Ndxファミリー酵素の加水分解反応に共役するプロトン移動のその場観察

• 研究課題/領域番号: 21370049
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 大阪市立大学
• 研究代表者: 神谷 信夫 大阪市立大学, 大学院・理学研究科, 教授 (60152865)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 18,980千円 (直接経費: 14,600千円、間接経費: 4,380千円); 2011年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円); 2010年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2009年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
• キーワード: 中性子回折 / 4次元構造解析 / プロトン移動 / 加水分解酵素 / Ndxファミリー / 酵素反応のその場観察 / ADPRase

研究概要

Ndxファミリーに属するADPリボースピロリン酸分解酵素を対象に、その加水分解反応過程におけるプロトン移動をその場観察することを目標として、J-PARCの茨城県産業利用ビームラインの中性子回折計iBIxを利用した中性子回折実験を行い、時間分割解析の目標達成に向けた目処をたてた。

研究成果

• [雑誌論文] Crystallization and preliminary neutron diffraction studies of ADP-ribose pyrophosphatase-I from Thermus thermo philus HB8 (2012)
  • 著者名/発表者名: Nobuo Okazaki, Motoyasu Adachi, Taro Tamada, Kazuo Kurihara, Takushi Ooga, Nobuo Kamiiya, Seiki Kuramitsu and Ryota Kuroki
  • 雑誌名: Acta Cryst 巻: F68 ページ: 49-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary neutron diffraction studies of ADP-ribose pyrophosphatase-I from Thermus thermophilus HB8 (2012)
  • 著者名/発表者名: Nobuo Okazaki, Motoyasu Adachi, Taro Tamada, Kazuo Kurihara, Takushi Ooga, Nobuo Kamiiya, Seiki Kuramitsu, Ryota Kuroki
  • 雑誌名: Acta Cryst 巻: F68 号: 1 ページ: 49-52
  • DOI: 10.1107/s1744309111044551
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural and functional studies on Ycf12 (Psb30) and PsbZ deletion mutants from a thermophilic cyanobacterium (2010)
  • 著者名/発表者名: Takasaka, K., Iwai, M., Umena, Y., Kawakami, K., Ikeuchi, M., Kamiya, N., Shen, J.-R.
  • 雑誌名: BBA 巻: 1797 ページ: 278-284
  • 査読あり
• [雑誌論文] Location of chloride and its possible functions in oxygen-evolving photosystem II revealed by X-ray crystallography (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawakami, K., Umena, Y., Kamiya, N., Shen, J.-R.
  • 雑誌名: PNAS 106 ページ: 8567-8572
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a homolog of mammalian serine racemase from Schizosaccharomyces pombe (2009)
  • 著者名/発表者名: Goto, M., Yamauchi, T., Miyahara, I., Kamiya, N., Yoshimura, T., Hihara, H., Kurihara, T., Hirotsu, K., Esaki, N.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 284 ページ: 25944-25952
  • 査読あり
• [学会発表] ヌクレオチドα-βリン酸結合の加水分解におけるアトミックダイナミクス (2012)
  • 著者名/発表者名: 古池美彦,秋田友加,宮原郁子,神谷信夫
  • 学会等名: 日本結晶学会年会
• [学会発表] TtADPRaseの中性子回折に向けた結晶の大型化と構造解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小松勇介,古池美彦,宮原郁子,神谷信夫
  • 学会等名: 日本結晶学会年会
• [学会発表] 糖ヌクレオチドニリン酸結合加水分解酵素が制御する活性中心残基-Mn錯形成とプロトン移動の動的可視化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 古池美彦,秋田友加,宮原郁子,神谷信夫
  • 学会等名: 日本化学会第92回春期年会
• [学会発表] 糖ヌクレオチド二リン酸結合加水分解酵素が制御する活性中心残基-Mn錯形成とプロトン移動の動的可視化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 古池美彦、秋田友加、宮原郁子、神谷信夫
  • 学会等名: 日本化学会第92春期年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 好熱菌由来ADPリボースピロリン酸分解酵素の中性子結晶構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡暗伸生,安達基泰,大原高志,玉田太郎,栗原和男,大賀拓史,神谷信夫,倉光成紀,黒木良太
