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光環境を受容するフィトクロム遺伝子群のゲノム進化がもたらす多様性形成機構の解析

研究課題

研究課題/領域番号 21370036
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関京都大学

研究代表者

瀬戸口 浩彰  京都大学, 大学院・人間・環境学研究科, 准教授 (70206647)

研究分担者 長谷 あきら  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (40183082)
藤井 紀行  熊本大学, 大学院・自然科学研究科, 准教授 (40305412)
池田 啓  東京大学, 国立科学博物館, 研究員 (70580405)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
2011年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2010年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2009年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
キーワード進化 / 適応 / フィトクロム / 光環境 / アブラナ科 / マメ科 / 花成 / 環境適応 / 周極高山植物 / 系統地理 / ミヤマタネツケバナ / 環境応答 / Cardamine / phyE / 高山植物
研究概要

(1)アブラナ科ミヤマタネツケバナにおけるPHYE遺伝子の南北間分化を比較した。PHYE遺伝子を単離して、クローニングを進め、高機能高変異性を示すN末端側をクローニングすることができた。この構築されたプラスミドは、大腸菌に形質転換することでタンパク質を合成する機能を持つ。
(2)緯度に応じて開花応答性が大きく異なるマメ科ミヤコグサで、光受容遺伝子群の分化を検証した。PHYA, PHYB, PHYEにおいて多数の非同義的置換が産地間にあり、そのアミノ酸置換の多くはGAFドメインなどの機能中枢に偏在していた。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 11件) 学会発表 (14件) 図書 (3件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Evolution of an alpine endemic plant at the arctic-alpine range periphery following Pleistocene climatic oscillations2012

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Carlsen, T., Fujii, N., Brochmann, C, Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      New Phytologist

      巻: 194 号: 2 ページ: 583-594

    • DOI

      10.1111/j.1469-8137.2012.04061.x

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Polymorphismof DNA sequences of crypto chrome genes is not associated with the photoperiodic flowering of wild soybean along a latitudinal cline2012

    • 著者名/発表者名
      Ishibashi, N., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: (in press) 号: 4 ページ: 483-488

    • DOI

      10.1007/s10265-011-0470-6

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Population fragmentation caused randomly fixed genotype in each population of Arabidopsis kamchatica in the Japanese archinelago2012

    • 著者名/発表者名
      Higashi, H., Ikeda, H., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: 125 号: 2 ページ: 223-233

    • DOI

      10.1007/s10265-011-0436-8

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular evolution of crypto chrome genes and the evolutionary manner of photoreceptor genes in Card amine nipponica2011

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H., Fujii N., Setoguchi H
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: 124 号: 1 ページ: 85-92

    • DOI

      10.1007/s10265-010-0361-2

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular evolution of cryptochrome genes and the evolutionary manner of photoreceptor genes in Cardamine nipponica(Brassicaceae).2011

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H., Setoguchi H.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: 124 ページ: 85-92

    • NAID

      10027701713

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Natural selection on PHYE by latitude in the Japanese archipelago : insight from locus specificphylogeographic structure in Arcterica nana2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H., Setoguchi H
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: 19 号: 13 ページ: 2779-2791

    • DOI

      10.1111/j.1365-294x.2010.04700.x

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and habitat diversification of the genus Farfugium(Asteraceae) based on nuclear rDNA and plastid DNA2010

    • 著者名/発表者名
      Nomura, N., Takaso, T., et al
    • 雑誌名

      Annals of Botany

      巻: 106 号: 3 ページ: 467-482

    • DOI

      10.1093/aob/mcq139

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Local adaptation along with latitude shaped the locus specific geographic structure on PHYE of Arcterica nana(Ericaceae)2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H., Setoguchi H.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

      巻: 19 ページ: 2779-2791

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic structure of lowland and highland ecotypes of Arabidopsis halleri ssp.gemmifera(Brassicacese)on Mt Ibuki.2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Setoguchi, H.Morinaga, S.
    • 雑誌名

      Acta Phytotaxonomica et Geobotanica

      巻: 61 ページ: 21-26

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Local adaptation along with latitude shaped the locus specific geographic structure on PHYE of Arcterica nana (Ericaceae)2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H., Setoguchi H.
    • 雑誌名

      Molecular Ecology

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular evolution of cryptochrome genes and the evolutionary manner of photoreceptor genes in Cardamine nipponica (Brassicaceae)2010

    • 著者名/発表者名
      Ikeda H., Fujii N., Setoguchi H.
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

    • NAID

      10027701713

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of the isolation with migration model demonstrated the intraspecific vicariancehistory within Japanese endemic alpine plant2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Fujii, N., Setoguchi, H
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 26 号: 10 ページ: 2207-2216

    • DOI

      10.1093/molbev/msp128

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Molelular evolution of phytochromes in Cardamine nipponica(Brassicaceae) suggests the involvement of PHYE in local adaptation2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Fujii, N., Setoguchi, H
    • 雑誌名

