動的クロマチン高次構造であるヘテロクロマチンの構造・機能ネットワークの解明

• 研究課題/領域番号: 21247001
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 遺伝・ゲノム動態
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 村上 洋太 北海道大学, 大学院・理学研究院, 教授 (20260622)
• 研究分担者: 田中 克典 関西学院大学, 理工学部, 教授 (60273926)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 43,160千円 (直接経費: 33,200千円、間接経費: 9,960千円); 2011年度: 12,870千円 (直接経費: 9,900千円、間接経費: 2,970千円); 2010年度: 12,870千円 (直接経費: 9,900千円、間接経費: 2,970千円); 2009年度: 17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
• キーワード: ヘテロクロマチン / RNAi / 転写 / 非コードRNA / RNAポリメラーゼII / 分裂酵母 / Two hybrid法

研究概要

ヘテロクロマチンは遺伝子発現制御や遺伝情報維持に重要なクロマチン高次構造である。本研究はモデル生物である分裂酵母を用いてRNAi機構に依存して形成されるヘテロクロマチンに着目しその形成・機能の解明を目指した。その結果、RNAi依存ヘテロクロマチン形成過程およびヘテロクロマチン内転写の制御で機能する転写関連因子ネットワークの一部を明らかにした。また新規因子の機能解析から核膜近傍に「RNAi依存ヘテロクロマチン形成場」が作られるという新規概念を提唱した。

