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ケミカルバイオロジーにおける創薬をめざす化合物情報解析のための統計的方法論の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21300109
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 統計科学
研究機関公益財団法人がん研究会 (2011)
(財)癌研究会 (2009-2010)

研究代表者

松浦 正明  公益財団法人がん研究会, がん研究所がんゲノム研究部, 部長 (40173794)

研究分担者 星川 裕  公益財団法人がん研究会, がん研究所がんゲノム研究部, 研究員 (80280626)
宮田 敏  公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343)
牛嶋 大  公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
磯村 実  島根大学, 医学部・病態病理学講座, 講師 (40272497)
原 利英  東京理科大学, 理工学部・情報科学科, 助教 (30579769)
連携研究者 矢守 隆夫  公益財団法人がん研究会, がん化学療法センター分子薬理部, 部長 (60200854)
旦 慎吾  公益財団法人がん研究会, がん化学療法センター分子薬理部, 研究員 (70332202)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2011年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2010年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2009年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
キーワード統計数学 / バイオインフォマティクス / 創薬 / 生体生命情報学 / ケミカルバイオロジー
研究概要

70の抗がん剤を含む3700化合物を癌細胞パネル39系(JFCR39)に作用させて得られた50%増殖阻害濃度値のデータを用いて、ヒト癌細胞株に対する新規の生物学的活性指標として、細胞増殖曲線から得られる複数の統計学的指標を開発し、さらにマイクロアレイデータを用いて化合物と疾病との関連を探索するためのConnectivity Mapを利用した解析法も同時に検討した。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2012 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 12件) 学会発表 (4件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] Hyperactivation of 4E-binding protein 1 as a mediator of biguanide-in duced cyto toxicity during glucose deprivation2012

    • 著者名/発表者名
      Matsuo J, Tsukumo Y, Saito S, Tsukahara S, Sakurai J, Sato S, Kondo H, Ushijima M, Matsuura M, Watanabe T, Tomida A
    • 雑誌名

      Mol Cancer Ther

      巻: 11(5) 号: 5 ページ: 1082-1091

    • DOI

      10.1158/1535-7163.mct-11-0871

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ASCL1-coexpression profiling but not single gene expression profiling defines lung adenocarcinomas of neuroendocrine nature with poor prognosis2012

    • 著者名/発表者名
      Fujiwara T, Hiramatsu M, Isagawa T, Ninomiya H, Inamura K, Ishikawa S, Ushijima M, Matsuura M, Jones M. H., Shimane M, Nomura H, Ishikawa, Y, Aburatani H
    • 雑誌名

      Lung Cancer

      巻: 75(1) ページ: 119-125

    • URL

      http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016950021100328X

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Whole-exome sequencing of human pancreatic cancers and characterization of genomic instability caused by MLH1 haploinsufficiency and complete deficiency2012

    • 著者名/発表者名
      Wang L, et al.(Isomura M 25人中14番目)
    • 雑誌名

      Genome research

      巻: 22 ページ: 208-219

    • URL

      http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.123109.111

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prospective randomized phase II study determines the clinical usefulness of genetic biomarkers for sensitivity to primary chemotherapy with paclitaxel in breast cancer2011

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Nagasaki K, Miki Y, Iwase T, Akiyama F, Matsuura M, Horii R, Makita M, Tokudome N, Ushijima M, Yoshimoto M, Takahashi S, Noda T, Hatake K
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 102 号: 1 ページ: 130-136

    • DOI

      10.1111/j.1349-7006.2010.01740.x

    • NAID

      10029288759

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alcoholics show reduced telomere length in the oesophagus2011

    • 著者名/発表者名
      Aida J, Yokoyama A, Izumiyama N, Nakamura K, Ishikawa N, Poon SS, Fujiwara M, Sawabe M, Matsuura M, Arai T, Takubo K
    • 雑誌名

      Journal of Pathology

      巻: 223 ページ: 410-416

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prospective randomized phase II study determines the clinical usefulness of genetic biomarkers for sensitivity to primary chemotherapy with paclitaxel in breast cancer.2011

    • 著者名/発表者名
      Ito Y, Nagasaki K, Miki Y, Iwase T, Akiyama F, Matsuura M, Horii R, Makita M, Tokudome N, Ushijima M, Yoshimoto M, Takahashi S, Noda T, Hatake K.
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 102 ページ: 130-136

