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X線結晶解析・溶液散乱・MD計算の統合によるマルチドメインキチナーゼの構造と機能

研究課題

研究課題/領域番号 21570119
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関岩手医科大学

研究代表者

野中 孝昌  岩手医科大学, 薬学部, 教授 (30242457)

連携研究者 小島 正樹  東京薬科大学, 生命科学部, 教授 (90277252)
毛塚 雄一郎  岩手医科大学, 薬学部, 助教 (50397163)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2011年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2010年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2009年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワードタンパク質 / X線構造解析 / 蛋白質 / X線結晶構造解析 / X線溶液散乱 / 分子動力学計算 / キチナーゼ / 酵素反応 / 糖鎖 / 分子認識 / 生物物理
研究概要

糖質加水分解酵素ファミリー19に属するモジュラーキチナーゼであるCht2およびChiCのキチン結合ドメインと結晶性α-キチンの結合モデルを構築し、2つのキチナーゼの結合特異性の違いを示した。また、いずれのキチナーゼにおいても、ドメイン間リンカーにより、全長構造の伸長やドメイン配置への自由度がもたらされることが考えられた。これらの結果より、キチン結合ドメインによりキチンに結合し、活性ドメインがリンカーの長さにより許容される範囲内のキチン鎖を切断するという分解機構が予想された。
キチナーゼD活性ドメイン単独および阻害剤との複合体構造を決定、精密化した。阻害剤の結合により基質結合部位のループに構造変化が起こることを明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2012 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (8件)

  • [雑誌論文] Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle2010

    • 著者名/発表者名
      Kezuka, Y., Kojima, M., Mizuno, R., Suzuki, K., Watanabe, T. & Nonaka, T
    • 雑誌名

      X-ray scattering Proteins

      巻: 78 ページ: 2295-2305

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray cry stallography and small-angle X-ray scattering2010

    • 著者名/発表者名
      Kezuka, Y.
    • 雑誌名

      Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 78 ページ: 2295-2305

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 天然変性領域を含むタンパク質構造アンサンブルの構築2012

    • 著者名/発表者名
      関安孝、毛塚雄一郎、野中孝昌
    • 学会等名
      第6回岩手医科大学先端医療薬学研究センター講演会
    • 発表場所
      岩手医科大学矢巾キャンパス
    • 年月日
      2012-03-16
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 蛋白質のX線構造解析と応用2011

    • 著者名/発表者名
      野中孝昌
    • 学会等名
      第45回日本生体医工学会東北支部大会
    • 発表場所
      岩手医科大学循環器医療センター
    • 年月日
      2011-10-29
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 蛋白質のX線構造解析と応用2011

    • 著者名/発表者名
      野中孝昌
    • 学会等名
      第45回日本生体医工学会東北支部大会
    • 発表場所
      岩手医科大学循環器医療センター(招待講演)
    • 年月日
      2011-10-29
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 細菌キチナーゼキチン結合ドメインの結合特性の比較解析2010

    • 著者名/発表者名
      植村迪夫、丸屋良輔、山田伸明、原政司、池上貴久、毛塚雄一郎、野中孝昌、鈴木一史、渡邉剛志
    • 学会等名
      日本農芸化学会2010年度大会
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス
    • 年月日
      2010-03-29
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 細菌キチナーゼキチン結合ドメインの結合特性の比較解析2010

    • 著者名/発表者名
      植村迪夫
    • 学会等名
      日本農芸化学会2010年度大会
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス(東京都)
    • 年月日
      2010-03-29
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ファミリー19キチナーゼ活性ドメインの局所構造と分解生成物2009

    • 著者名/発表者名
      杉山真一、岡田真司、深溝慶、毛塚雄一郎、野中孝昌、鈴木一史、渡邉剛志
    • 学会等名
      第23回キチン・キトサンシンポジウム
    • 発表場所
      佐賀大学本庄キャンパス
    • 年月日
      2009-08-21
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イネクラスIキチナーゼ活性ドメインにおけるループ構造の機能解析2009

    • 著者名/発表者名
      渡邉剛志
    • 学会等名
      第23回キチン・キトサンシンポジウム
    • 発表場所
      佐賀大学本庄キャンパス(佐賀県)
    • 年月日
      2009-08-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Structural studies of a bacterial modular chitinase belonging to glycoside hydrolase family 192009

    • 著者名/発表者名
      Yuichiro Kezuka, Yoshikane Itoh, Jun Watanabe, Takeshi Watanabe, and Takamasa Nonaka
    • 学会等名
      JBS Biofrontier Symposium on Biochemistry of pH Homeostasis and Proton Circuit
    • 発表場所
      岩手医科大学矢巾キャンパス
    • 年月日
      2009-07-24
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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