超好熱菌における全regulonの確定と機能解明

• 研究課題/領域番号: 21350092
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 跡見 晴幸 京都大学, 大学院・工学研究科, 教授 (90243047)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 19,110千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 4,410千円); 2011年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2010年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円); 2009年度: 6,110千円 (直接経費: 4,700千円、間接経費: 1,410千円)
• キーワード: 転写制御因子 / 遺伝子破壊 / regulon / 超好熱菌 / 始原菌 / ゲノム / Thermococcus kodakarensis / プロモーター / Thermococcus kodakaraensis / 機能未知遺伝子

研究概要

超好熱菌Thermococcus kodakarensisのゲノム解析情報と遺伝子破壊技術・transcriptome解析技術を利用し、ゲノム上の推定転写制御因子の遺伝子を網羅的に破壊し、各破壊株の形質を評価するとともにtranscriptome解析を進め、各転写制御因子のregulonを確定した。また一部のregulonに関して、regulonに含まれる機能未知遺伝子が関与する生命機能を示唆することができた。

研究成果

• [雑誌論文] Thermococcus kodakarensis as a host for gene expression and protein secretion (2011)
  • 著者名/発表者名: Takemasa, R., Yokooji, Y., Yamatsu, A., Atomi, H., Imanaka, T.
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 巻: 77(7) ページ: 2392-2398
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermococcus kodakarensis as a host for gene expression and protein secretion (2011)
  • 著者名/発表者名: Takemasa R, Yokooji Y, Yamatsu A, Atomi H, Imanaka T
  • 雑誌名: Applied and Environmental Microbiology 巻: 77 号: 7 ページ: 2392-2398
  • DOI: 10.1128/aem.01005-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the Phr-dependent heat shock regulon in the hyperthermophilic arch eon, Thermococcus kodakaraensis (2010)
  • 著者名/発表者名: Kanai, T., Takedomi, S., Fujiwara, S., Atomi, H., Imanaka, T.
  • 雑誌名: Journal of Biochemistry 巻: 147(3) ページ: 361-370
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermococcus kodakarensis mutants deficient in di-myo-inositol phosphate use aspartate to cope with heat stress (2010)
  • 著者名/発表者名: Borges, N., Matsumi, R., Imanaka, T., Atomi, H., Santos, H.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 巻: 192(1) ページ: 191-197
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the Phr-dependent heat shock regulon in the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakaraensis. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kanai, T., Takedomi, S., Fujiwara, S., Atomi, H., Imanaka, T.
  • 雑誌名: Journal of Biochemistry 巻: 147 ページ: 361-370
  • NAID: 10027874436
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2010)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸, 小宮山眞 監修
  • 雑誌名: 酵素利用技術大系―基礎・解析から改変・高機能化・産業利用まで―(株式会社エヌ・ティー・エス) ページ: 510-517
• [雑誌論文] Identification of the Phr-dependent heat shock regulon in the hyperther mophilic archaeon, Thermococcus kodakaraensis (2009)
  • 著者名/発表者名: Kanai T, Takedomi S, Fujiwara S, Atomi H, Imanaka T
  • 雑誌名: J.Biochem. 147(3) ページ: 361-370
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Fur iron regulator-like protein is cryptic in the hyperthermophilic archaeaon Thermococcus kodakaraensis (2009)
  • 著者名/発表者名: Louvel H, Kanai T, Atomi H, Reeve JN
  • 雑誌名: FEMS Microbiol.Lett. 295 ページ: 117-128
  • 査読あり
• [学会発表] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのゲノム配列からの新規転写制御因子の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山本康之、金井保、跡見晴幸
  • 学会等名: 極限環境微生物学会
  • 発表場所: 長崎大学
  • 年月日: 2011-11-28
• [学会発表] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisにおける糖代謝関連転写制御因子Tgrの機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小谷徹、金井保、跡見晴幸
  • 学会等名: 極限環境微生物学会
  • 発表場所: 長崎大学
  • 年月日: 2011-11-28
• [学会発表] Elucidation of the functions of the ArsR transcription regulators in Thermococcus kodakarensis (2011)
  • 著者名/発表者名: Lee, S, Kanai, T, Atomi, H
  • 学会等名: 極限環境微生物学会
  • 発表場所: 長崎大学
  • 年月日: 2011-11-28
• [学会発表] The unique metabolic pathways of hyperthermophilic archaea (2011)
  • 著者名/発表者名: Atomi, H, Imanaka, T
  • 学会等名: IUMS2011
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2011-09-07
• [学会発表] 超好熱菌を宿主とした細胞工学の試み (2010)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: 第5回産業用酵素シンポジウム
  • 発表場所: 長浜バイオ大学(滋賀県)
  • 年月日: 2010-11-06
• [学会発表] Novel metabolic enzymes from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis. Extremophiles (2010)
  • 著者名/発表者名: Haruyuki Atomi
  • 発表場所: ポンタデルガダ,ポルトガル
  • 年月日: 2010-09-13
• [学会発表] Novel metabolic enzymes from the hyperthermophilic archaeon Thermosoccur kodakarensis (2010)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: Extremophiles, 2010
  • 発表場所: ポンタデルガダ、ポルトガル
  • 年月日: 2010-09-13
• [学会発表] ゲノム情報を利用した微生物の新規機能酵素の探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸、横大路裕介、金井保、佐藤喬章、今中忠行
  • 学会等名: 第4回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 九州大学
  • 年月日: 2010-03-09
• [学会発表] 超好熱始原菌の環境応答機構 (2009)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: GCOE第4回国際シンポジウム
  • 発表場所: 奈良先端科学技術大学院大学
  • 年月日: 2009-11-13
• [学会発表] 超好熱始原菌の環境応答機構 (転写制御、熱ショック蛋白質) (2009)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: GCOE第4回国際シンポジウム
  • 発表場所: 奈良先端科学技術大学院大学
  • 年月日: 2009-11-13
• [学会発表] Novel enzymes of the archaea involved in coenzyme biosynthesis (2009)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸
  • 学会等名: Gordon Research Conference 2009
  • 発表場所: New Hampshire, U. S. A.
  • 年月日: 2009-07-29
• [図書] Protein Engineering Handbook vol.III (Enzymes from thermophilic organisms) (2012)
  • 著者名/発表者名: Kanai, T, Atomi, H
  • 出版者: Wiley VCH(in press)
• [図書] 超好熱菌ゲノム情報に基づいた新規代謝酵素・経路の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸、佐藤喬章、横大路裕介、今中忠行
  • 出版者: 株式会社エヌ・ティー・エス
• [図書] 酵素利用技術大系第5編第5章第2節「超好熱菌ゲノム情報に基づいた新規代謝酵素・経路の解明」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 跡見晴幸、佐藤喬章、横大路裕介、今中忠行
  • 出版者: 株式会社エヌ・ティー・エス 小宮山眞監修
• [備考]
  • URL: http://www.sbchem.kyoto-u.ac.jp/atomi-lab/