| 研究課題/領域番号 |
21510217
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
ゲノム情報科学
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| 研究機関 | 独立行政法人農業生物資源研究所 |
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研究代表者 |
末次 克行 独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫ゲノム研究ユニット, 主任研究員 (80533471)
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| 研究分担者 |
舟橋 啓 慶應義塾大学, 理工学部・生命情報学科, 准教授 (70324548)
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| 研究期間 (年度) |
2009 – 2011
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| 研究課題ステータス |
完了 (2011年度)
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| 配分額 *注記 |
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2011年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2010年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2009年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 情報工学 / 配列解析 / 並列処理 / ゲノム / GPGPU / バイオインフォマティクス |
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| 研究概要 |
本課題では、膨大な配列データの効率的な処理を目的とし、GPUを科学技術計算に用いるGeneral Purpose computation on Graphic Processing Unit(GPGPU)を使ったソフトウェア開発を行った。解析の計算量およびデータサイズから最適だと思われる実装を施すことで高いパフォーマンスを得ることが出来た。いくつかの配列解析アルゴリズムを実装した結果、SSEやマルチコアCPUを使った実装と比較して2桁以上の高速化を達成した。
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