| 研究課題/領域番号 |
21310132
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム情報科学
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| 研究機関 | 東邦大学 |
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研究代表者 |
日紫喜 光良 東邦大学, 理学部, 准教授 (30324271)
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| 研究分担者 |
長崎 正朗 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (90396862)
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| 連携研究者 |
宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
伊藤 孝一 大阪大学, 医学系・研究科, 助教 (20370124)
坂手 龍一 独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 特別研究員 (50509495)
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| 研究期間 (年度) |
2009 – 2011
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| 研究課題ステータス |
完了 (2011年度)
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| 配分額 *注記 |
12,870千円 (直接経費: 9,900千円、間接経費: 2,970千円)
2011年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2010年度: 4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2009年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
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| キーワード | バイオインフォマティクス / 生体内パスウェイ解析 / シミュレーション / 多型 / パスウェイ / CSML / グラフ探索 / SNP / ASTD / ペトリネット / パスウェイシミュレーション / Consumer Health Informatics |
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| 研究概要 |
疾患あるいは環境と多型との関連性という点で機能的に重要な遺伝子を視覚的に同定する作業に使用するために、2種類のWeb上のシステムを開発した。一つは遺伝子の多型パターンセットの地理的分布を手がかりにして環境による選択を受けた可能性のある遺伝子を視覚的に探索するためのもので、もう一つは、遺伝子名で検索したWebページの中から与えられた辞書にあるすべての疾患名を同定して列挙し、頻度と特異度によって順位づけするものである。一方で、動的な生体内パスウェイモデルの特徴因子と遺伝子多型・機能との関係を探るための枠組みを準備した。すなわち、(CSML)形式で記述した生体内パスウェイモデルのデータへの適合性をチェックするためのデータ解析方法ならびにシステムを開発した。また、遺伝子多型がもたらす遺伝子機能の亢進・抑制等の定性的なルールの形で制約条件を与えることによって動的なパスウェイモデルの挙動をシミュレーションできるかどうか、ある生物学的機能に関わる生体内パスウェイ群を用いて検討した。
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