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線虫の初期発生段階における遺伝子調節ネットワークの予測とシミュレーション

研究課題

研究課題/領域番号 21510214
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 ゲノム情報科学
研究機関筑波大学

研究代表者

真栄城 哲也  筑波大学, 図書館情報メディア系, 准教授 (30361356)

研究分担者 伊藤 將弘  立命館大学, 生命科学部, 准教授 (50388112)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2010年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2009年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワード線虫 / シミュレーション / マイクロアレイ / 遺伝子調節ネットワーク / 機能予測
研究概要

線虫C. elegansの最初の40分までの初期胚を対象に, ゲノムワイドな遺伝子発現の時系列データを10分間隔でDNAマイクロアレイを用いて計測した.そのデータを用いて, 超高速シミュレータStarpackを基盤とする予測システムによって, 初期胚における遺伝子調節ネットワークを予測した.

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2012 2011 2010 2009

すべて 学会発表 (20件)

  • [学会発表] 関係性に基づく表現と知識2012

    • 著者名/発表者名
      真栄城哲也
    • 学会等名
      SICE関係論的システム科学調査研究会
    • 発表場所
      滋賀
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 線虫の初期胚発生に関連する遺伝子ネットワークの推定2011

    • 著者名/発表者名
      岡野文香, 中山伸一, 伊藤將弘, 真栄城哲也
    • 学会等名
      情報処理学会第73回全国大会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Dynamic Network Analysisand Properties of Gene RegulatoryNetworks2011

    • 著者名/発表者名
      真栄城哲也
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Analysis of temporal expressiondata of C. elegans early embryo2011

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, S. Nakayama, K. Monobe, M. Ito
    • 学会等名
      18th International C. elegans Meeting, CDROM
    • 発表場所
      Los Angeles, USA
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Estimation of gene regulatory networks of C. elegans earlyembryo2011

    • 著者名/発表者名
      A. Okano, K. Monobe, S. Nakayama, M. Ito, T. Maeshiro
    • 学会等名
      18th International C. elegans Meeting, CDROM
    • 発表場所
      Los Angeles, USA
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Analysis of temporal expression data of C.elegans early embryo2011

    • 著者名/発表者名
      T.Maeshiro, S.Nakayama, K.Monobe, M.Ito
    • 学会等名
      18^<th> International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA (USA)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Estimation of gene regulatory networks of C.elegans early embryo2011

    • 著者名/発表者名
      A.Okano, K.Monobe, S.Nakayama, M.Ito, T.Maeshiro
    • 学会等名
      18^<th> International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      UCLA (USA)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A Design Method of Gene Regulatory Networks for Synthetic Wormbased on Gene Expression Data2011

    • 著者名/発表者名
      T.Maeshiro
    • 学会等名
      SSI2011
    • 発表場所
      国立オリンピック記念青少年総合センター(東京都)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Dynamic Network Analysis and Properties of Gene Regulatory Networks2011

    • 著者名/発表者名
      T.Maeshiro
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 線虫の初期胚発生に関連する遺伝子ネットワークの推定2011

    • 著者名/発表者名
      岡野, 中山, 伊藤, 真栄城
    • 学会等名
      情報処理学会第73回全国大会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Harmonic Pulse Analysis to detect biologically plausible gene regulatory networks2010

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, S. Nakayama
    • 学会等名
      SICE Annual Conference 2010
    • 発表場所
      Taipei, Taiwan
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] Cronus Two : Computer System for C. elegans GeneRegulatory Networks Research2010

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, S. Nakayama
    • 学会等名
      Proceedings of the 11th International Conference on Systems Biology
    • 発表場所
      Edingburgh, UK
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of partial gene regulatory network of C. elegans earlyembryo2010

    • 著者名/発表者名
      岡野文香, 中山伸一, 伊藤將弘, 真栄城哲也
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of partial gene regulatory network of C.elegans early embryo2010

    • 著者名/発表者名
      Okano, Nakayama, Ito, Maeshiro
    • 学会等名
      日本分子生物学会第33回年会
    • 発表場所
      神戸
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] CronusTwo : Computer System for C.elegans Gene Regulatory Networks Research2010

    • 著者名/発表者名
      Maeshiro, Nakayama
    • 学会等名
      11^<th> International Conference on Systems Biology
    • 発表場所
      Edinburgh, UK
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Information and structuralproperties of C. elegans generegulatory networks2009

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, S. Nakayama, M. Ito
    • 学会等名
      17th International C. elegans Meeting, CDROM
    • 発表場所
      UCLA USA
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Fitness function for evolutionary system to predict unknown gene regulatory networks2009

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, K. Shimohara, S. Nakayama
    • 学会等名
      ICROS-SICE International Joint Conference 2009
    • 発表場所
      Fukuoka, Japan
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Description of Worm Genes for HighSpeed Gene Regulatory Network Simulator2009

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, S. Nakayama
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Network Representation Model of Gene Regulatory Network with Multiple Viewpoints2009

    • 著者名/発表者名
      T. Maeshiro, S. Nakayama
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Information and structural properties of C.elegans gene regulatory networks2009

    • 著者名/発表者名
      真栄城哲也
    • 学会等名
      17^(th) International C.elegans Meeting
    • 発表場所
      Los Angeles, USA
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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