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HIV薬剤耐性検査のためのパイロジェノタイピング手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21360408
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関早稲田大学

研究代表者

竹山 春子  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (60262234)

研究分担者 杉浦 亙  (独)国立病院機構名古屋医療センター, 臨床研究センター感染免疫研究部, 部長 (70300936)
岡村 好子  広島大学, 先端物質科学研究科, 准教授 (80405513)
モリ テツシ  早稲田大学, 理工学術院, 助教 (00590100)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2011年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2010年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2009年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
キーワードpyrosequencing / HIV / quasispecies / 同時並列個別増幅 / 一分子計測 / パイロシークエンス / ゲノム / 多様性解析 / シングルセル解析
研究概要

HIV内での多様な変異を効率的に検出するパイロシークエンスを基盤とした一分子解析手法の確立とHIVのquasispecies形成の機構解明をシークエンスによって検討した。結果、10コピー以下のcDNA分子の個別増幅が可能なシステム構築が達成でき、かつquasispecies形成を解析する基礎となるプロウイルスDNAのサブタイプ分類やGag、PRが共進化を辿っていることを示すことができた。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (17件) 図書 (5件)

  • [雑誌論文] Within-host Co-evolution of gag P453L and protease D30N/N88D demonstrates virological advantage in a highly protease inhibitor-exposed HIV-1 case2011

    • 著者名/発表者名
      Shibata J, Sugiura W, Ode H, Iwatani Y, Sato H, Tsang H, Matsuda M, Hasegawa N, Ren F, Tanaka H
    • 雑誌名

      Antiviral Res

      巻: 90 ページ: 33-41

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Within-host co-evolution of Gag P453L and protease D30N/N88D demonstrates virological advantage in a highly protease inhibitor-exposed HIV12011

    • 著者名/発表者名
      Shibata J, Sugiura W, Ode H, Iwatani Y, Sato H, Tsang H, Matsuda M, Hasegawa N, Ren F, Tanaka H
    • 雑誌名

      Antiviral Res

      巻: 90 ページ: 33-41

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nano-sized bacterial magnetic particles displaying pyruvate phosphate dikinase for pyrosequencing2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshino T, Nishimura T, Mori T, Suzuki S, Kambara H, Takeyama H, Matsunaga T
    • 雑誌名

      Biotechnol. Bioeng

      巻: 11 ページ: 130-137

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nano-sized bacterial magnetic particles displaying pyruvate phosphate dikinase for pyrosequencing2009

    • 著者名/発表者名
      T.Yoshino, T.Nishimura, T.Mori, S.Suzuki, H.Kambara, H.Takeyama, T.Matsunaga
    • 雑誌名

      Biotechnol.Bioeng 103

      ページ: 130-137

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A stable human progesterone receptor expressing HeLa reporter cell line as a tool in chemical evaluation at the different cell-cycle phases2009

    • 著者名/発表者名
      T.Mori, M.Murata, T.Yoshino, S.Nakasono, F.Saito, H.Takeyama, T.Matsunaga
    • 雑誌名

      Toxicol.Lett. 186

      ページ: 123-129

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Density Microcavity Array for Cell Detection : Single-Cell Analysis of Hematopoietic Stem Cells in Peripheral Blood Mononuclear Cells2009

    • 著者名/発表者名
      M.Hosokawa, A.Arakaki, M.Takahashi, T.Mori, H.Takeyama, T.Matsunaga
    • 雑誌名

      Anal.Chem 81

      ページ: 5308-5313

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Development of a capillary-plate-based digital counting system for single-cells and its application in HIV analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Motoomi Suzuki, Tetsushi Mori, Haruko Takeyama, et al
    • 学会等名
      German-Japanese Joint Symposium for Diamond Researchers on Sustainable Life Science Innovation
    • 発表場所
      ボン、ドイツ
    • 年月日
      2011-12-05
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Application of environmental genome resources and the single cell based technology2011

    • 著者名/発表者名
      Haruko Takeyama
    • 学会等名
      The 7th International Forum On Post-Genome Technologies
    • 発表場所
      重慶、中国(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Development of a capillary-plate-based digital counting system for single-cells and its application in HIV analysis2011

    • 著者名/発表者名
      Suzuki M, Mori T, Terahara K, Tsunetsugu-Yokota Y, Takeyama H
    • 学会等名
      German-Japanese Joint Symposium for Diamond Researchers on Sustainable Life Science Innovation and Biomedical Research
    • 発表場所
      Bonn, Germany
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Application of environmental genome resources and the single cell based technology2011

    • 著者名/発表者名
      Takeyama H
    • 学会等名
      The 7th International Forum On Post-Genome Technologies
    • 発表場所
      Chongqing, China
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 単一細胞内の分子定量に向けたキャピラリープレートPCR法の開発2011