      Genetics

      巻: 182 号: 2 ページ: 615-622

    • DOI

      10.1534/genetics.109.102152

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Isolation with migration model demonstrated the intraspecific vicariance history within Japanese endemic alpine plant, Cardamine nipponica Franch. et Savat. (Brassicaceae)2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Fujii, N., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 26

      ページ: 2207-2216

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molelular evolution of phytochromes in Cardamine nipponica (Brassicaceae) suggests the involvement of PHYE in local adaptation2009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda, H., Fujii, N., Setoguchi, H.
    • 雑誌名

      Genetics 182

      ページ: 615-622

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ミヤコグサの開花時期変異とこれを制御する遺伝子群の多型:種内の進化をもたらす機構2012

    • 著者名/発表者名
      呉ハナ・川口正代司・原田久也・瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物分類学会第11回大会
    • 発表場所
      大阪学院大学
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] ツガザクラにおける核遺伝子と葉緑体の矛盾した地理構造2012

    • 著者名/発表者名
      池田啓
    • 学会等名
      日本植物分類学会第11回大会
    • 発表場所
      大阪学院大学
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 進化を続ける植物たち:環境適応と植物の種内分化2011

    • 著者名/発表者名
      瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      首都大学東京バイオコンフェレンス
    • 発表場所
      首都大学東京国際交流会館大ホール
    • 年月日
      2011-11-11
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 進化を続ける植物たち:環境適応と植物の種内分化2011

    • 著者名/発表者名
      瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      首都大学東京バイオコンフェレンス
    • 発表場所
      首都大学東京(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-11
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 更新世の気候変動に伴う遺伝子浸透:Cardaminebellidifolia によるミヤマタネツケバナ(Cardamine nipponica)への一方向性遺伝子浸透2011

    • 著者名/発表者名
      池田啓, Lars Erik Johannessen, 藤井紀行, Christian Brochmann, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第74回大会
    • 発表場所
      中部大学(愛知県春日井市)
    • 年月日
      2011-09-10
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 日本におけるダイズ野生種ツルマメのクリプトクロム遺伝子の分子進化2011

    • 著者名/発表者名
      石橋宣史・瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第75回大会
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 日本産ミヤコグサにおける開花特性と光受容体遺伝子群の多型.2011

    • 著者名/発表者名
      呉ハナ, 立石庸一, 長谷あきら, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第75回大会
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] コメバツガザクラ(ツツジ科)の系統地理とPHYE遺伝子における自然選択2011

    • 著者名/発表者名
      池田啓, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物分類学会第9回大会
    • 発表場所
      愛知教育大学
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 日本におけるダイス野生種ツルマメのクリプトクロム遺伝子の分子進化2011

    • 著者名/発表者名
      石橋宣史・瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第75回大会
    • 発表場所
      東京大学(駒場キャンパス)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] コメバツガザクラ (ツツジ科) の系統地理とPHYE遺伝子における自然選択2010

    • 著者名/発表者名
      池田啓, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物分類学会第9回大会
    • 発表場所
      愛知教育大学
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ミヤマタネツケバナ(Card amine nipponica)における青色光受容体CRY遺伝子の系統地理2009

    • 著者名/発表者名
      池田啓, 藤井紀行, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第73回大会
    • 発表場所
      山形大学
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular evolution of phytochromes in Cardaminenipponica(Brassicaceae) suggests the involvement of PHYE in local adaptation2009

    • 著者名/発表者名
      池田啓, 藤井紀行, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      12th Congress European Society for Evolutionary Biology
    • 発表場所
      Turin, Italy
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular evolution of phytochromes in Cardamine nipponica (Brassicaceae) suggests the involvement of PHYE in local adaptation2009

    • 著者名/発表者名
      池田啓, 藤井紀行, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      12th Congress European Society for Evolutionary Biology
    • 発表場所
      Turin, Italy
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ミヤマタネツケバナ (Cardamine nipponica) における青色光受容体CRY遺伝子の系統地理2009

    • 著者名/発表者名
      池田啓, 藤井紀行, 瀬戸口浩彰
    • 学会等名
      日本植物学会第73回大会
    • 発表場所
      山形大学
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] 日本の固有植物-国立科学博物館叢書11巻2011

    • 著者名/発表者名
      瀬戸口浩彰(分担執筆)
    • 総ページ数
      503
    • 出版者
      東海大学出版会
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 高山植物学.高山環境と植物の総合科学-2009

    • 著者名/発表者名
      藤井紀行, 池田啓, 瀬戸口浩彰
    • 総ページ数
      445
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 増沢武弘編集 : 高山植物学-高山環境と植物の総合科学-2009

    • 著者名/発表者名
      藤井紀行, 池田啓, 瀬戸口浩彰
    • 総ページ数
      445
    • 出版者
      共立出版
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://web.mac.com/setoguchi_labo/iWeb/Site/Welcome.html

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://web.mac.com/setoguchi_labo/iWeb/Site/Welcome.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://web.mac.com/setoguchi_labo/iWeb/Site/Welcome.html

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

URL: 

公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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