化還元反応のメカニズムを、分子軌道とエネルギー状態から議論する。

研究成果の概要

Thermochromatium tepidum由来高電位鉄硫黄タンパク質の0.66 Å分解能X線回折データと1.2Å分解能の中性子回折データを組み合わせて構造解析を行った。タンパク質の構造としては初めて水素原子の座標を束縛なしで精密化することに成功し、ペプチド平面に存在すると考えられているアミドプロトンは、実際には周囲の電子状態の影響を受け、平面性からのずれに多様性が見られることを実験的に示した。また、アミドプロトンの平面からのずれは酸化還元の機能にも関与しており、酸化型と還元型における鉄イオウクラスター周辺のペプチド平面の違いが、電荷状態の安定化に寄与していることが示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、高電位鉄硫黄タンパク質構造を、X線および中性子線回折データを用いて高精度で解析し、水素原子の位置を含めた詳細な構造を明らかにしました。この成果は、タンパク質の酸化還元反応のメカニズムを明らかにし、新薬開発や生物工学における応用に貢献します。社会的には、これにより病気の治療法の開発や環境に優しいエネルギー生成方法の研究が進む可能性があります。

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] 高分解能中性子構造解析によるペプチド平面の再検討2023

    • 著者名/発表者名
      HANAZONO Yuya
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 63 号: 4 ページ: 205-206

    • DOI

      10.2142/biophys.63.205

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Description of peptide bond planarity from high-resolution neutron crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      Hanazono Yuya、Hirano Yu、Tamada Taro、Miki Kunio
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 号: 3 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0035

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 高分解能中性子構造から明らかになったタンパク質中のペプチド結合における新しい描像2022

    • 著者名/発表者名
      花園 祐矢, 平野 優, 玉田 太郎, 三木 邦夫
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌

      巻: 64 号: 3 ページ: 207-208

    • DOI

      10.5940/jcrsj.64.207

    • ISSN
      0369-4585, 1884-5576
    • 年月日
      2022-08-31
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Revisiting the concept of peptide bond planarity in an iron-sulfur protein by neutron structure analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Hanazono Yuya、Hirano Yu、Takeda Kazuki、Kusaka Katsuhiro、Tamada Taro、Miki Kunio
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 号: 20 ページ: 2276-2276

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn2276

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ペプチド結合の非平面性の解明:高分解能中性子結晶構造解析による新視点2024

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢, 平野優, 竹田一旗, 日下勝弘, 玉田太郎, 三木邦夫
    • 学会等名
      2023年度量子ビームサイエンスフェスタ
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Fine structure analysis of protein: Unraveling molecular details through ultra-high-resolution X-ray and neutron crystallography2023

    • 著者名/発表者名
      Yuya Hanazono, Yu Hirano, Nobutoshi Ito, Taro Tamada, Kunio Miki
    • 学会等名
      The 18th International Symposium of the Institute Network for Biomedical Sciences
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 高分解能立体構造解析から得られたタンパク質中のペプチド結合における新しい描像2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      量子生命科学会第4回大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子構造解析により明らかになるペプチド結合の非平面性2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第22回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子構造解析によるペプチド結合の平面性の再検討2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 高分解能中性子結晶構造解析によるペプチド結合平面性の再検証2022

    • 著者名/発表者名
      平野優,花園祐矢,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      第22回日本中性子学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 高分解能中性子構造から明らかになったペプチド結合の非平面性2022

    • 著者名/発表者名
      花園祐矢,平野優,竹田一旗,日下勝弘,玉田太郎,三木邦夫
    • 学会等名
      令和4年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] High-resolution structure of an electron-transfer protein by neutron crystallography.2021

    • 著者名/発表者名
      Yuya Hanazono, Yu Hirano, Kazuki Takeda, Katsuhiro Kusaka, Taro Tamada, Kunio Miki
    • 学会等名
      The 4th International Forum on Quantum Metrology and Sensing
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2020-09-29   更新日: 2025-01-30  

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