タンパク質機能知識の発見のための異種データハイブリッドマイニング

• 研究課題/領域番号: 21500139
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 知能情報学
• 研究機関: 神戸大学
• 研究代表者: 大川 剛直 神戸大学, 大学院・システム情報学研究科, 教授 (30223738)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2011年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円); 2009年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
• キーワード: 知識発見 / データマイニング / バイオインフォマティクス / バイオデータ処理 / 情報抽出

研究概要

タンパク質の三次元構造データ、タンパク質間相互作用や代謝関係を表現したネットワークデータ、タンパク質構造解析について記述した文献などのテキストデータを相互に活用するデータマイニング手法を提案した。これにより、タンパク質機能部位の予測、文献からの機能情報の抽出、利用者の意図を考慮した類似文献検索、生体機能の観点からの生物系統知識の発見など、タンパク質機能に関する各種知識の発見を可能とした。

研究成果

• [雑誌論文] Interaction site prediction by structural similarity to neighboring clusters in protein-protein interaction networks (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Monji, Satoshi Koizumi, Tomonobu Ozaki, and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol.12(Suppl 1)
  • NAID: 40017032110
  • 査読あり
• [雑誌論文] A method for supporting retrieval of articles on protein structure analysis considering users' intention (2011)
  • 著者名/発表者名: Riku Kyogoku, Ryo Fujimoto, Tomonobu Ozaki, and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: Vol.12(Suppl 1)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 定量的アイテム集合付き単一グラフからの頻出パターンマイニング (2011)
  • 著者名/発表者名: 三好裕樹, 尾崎知伸, 江口浩二, 大川剛直
  • 雑誌名: 人工知能学会論文誌 巻: Vol.26, No.1 ページ: 284-296
  • NAID: 130000455377
  • 査読あり
• [雑誌論文] A method to extract sentences containing protein function information with training data extension based on user's feedback (2010)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Miyanishi, Tomonobu Ozaki, and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 巻: Vol.3 ページ: 82-90
  • NAID: 130000418487
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Method to identify protein names with iterative extension of training data set (2010)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Miyanishi, Tomonobu Ozaki, and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: Proceedings of the 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology(BICoB-2010) ページ: 178-183
  • 査読あり
• [雑誌論文] 内部および外部重みを考慮した頻出部分グラフマイニング (2010)
  • 著者名/発表者名: 信田正樹, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌:データベース 巻: Vol.3, No.2 ページ: 1-12
  • NAID: 110007990078
  • 査読あり
• [雑誌論文] A comparative analysis of metabolic pathways based on metabolic steady states (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuta Ashida, Tomonobu Ozaki, and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 巻: Vol.2, No.4 ページ: 83-92
  • NAID: 130000140292
  • 査読あり
• [雑誌論文] Selection of effective sentences from a corpus to improve the accuracy of identification of protein names (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Miyanishi, Tomonobu Ozaki, and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 巻: Vol.2, No.4 ページ: 93-100
  • NAID: 130000140293
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Comparative Analysis of Metabolic Pathways Based on Metabolic Steady States (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuta Ashida, Tomonobu Ozaki, Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol.2, No.4 ページ: 83-92
  • NAID: 130000140292
  • 査読あり
• [雑誌論文] Selection of Effective Sentences from a Corpus to Improve the Accuracy of Identification of Protein Names (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazunori Miyanishi, Tomonobu Ozaki, Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol.2, No.4 ページ: 93-100
  • NAID: 130000140293
  • 査読あり
• [雑誌論文] 複合構造グラフからの頻出強相関パターン発見 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本翼, 三好裕樹, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌:データベース Vol.2, No.3 ページ: 53-66
  • NAID: 110007990054
  • 査読あり
• [雑誌論文] A method of extracting sentences containing protein function information from articles by iterative learning with feature update
  • 著者名/発表者名: Kazunori Miyanishi and Takenao Ohkawa
  • 雑誌名: Proceedings of the Ninth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics ページ: 10-10
  • 査読あり
• [学会発表] 文の接続関係を考慮した蛋白質構造解析文献からの相互作用記述文抽出方法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 京極陸, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会,第25回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学
• [学会発表] タンパク質の立体構造情報と類似部分グラフマイニングを利用した結合部位の自動抽出に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 文字宏之, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会,第25回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学
• [学会発表] 利用者の意図を考慮した概念的観点に基づく蛋白質構造解析文献検索手法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 麻生知希, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会,第25回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学
• [学会発表] 文の接続関係を考慮した蛋白質構造解析文献からの相互作用記述文抽出方法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 京極陸, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会第25回バイオ時報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学
• [学会発表] タンパク質の立体構造情報と類似部分グラフマイニングを利用した結合部位の自動抽出に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 文字宏之, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会第25回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学
• [学会発表] 利用者の意図を考慮した概念的観点に基づく蛋白質構造解析文献検索手法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 麻生知希, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会第25回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学
• [学会発表] Interaction site prediction by structural similarity to neighboring clusters in protein-protein interaction networks (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Monji, Satoshi Koizumi, Tomonobu Ozaki, Takenao Ohkawa
  • 学会等名: The 9th Asia-Pacific Bioinformatics Conference
  • 発表場所: Songdo Convensia, Incheon, (Korea)
• [学会発表] A method for supporting retrieval of articles on protein structure analysis considering users' intention (2011)
  • 著者名/発表者名: Riku Kyogoku, Ryo Fujimoto, Tomonobu Ozaki, Takenao Ohkawa
  • 学会等名: The 9th Asia-Pacific Bioinformatics Conference
  • 発表場所: Songdo Convensia, Incheon, (Korea)
• [学会発表] Mining interesting patterns and rules in a time-evolving graph (2011)
  • 著者名/発表者名: Yuuki Miyoshi, Tomonobu Ozaki, Takenao Ohkawa
  • 学会等名: International Conference on Data Mining and Applications
  • 発表場所: The Royal Garden Hotel, Kowloon, (Hong Kong)
• [学会発表] ユーザフィードバックに基づく訓練データ拡張を伴う蛋白質機能情報文抽出に関する研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮西一徳, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会,第23回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] 蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークにおける周辺クラスタとの立体構造類似度を考慮した相互作用部位予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小泉敏史, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 人工知能学会,第77回人工知能基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学
• [学会発表] 概念的類似度の更新に基づく観点を考慮した蛋白質構造解析文献の検索支援 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤本亮, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 人工知能学会,第77回人工知能基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学
• [学会発表] ユーザフィードバックに基づく訓練データ拡張を伴う蛋白質機能情報文抽出に関する研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮西一徳, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会第23回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 九州大学伊都キャンパス総合学習プラザ
• [学会発表] A Method to Identify Protein Names with Iterative Extension of Training Data Set (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮西一徳, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology
  • 発表場所: Sheraton Waikiki Hotel(USA)
• [学会発表] 蛋白質-蛋白質相互作用ネットワークにおける周辺クラスタとの立体構造類似度を考慮した相互作用部位予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小泉敏史, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 人工知能学会 第77回 人工知能基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学(北海道)
• [学会発表] 概念的類似度の更新に基づく観点を考慮した蛋白質構造解析文献の検索支援 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤本亮, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 人工知能学会 第77回 人工知能基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学(北海道)
• [学会発表] コーパスからの文選択による事例集合拡張に基づく蛋白質名判定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮西一徳, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会,第19回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 電気通信大学
• [学会発表] コーパスからの文選択による事例集合拡張に基づく蛋白質名判定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮西一徳, 尾崎知伸, 大川剛直
  • 学会等名: 情報処理学会 第19回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 電気通信大学(東京都)