研究成果

• [雑誌論文] Heterochromatin protein 1 homologue Swi6acts in concert with Ers1 to regulate RNAi-directed heterochromatin assembly (2012)
  • 著者名/発表者名: Hayashi A., Ishida M., Kawaguchi R., Urano T., Murakami Y. and Nakayama J-I.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. 巻: 109 ページ: 6159-6164
• [雑誌論文] DNA-RNAhybrid formation mediates RNAi-directed heterochromatin formation (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakama, M., Kawakami, K., Kajitaini, T., Urano, T. and Murakami, Y.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 17 ページ: 218-233
• [雑誌論文] DNA-RNA hybrid formation mediates RNAi-directed heterochromatin formation (2012)
  • 著者名/発表者名: Nakama, M., Kawakami, K., Kajitaini, T., Urano, T., Murakami, Y
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 17 号: 3 ページ: 218-233
  • DOI: 10.1111/j.1365-2443.2012.01583.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heterochromatin protein 1 homologue Swi6 acts in concert with Ers1 to regulate RNAi-directed heterochromatin assembly (2012)
  • 著者名/発表者名: Hayashi, A., Ishida, M., Kawaguchi, R., Urano, T., Murakami, Y., Nakayama, J-I.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 巻: (印刷中) 号: 16 ページ: 6159-64
  • DOI: 10.1073/pnas.1116972109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamic regulation of heterochromatin via phosphorylation of HP1-family proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Shimada A. and Murakami Y.
  • 雑誌名: Epigenetics 巻: 5 ページ: 30-33
• [雑誌論文] Multiple Functions of S-phase Checkpoint Mediator. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, K
  • 雑誌名: Biosci. Biotechnol. Biosci. 巻: 74 ページ: 2367-2373
  • NAID: 10027727602
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamic regulation of heterochromatin via phosphorylation of HP1-family proteins. (2010)
  • 著者名/発表者名: Shimada A
  • 雑誌名: Epigenetics 5 ページ: 30-33
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phosphorylation of Swi6/HP1 regulates transcriptional genesilencing at heterochromatin (2009)
  • 著者名/発表者名: Shimada A., Dohke K., Sadaie M., Shinmyozu, K., Nakayama, J-I., Urano, T. and Murakami, Y
  • 雑誌名: Genes & Dev 巻: 23 ページ: 18-23
• [雑誌論文] Reconstitution of Arabidopsis thaliana SUMO pathways in E.coli : functional evaluation of SUMO machinery proteins and mapping of SUMOylation sites by mass spectrometry. (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada S
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol. 50 ページ: 1049-1061
  • 査読あり
• [学会発表] 分裂酵母HP1ホモログSwi6の核酸結合機能 (2012)
  • 著者名/発表者名: 山辺史貴、石田真由美、中山潤一、田中克典
  • 学会等名: 第29回染色体ワークショップ
  • 発表場所: ホテルニュー水戸屋(仙台市)
  • 年月日: 2012-01-26
• [学会発表] 分裂酵母新規蛋白質Dsh1は核膜近傍にsiRNA合成場を形成する (2012)
  • 著者名/発表者名: 川上慶、林亜紀、中山潤一、小布施力史、村上洋太
  • 学会等名: 第29回染色体ワークショップ
  • 発表場所: ホテルニュー水戸屋(仙台市)
  • 年月日: 2012-01-26
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2011)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太、高畑信也、梶谷卓也、鈴木詔大、千田香織、森美由紀
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会シンポジウム
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜市)
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] Transcriptional Machinery including RNA polymerase II regulates transcriptional and post-transcriptional gene silencing at heterochromatin (2011)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太、高畑信也、梶谷卓也、鈴木詔大、千田香織、森美由紀
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会シンポジウム「Mobile elements and its biological functions」
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜市)(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] Phosphorylations of RNAPII-CTD have two essential roles for centromeric silencing (2011)
  • 著者名/発表者名: Kajitani, T., Hermand, D., Ishii, K., Kimura, H., Murakami, Y.
  • 学会等名: Cell : Symposium : Epigenetics and the Inheritance o Acquired States
  • 発表場所: The Westin Boston Waterfront (Boston, USA)
  • 年月日: 2011-10-31
• [学会発表] RNAPII-CTDのリン酸化はセントロメアの遺伝子発現抑制に必須の二つの機能をもつ (2011)
  • 著者名/発表者名: 梶谷卓也、Damien Hermand, 石井浩二郎、木村宏、村上洋太
  • 学会等名: 第10回核ダイナミクス研究会
  • 発表場所: 北広島クラッセホテル(北広島市)
  • 年月日: 2011-10-27
• [学会発表] 分裂酵母新規蛋白質Dsh1は核膜近傍にsiRNA合成場を形成する (2011)
  • 著者名/発表者名: 川上慶、林亜紀、中山潤一、小布施力史、村上洋太
  • 学会等名: 第10回核ダイナミクス研究会
  • 発表場所: 北広島クラッセホテル(北広島市)
  • 年月日: 2011-10-27
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2011)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: Sweden-Japan Joint Colloquium, Epigenetics
  • 発表場所: ストックホルム(スウェーデン)
  • 年月日: 2011-09-07
