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自然言語処理に基づく薬物代謝ネットワークと化合物間相互作用の網羅的情報解析

研究課題

研究課題/領域番号 21390008
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 物理系薬学
研究機関京都大学

研究代表者

山下 富義  京都大学, 大学院・薬学研究科, 准教授 (30243041)

研究分担者 伊藤 貴之  お茶の水女子大学, 大学院・人間文化創成科学研究科, 准教授 (80401595)
連携研究者 馮 春来  京都大学, 大学院・薬学研究科, 教務補佐員 (40456835)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円)
2011年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2010年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2009年度: 8,840千円 (直接経費: 6,800千円、間接経費: 2,040千円)
キーワード薬物代謝 / 薬物間相互作用 / 自然言語処理 / テキストマイニング / 構造活性相関 / 自然言語解析 / インシリコ予測 / ネットワーク解析 / 薬物相互作用
研究概要

薬物代謝は医薬品の有効性および安全性に深く関わり,その阻害や誘導は多剤併用時に生じる薬物間相互作用の原因となっている。薬物間相互作用の予測を行うためには,単に薬物代謝酵素のみならず,その活性や発現を制御する生体ネットワーク全体を包括的に理解することが必要となる。本研究では,自然言語処理を利用したテキストマイング技術を開発し,これを利用して薬物代謝酵素やその発現を制御する生体分子と化合物との相互作用に関する情報を収集した。さらに,得られた情報を元に,包括的な構造活性相関解析を実施した。本研究で得られた情報は,安全な医薬品の開発を目指した創薬分子設計に有益な情報を提供するものと期待される。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (13件) 図書 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structure-Activity Relationship Modeling for Predicting Interactions with Pregnane X Receptor by Recursive Partitioning2012

    • 著者名/発表者名
      Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Takayuki Itoh, Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      巻: 27 号: 5 ページ: 506-512

    • DOI

      10.2133/dmpk.DMPK-11-RG-159

    • NAID

      130004463279

    • ISSN
      1347-4367, 1880-0920
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Automated information extraction and structure-activity relationship analysys of cytochrome P450 substrates2011

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Chunlai Feng, Shuya Yoshida, Takayuki Itoh and Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 51 号: 2 ページ: 378-385

    • DOI

      10.1021/ci100334z

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel multi-dimensional visualization technique for understanding the design parameters of drug formulations2009

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Takayuki Itoh, Shuya Yoshida, Mohammad K. Haidar and Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Computers & Chemical Engineering

      巻: 34 ページ: 1306-1311

    • NAID

      120002511244

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DDS機能設計と開発における先端解析技術 インシリコ薬物動態予測2009

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 雑誌名

      Pharm Tech Japan

      巻: 25(13) ページ: 90-93

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] In Silico Pharmacokinetics : from QSAR to PK Modeling2012

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      1st HD Physiology International Symposium : Integrative Multi-level Systems Biology for In silico Cardiology and Pharmacokinetics
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 年月日
      2012-01-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Chemoinformatic Modeling for Discriminating Pregnane X Receptor Activators2012

    • 著者名/発表者名
      Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      1st HD Physiology International Symposium : Integrative Multi-level Systems Biology for In silico Cardiology and Pharmacokinetics
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] In Silico Prediction of Pregnane X Receptor Activators by Classification Tree Model2011

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Shuya Yoshida, and Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      The 8th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京都)
    • 年月日
      2011-12-01
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] In Silico Prediction of Pregnane X Receptor Activators by Classification Tree Model2011

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Shuya Yoshida, Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      The 8th AFMC International Medicinal Chemistry Symposiun
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京都)
    • 年月日
      2011-12-01
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Techniques for ADME Screening2011

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Data Mining and Visualization
    • 学会等名
      Spring International Convention of The Pharmaceutical Society of Korea
    • 発表場所
      Busan Exhibition and Convention Center(Busan)
    • 年月日
      2011-04-22
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Techniques for ADME Screening2010

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Data Mining and Visualization
    • 学会等名
      FIP Pharmaceutical Sciences World Congress
    • 発表場所
      The Ernest N. Morial Convention Center(New Orleans)
    • 年月日
      2010-11-17
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Data mining and visualization techniques for ADME screening2010

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      FIP Pharmaceutical Sciences 2010 World Congress in association with the AAPS Annual Meeting and Exposition
    • 発表場所
      Ernest N.Morial Convention Center(New Orleans, USA)(招待講演)
    • 年月日
      2010-11-13
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] CYP-化合物間相互作用情報のテキストマイニングと構造活性相関解析2010

    • 著者名/発表者名
      吉田秀哉, 山下富義, 橋田充
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第25回年会
    • 発表場所
      大宮ソニックシティ(埼玉県)
    • 年月日
      2010-10-08
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] CYP-化合物間相互作用情報のテキストマイニングと構造活性相関解析2010

    • 著者名/発表者名
      吉田秀哉
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第25年会
    • 発表場所
      大宮ソニックシティ(埼玉県)
    • 年月日
      2010-10-07
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Automated knowledge acquisition and structure-activity relationship analysis regarding cytochrome P450 metabolism2010

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Chunlai Feng, Shuya Yoshida, Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      18th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
    • 発表場所
      The Rodos Palace International Convention Centre(Rhodes)
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Automated knowledge acquisition and structure-activity relationship analysis regarding cytochrome P450 metabolism2010

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Chunlai Feng, Shuya Yoshida, Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      18th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships
    • 発表場所
      Rhodes Palace Hotel(ギリシア)
    • 年月日
      2010-09-20
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 構造活性相関法に基づくin slico薬物動態予測2010

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 学会等名
      日本薬学会第130年会
    • 発表場所
      岡山コンベンションセンター(岡山県)
    • 年月日
      2010-03-30
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] コンピュータを利用した薬物動態評価・予測の方法論2009

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 学会等名
      第2回ファーマコメトリクス研究会
    • 発表場所
      昭和大学 上條講堂(東京都)
    • 年月日
      2009-09-05
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] In silicoによるバイオアベイラビリティの予測,薬物の消化管吸収予測研究の最前線,(杉山雄一監修)2010

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 出版者
      メディカルドゥ
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 薬物体内動態とDDS機能のコンピュータシミュレーション,図解で学ぶDDS(橋田充監修,高倉喜信編)2010

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 出版者
      じほう
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://dds.pharm.kyoto-u.ac.jp/Dds_Home/index.htm

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書

URL: 

公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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