    • 著者名/発表者名
      モリテツシ、鈴木基臣、岡村好子、竹山春子
    • 学会等名
      第63回日本生物工学会大会
    • 発表場所
      東京農工大学、東京
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Development of Single Template PCR Technology with Capillary Plate toward single-cell analysis2010

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Kambara H, Matsunaga T, Takeyama H.
    • 学会等名
      PACIFICHEM 2010
    • 発表場所
      アメリカ、ハワイ
    • 年月日
      2010-12-18
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 単一細胞内遺伝子発現デジタル解析に向けた1分子cDNAの検出2010

    • 著者名/発表者名
      岡村好子、神原秀紀、松永是、竹山春子
    • 学会等名
      第50回化学センサ研究発表会
    • 発表場所
      神奈川工科大学
    • 年月日
      2010-09-02
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 単一細胞解析に向けた同時並列個別増幅法の開発2010

    • 著者名/発表者名
      岡村好子, 神原秀紀, 松永是, 竹山春子
    • 学会等名
      日本化学会第90春季年会
    • 発表場所
      大阪・近畿大学
    • 年月日
      2010-03-27
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Development of Single Template PCR Technology with Capillary Plate toward single-cell analysis2010

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Kambara H, Matsunaga T, Takeyama H
    • 学会等名
      PACIFICHEM 2010
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 単一細胞内遺伝子発現デジタル解析に向けた1分子cDNAの検出2010

    • 著者名/発表者名
      岡村好子、神原秀紀、松永是、竹山春子
    • 学会等名
      第50回化学センサ研究発表会
    • 発表場所
      神奈川工科大学、神奈川県
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Challenge for single cell analysis from microbes to mammalian cells2010

    • 著者名/発表者名
      Takeyama H
    • 学会等名
      7th Joint Symposium between Waseda University and the University of Bonn
    • 発表場所
      Bonn, Germany
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Development of single template amplification and product immobilization with single bead trap array2009

    • 著者名/発表者名
      岡村好子, 竹山春子, 白井正敬, 梶山智晴, 神原秀記, 松永是
    • 学会等名
      Asia Pacific Biochemical Engineering Conference 2009
    • 発表場所
      Kobe, Japan
    • 年月日
      2009-11-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] パイロシークエンスに向けた1分子cDNA増幅集積技術の開発2009

    • 著者名/発表者名
      岡村好子・竹山春子・白井正敬・梶山智晴・神原秀記・松永是
    • 学会等名
      第3回日本化学会関東支部大会
    • 発表場所
      東京・早稲田大学
    • 年月日
      2009-09-03
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Within-host coevolution of Gag P453L and protease D30N/N88D demonstrates virological advantage in a highly protease inhibitor-exposed HIV-1 case2009

    • 著者名/発表者名
      柴田潤子、杉浦亙
    • 学会等名
      10th Annual Symposium on Antiviral Drug Resistance
    • 発表場所
      Richmond, USA
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] Within-host coevolution of Gag P453L and protease D30N/N88D demonstrates virological advantage in a highly protease inhibitor-exposed HIV-1 case2009

    • 著者名/発表者名
      柴田潤子、杉浦亙
    • 学会等名
      第23回日本エイズ学会学術集会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] Development of single template amplification and product immobilization on a single bead2009

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Shirai M, Kajiyama T, Kambara H, Matsunaga T, Takeyama H
    • 学会等名
      The 6th International Forum On Post-Genome Technologies
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] パイロシークエンスに向けた1分子cDNA増幅集積技術の開発2009

    • 著者名/発表者名
      岡村好子、竹山春子、白井正敬、梶山智晴、神原秀記、松永是
    • 学会等名
      第3回日本化学会関東支部大会
    • 発表場所
      東京都
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] マイクロ流体デバイスのバイオ計測への応用「ナノ融合による先進バイオデバイス」2011

    • 著者名/発表者名
      竹山春子、モリテツシ、庄子習一
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] マイクロ流体デバイスのバイオ計測への応用「ナノ融合による先進バイオデバイス」民谷栄一監修2011

    • 著者名/発表者名
      竹山春子、モリテツシ、庄子習一
    • 総ページ数
      9
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] 一細胞からのmRNAをデジタル計測するための要素技術開発:「シングルセル解析の最前線」2010

    • 著者名/発表者名
      竹山春子, 岡村好子, 吉野知子, 神原秀記
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 一細胞からのmRNAをデジタル計測するための要素技術開発:「シングルセル解析の最前線」)(松永是・神原秀記・植田充美監修)2010

    • 著者名/発表者名
      竹山春子, 岡村好子, 吉野知子, 神原秀記
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] シングルセル解析の最前線(第4章第1節を担当)2010

    • 著者名/発表者名
      竹山春子, 岡村好子, 吉野知子, 神原秀記
    • 総ページ数
      286
    • 出版者
      シーエムシー
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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