• [学会発表] Dsh1 assembles RNAi machinery and forms siRNA generation factory at Nuclear Periphery in fission yeast (2011)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第63回日本細胞生物学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2011-06-27
• [学会発表] yeast (2011)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第63回日本細胞生物学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 2011-06-27
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2011)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: International Symposium, Physicochemical Field for Genetic Activities
  • 発表場所: 淡路夢舞台(淡路市)
  • 年月日: 2011-01-25
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2011)
  • 著者名/発表者名: Yota Murakami
  • 学会等名: International Symposium, Physicochemical Field for Genetic Activities
  • 発表場所: 兵庫県・淡路市
  • 年月日: 2011-01-25
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2010)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太、仲間美奈、川上慶、梶谷卓也、浦野健
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会ワークショップ
  • 発表場所: 神戸国際会議場(神戸市)
  • 年月日: 2010-12-08
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2010)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太、仲間美奈、川上慶、梶谷卓也、浦野健
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会ワークショップ「DNA・RNA・タンパク質のインタープレイがおりなす遺伝情報発現」
  • 発表場所: 兵庫県・神戸市
  • 年月日: 2010-12-08
• [学会発表] RNAi依存性ヘテロクロマチンにおけるnon-coding RNAの動態と機能制御 (2010)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 日本遺伝学会大会第82回大会シンポジウム
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] RNAi依存性ヘテロクロマチンにおけるnon-coding RNAの動態と機能制御 (2010)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 日本遺伝学会大会第82回大会シンポジウム「多様な生命現象におけるエピゲノム制御」
  • 発表場所: 北海道、札幌市
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] 分裂酵母HP1ホモログSwi6のSUMO化修飾の意義の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山邊史貴、石田真由美、中山潤一、田中克典
  • 学会等名: 第43回酵母遺伝学フォーラム
  • 発表場所: 奈良市
  • 年月日: 2010-09-10
• [学会発表] Non-coding RNA binds to heterochromatin via DNA : RNA hybrid to mediate RNAi-directed heterochromatin formation (2010)
  • 著者名/発表者名: Yota Murakami
  • 学会等名: Sweden-Japan Joint Colloquium, Epigenetics
  • 発表場所: Stochholm, Sweden
  • 年月日: 2010-09-07
• [学会発表] 分裂酵母HP1ホモログSwi6のSUMO化修飾の意義の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山邊史貴、石田真由美、中山潤一、田中克典
  • 学会等名: 第9回核ダイナミクス研究会
  • 発表場所: 静岡県伊豆市
  • 年月日: 2010-05-29
• [学会発表] ヘテロクロマチンダイナミクスにおけるnon-coding RNA (2010)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第9回核ダイナミクス研究会
  • 発表場所: 静岡県伊豆市
  • 年月日: 2010-05-29
• [学会発表] 分裂酵母MCM-BPタンパク質の機能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田中克典
  • 学会等名: 第27回染色体ワークショップ
  • 発表場所: 三島
• [学会発表] Dynamic Regulation of heterochromatin sturucture/function in the cell cycle (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会ワークショップ「染色体倍加装置のダイナミクス」
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜市)
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] Dynamic Regulation of Heterochrimatin (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: The fifth International Fission Yeast Meeting
  • 発表場所: 国立オリンピック記念青少年総合センター(東京都)
  • 年月日: 2009-10-28
• [学会発表] トランスポゼース由来の分裂酵母CENP-Bホモログはキネトコアとヘテロクロマチンの境界で機能する (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第82回日本生化学会大会シンポジウム
  • 発表場所: 神戸国際会議場(神戸市)
  • 年月日: 2009-10-24
• [学会発表] Dynamic Regulation of Heterochrimatin (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第24回内藤カンファレンス「Nuclear Dynamics and RNA [II]」
  • 発表場所: ガトーキングダム札幌(札幌市)
  • 年月日: 2009-06-22
• [学会発表] Dynamic Regulation of Heterochrimatin (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第24回 内藤カンファレンス"Nuclear Dynamics and RNA[II]
  • 発表場所: 北海道 札幌市
• [学会発表] トランスポゼース由来の分裂酵母CENP-Bホモログはキネトコアとヘテロクロマチンの境界で機能する (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第82回日本生化学会大会 シンポジウム「トランスポゾンとの共生が織りなすゲノムシステムのダイナミクス」
  • 発表場所: 兵庫県 神戸市
• [学会発表] Dynamic Regulation of Heterochrimatin (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: The fifth International Fission Yeast Meeting
  • 発表場所: 東京都
• [学会発表] Dynamic Regulation of heterochromatin sturucture/function in the cell cycle (2009)
  • 著者名/発表者名: 村上洋太
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会ワークショップ「染色体倍加装置のダイナミクス」
  • 発表場所: 神奈川県 横浜市
• [学会発表] 分裂酵母Mrc1のDNA複製フォークへの結合様式の解明 (2009)
  • 著者名/発表者名: 坂井俊介
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] THE MRC1 LOADING ONTO THE REPLICATION FORK IN FISSION YEAST (2009)
  • 著者名/発表者名: Katsunori Tanaka
  • 学会等名: The 5th International Fission Yeast meeting Pombe2009
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [備考]
  • URL: http://barato.sci.hokudai.ac.jp/~bo/