  • 学会等名: 日本結晶学会年会
• [学会発表] Protonation states of key residues observed during in situ ADPRase reaction (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiko Furuike, Yuka Akita, Ikuko Miyahara, and Nobuo Kamiya
  • 学会等名: XXII Congress and General Assembly International Union of Crystallography
  • 発表場所: Madrid, Spain
• [学会発表] Protonation states of key residues observed during in situ ADPRase reaction (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiko Furuike, Yuka Akita, Ikuko Miyahara, Nobuo Kamiya
  • 学会等名: XXII Congress and General Assembly, IUCr2011
  • 発表場所: Madrid, Spain
• [学会発表] 好熱菌由来ADPリボースピロリン酸分解酵素の中性子結晶構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡崎伸生, 安達基泰, 大原高志, 玉田太郎, 栗原和男, 大賀拓史, 神谷信夫, 倉光成紀, 黒木良太
  • 学会等名: 日本結晶学会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] ADPRaseの結晶相反応における水素とH+のその場観察-2,Zn反応過程におけるカルボキシル基のプロトン化状態とその変化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷信夫,秋田友加,神谷敏美,古池美彦,宮原郁子
  • 学会等名: 日本結晶学会年会
• [学会発表] 一過性反応の追跡が酵素学のパンドラの箱を開ける (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷信夫,結晶相
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会年会WS「古くて新しい酵素反応機構研究の進展」
• [学会発表] 高度好熱菌HB8由来ADPRのMn(II)依存性加水分解反応の時間分割X線結晶構造解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 古池美彦、秋田友加、秋吉由佳里、天野芳美、宮原郁子、神谷信夫
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会年会
• [学会発表] Time-Resolved Crystal Structure Analysis of Mn(II) Dependent Hydrolysis Reaction of ADP-Ribose Pyrophosphatase from Thermus thermophilus HB8 (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiko Furuike, Yuka Akita, Yukari Akiyoshi, Yoshimi Amano, Ikuko Miyahara, and Nobuo Kamiya
  • 学会等名: 3rd International Symposium on Diffraction Structural Biology (ISDSB 2010)
  • 発表場所: Paris, France
• [学会発表] Time-Resolved Crystal Structure Analysis of Mn(II)Dependent Hydrolysis Reaction of ADP-Ribose Pyrophosphatase from Thermus thermophilus HB8 (2010)
  • 著者名/発表者名: Y, Furuike, Y, Akita, Y, Akiyoshi, Y, Amano, I, Miyahara, N, Kamiya
  • 学会等名: ISDSB2010
  • 発表場所: パリ, フランス
• [学会発表] ADPRaseの結晶相反応における水素とH+のその場観察-2, Zn反応過程におけるカルボキシル基のプロトン化状態とその変化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷信夫, 秋田友加, 神谷敏美, 古池美彦, 宮原郁子
  • 学会等名: 結晶学会年会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] TtADPRaseの反応過程における水素とプロトンの追跡(1)高分解能X線構造解析と結晶の大型化の試み (2009)
  • 著者名/発表者名: 秋田友加,宮原郁子,神谷信夫
  • 学会等名: 日本結晶学会年会
• [学会発表] ADPリボースピロリン酸分解酵素の結晶相反応のその場観察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 神谷信夫
  • 学会等名: 2009年度酵素・補酵素研究会
• [学会発表] 高度好熱菌由来ADPリボースピロリン酸分解酵素:Mg(II)のソーキングにより開始した結晶相反応のその場観察 (2009)
  • 著者名/発表者名: 神谷信夫・秋吉由佳里・甲斐健太郎・中川紀子・倉光成紀・宮原郁子
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] TtADPRaseの反応過程における水素とプロトンの追跡 (1)高分解能X線構造解析と結晶の大型化の試み (2009)
  • 著者名/発表者名: 秋田友加, 宮原郁子, 神谷信夫
  • 学会等名: 日本結晶学会
  • 発表場所: 大阪
• [産業財産権] 中性子・X線・レーザー融合化計測装置 (2012)
  • 発明者名: 石山新太郎, 神谷信夫
  • 権利者名: 石山新太郎, 神谷信夫
  • 産業財産権番号: 2012-050882
  • 出願年月日: 2012-03-07