各々のマイクロアレイによるエクソン毎の遺伝子発現データの絶対定量化技術の開発

• 研究課題/領域番号: 21500292
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 国立医薬品食品衛生研究所
• 研究代表者: 相崎 健一 国立医薬品食品衛生研究所, 毒性部, 第一室長 (40322086)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2010年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2009年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / ゲノミクス / アルゴリズム / 生体生命情報学 / マイクロアレイ

研究概要

エクソン用マイクロアレイを含め、mRNAの測定に関しての現状では相対的変動のみが把握可能である。これはスプライシングバリアント研究の障害となっているため、各エクソンの発現量を細胞一個あたりのコピー数として精密測定する方法を検討した。その結果、半特異的ハイブリダイゼーション(核酸配列の部分的一致によるクロスハイブリダイゼーションの一種)による誤差を排除する必要を見いだし、配列情報を基にin silicoで補正する基本理論を生成した。

研究成果

• [学会発表] Percellomeプロジェクト・オンライン解析システム (2011)
  • 著者名/発表者名: 相崎健一
  • 学会等名: 第38回日本トキシコロジー学会学術年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2011-07-13
• [学会発表] Percellome ProjectにおけるBioinformaticsの進展 (2011)
  • 著者名/発表者名: 相崎健一
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会応用システムバイオロジー研究会第3回応用システムバイオロジー研究会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2011-06-27
• [学会発表] Percellome ProjectにおけるBioinformaticsの進展 (2011)
  • 著者名/発表者名: 相崎健一
  • 学会等名: JSBi応用システムバイオロジー研究会第3回応用システムバイオロジー研究会
  • 発表場所: 福岡(招待講演)
  • 年月日: 2011-06-27
• [図書] Applications of Toxicogenomics in Safety Evaluation and Risk Assessment (2011)
  • 著者名/発表者名: DARRELL R. BOVERHOF
• [図書] Hormone-Disruptive Chemical Contaminants in Food (2011)
  • 著者名/発表者名: Ingemar Pongratz
• [図書] Applications of Toxicogenomics in Safety Evaluation and Risk Assessment (2011)
  • 著者名/発表者名: DARRELL R.BOVERHOF
  • 出版者: John Wiley & Sons, Inc.
• [図書] Hormone-Disruptive Chemical Contaminants in Food (2011)
  • 著者名/発表者名: Ingemar Pongratz
  • 出版者: Royal Society of Chemistry
• [備考]
  • URL: http://percellome.nihs.go.jp