    • NAID

      10029288759

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Alcoholics show reduced telomere length in the oesophagus.2011

    • 著者名/発表者名
      Aida J, Yokoyama A, Izumiyama N, Nakamura K, Ishikawa N, Poon SS, Fujiwara M, Sawabe M, Matsuura M, Arai T, Takubo K.
    • 雑誌名

      Journal of Pathology

      巻: 223 ページ: 410-416

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mathematical description of drug movement into tumor with EPR effect and estimation of its configuration for DDS2010

    • 著者名/発表者名
      Hara, T., Iriyama, S., Makino, K., Terada, H. and Ohya, M.
    • 雑誌名

      Colloids Surf B Biointerfaces

      巻: 75 ページ: 42-46

    • URL

      http://dx.doi.org/10.1016/j.colsurfb.2009.08.013

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Common and discriminative clinicopathological features between breast cancers with pathological complete response or progressive disease in response to neoadjuvant chemotherapy2010

    • 著者名/発表者名
      Osako T, Horii R, Matsuura M, Ogiya A, Domoto K, Miyagi Y, Takahashi S, Ito Y, Iwase T, Akiyama F
    • 雑誌名

      J. Cancer Res. Clin. Oncol

      巻: 136(2) 号: 2 ページ: 233-241

    • DOI

      10.1007/s00432-009-0654-9

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Common and discriminative clinicopathological features between breast cancers with pathological complete response or progressive disease in response to neoadjuvant chemotherapy2010

    • 著者名/発表者名
      Osako T, Horii R, Matsuura M, Ogiya A, Domoto K, Miyagi Y, Takahashi S, Ito Y, Iwase T, Akiyama F
    • 雑誌名

      J.Cancer Res.Clin.Oncol. 136(2)

      ページ: 233-241

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predictive factors for efficacy of capecitabine in heavily pretreated patients with metastatic breast cancer2009

    • 著者名/発表者名
      Osako T, Ito Y, Ushijima M, Takahashi S, Tokudome N, Sugihara T, Iwase T, Matsuura M, Hatake K
    • 雑誌名

      Cancer Chemother. Pharmacol

      巻: 63 ページ: 865-871

    • URL

      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18670777

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Predictive factors for efficacy of capecitabine in heavily pretreated patients with metastatic breast cancer2009

    • 著者名/発表者名
      Osako T, Ito Y, Ushijima M, Takahashi S, Tokudome N, Sugihara T, Iwase T, Matsuura M, Hatake K.
    • 雑誌名

      Cancer Chemother.Pharmacol. 63(5)

      ページ: 865-871

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] イメージング質量分析データに対するソフトウェアの開発2011

    • 著者名/発表者名
      牛嶋大、瀬藤光利、松浦正明
    • 学会等名
      第70回日本癌学会総会
    • 発表場所
      名古屋(国際会議場)
    • 年月日
      2011-10-04
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Some mathematical techniques to study life sciences2011

    • 著者名/発表者名
      Hara, T. Ohya, M
    • 学会等名
      32^<nd> International Conference on Quantum Probability and Related Topics
    • 発表場所
      Levico Terme, Italy
    • 年月日
      2011-06-02
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 少数サンプルから癌化学療法の副作用に関連するSNPを同定する方法の開発2010

    • 著者名/発表者名
      磯村実,松浦正明,野田哲生,三木義男
    • 学会等名
      第69回日本癌学会総会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] Statistical issues on the use of Connectivity Map2009

    • 著者名/発表者名
      牛嶋大,宮田敏,松浦正明
    • 学会等名
      第68回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-10-03
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [図書] バイオインフォマティクス2009

    • 著者名/発表者名
      松浦正明
    • 出版者
      南江堂
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] マイクロアレイデータの解析における統計処理2009

    • 著者名/発表者名
      宮田敏,牛嶋大,松浦正明
    • 出版者
      金芳堂
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 「バイオインフォマティクス」新臨床腫瘍学:がん薬物療法専門医のために 改訂第2版2009

    • 著者名/発表者名
      松浦正明
    • 総ページ数
      4
    • 出版者
      南江堂
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] 「マイクロアレイデータの解析における統計処理」がん分子標的治療研究実践マニュアル2009

    • 著者名/発表者名
      宮田敏, 牛嶋大, 松浦正明
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      金芳堂
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

URL: 

公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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