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ヌクレオシド天然物の生合成におけるヘテロ原子導入機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K22700
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0801:薬学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

牛丸 理一郎  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (10873648)

研究期間 (年度) 2020-09-11 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード天然物生合成 / ヌクレオシド天然物 / 酵素反応機構 / 生合成 / 天然物 / 酵素
研究開始時の研究の概要

放線菌 Streptomyces calvus T-3018 が生産する nucleocidin は 4-フルオロリボースを基本骨格とし、また一級スルファメート部位を側鎖として持つ極めて構造的にユニークなヌクレオシド天然物である。本研究では、nucleocidin の生合成経路における、リボース骨格へのフッ素原子の導入および、スルファメート部位の形成に関わる酵素群を同定し、それらの触媒機能を解明する。

研究成果の概要

本研究では、放線菌 Streptomyces calvus T-3018 が生産するヌクレオチド天然物nucleocidin の生合成経路における、リボース骨格へのフッ素原子の導入および、スルファメート部位の形成を含む生合成経路の解明を目的とし、 遺伝子破壊実験と in vitro 酵素反応解析を計画した。生合成遺伝子クラスターに含まれる遺伝子を網羅的に破壊することにより、生合成に必須である遺伝子を同定し、生合成機構を提唱した。生合成を担うと考えられる酵素を可溶性タンパク質として大腸菌または放線菌から異種発現、精製し、生合成初期段階における酵素の機能を同定した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

ヌクレオシド骨格は抗ウイルス薬や抗生物質などの医薬品に頻繁にみられる化学構造であり、生物活性の発現に重要な役割を果たしている。 本研究により得られた生合成情報をもとにヘテロ原子を含む希少ヌクレオチド天然物の新規生合成経路や新規酵素の発見が期待できる。また、同定した生合成酵素あるいは適切なアミノ酸置換を施した酵素変異体を用いることにより新規生物活性ヌクレオシド化合物の創出も期待できる。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 4件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Stereodivergent Nitrocyclopropane Formation during Biosynthesis of Belactosins and Hormaomycins2021

    • 著者名/発表者名
      Shimo Shotaro、Ushimaru Richiro、Engelbrecht Alicia、Harada Mei、Miyamoto Kazunori、Kulik Andreas、Uchiyama Masanobu、Kaysser Leonard、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 号: 44 ページ: 18413-18418

    • DOI

      10.1021/jacs.1c10201

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular insights into the endoperoxide formation by Fe(II)/α-KG-dependent oxygenase NvfI2021

    • 著者名/発表者名
      Mori Takahiro、Zhai Rui、Ushimaru Richiro、Matsuda Yudai、Abe Ikuro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 4417-4417

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24685-6

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Studies of lincosamide formation complete the biosynthetic pathway for lincomycin A2020

    • 著者名/発表者名
      Wang Shao-An、Lin Chia-I、Zhang Jiawei、Ushimaru Richiro、Sasaki Eita、Liu Hung-wen
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 117 号: 40 ページ: 24794-24801

    • DOI

      10.1073/pnas.2009306117

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of the Enzymes Mediating the Maturation of the Seryl‐tRNA Synthetase Inhibitor SB‐217452 during the Biosynthesis of Albomycins2020

    • 著者名/発表者名
      Ushimaru Richiro、Chen Zhang、Zhao Houyuan、Fan Po‐hsun、Liu Hung‐wen
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 号: 9 ページ: 3558-3562

    • DOI

      10.1002/anie.201915275

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 天然物生合成における 新規ラジカル環化酵素の同定と反応機構解明2022

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会 若い世代の特別講演会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 薬用トロパンアルカロイド生合成酵素の 反応機構解析2022

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会 薬用植物化学研究の新展開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非ヘム鉄酵素が触媒するシクロプロパン化反応の立体化学解析2022

    • 著者名/発表者名
      志茂将太朗、牛丸理一郎、阿部郁朗
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Assembly of the Peptidyl Thionucleoside during the Biosynthesis of Albomycins2021

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru
    • 学会等名
      The 3nd Lijiang International Forum on Pharmaceutical Sciences
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Mechanistic Investigation of the H6H-catalyzed oxidation reactions using substrate analogues2021

    • 著者名/発表者名
      Richiro Ushimaru, Ri-dao Chen, Xiao Liu, Po-shun Fan, and Hung-wen Liu
    • 学会等名
      4th European Conference on Natural Products
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 薬用トロパンアルカロイド生合成酵素の 反応機構解析2021

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      日本生薬学会第67回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] チオヌクレオチド天然物の生合成2021

    • 著者名/発表者名
      牛丸理一郎
    • 学会等名
      第23回 天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ホルマオマイシンの生合成におけるニトロシクロプロパン環の形成2021

    • 著者名/発表者名
      志茂将太朗、牛丸理一郎、阿部郁朗
    • 学会等名
      日本生薬学会第67回年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ホルマオマイシンの生合成におけるニトロシクロプロパン環の形成2021

    • 著者名/発表者名
      志茂将太朗、牛丸理一郎、阿部郁朗
    • 学会等名
      2021年度(第35回)日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ホルマオマイシンを構成する3-(trans-2-ニトロシクロプロピル)アラニンの生合成2021

    • 著者名/発表者名
      志茂将太朗、牛丸理一郎、阿部郁朗
    • 学会等名
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] ホルマオマイシンの生合成におけるニトロシクロプロパン環の形成2021

    • 著者名/発表者名
      志茂 将太朗、牛丸 理一郎、阿部 郁朗
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Albomycin生合成におけるセリルtRNA合成酵素阻害剤SB-217452の形成2020

    • 著者名/発表者名
      牛丸 理一郎、Zhang Chen、Houyuan Zhao、Po-hsun Fan、Hung-wen Liu
    • 学会等名
      第62回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 東京大学大学院薬学系研究科 天然物化学教室

    • URL

      https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/publications.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 東京大学薬学系研究科天然物化学教室

    • URL

      http://www.f.u-tokyo.ac.jp/~tennen/head.htm

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-09-29   更新日: 2023-01-30  

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