自然免疫蛋白質の機能アノテーション

• 研究課題/領域番号: 21570169
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: スタンドレー ダーロン (STANDLEY Daron / DARON Standley) 大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任准教授 (00448028)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2011年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円); 2010年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円); 2009年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
• キーワード: Protein structure / protein function / threading / alignment / 多重配列アライメント / スレッディング / 構造モデリング / タンパク質の構造予想 / タンパク質の機能予想 / ウェブサーバー / 位置特異的スコアリングマトリクス / ホモロジー / タンパク質の構造予測 / タンパク質の機能予測 / ウェブサーバ / アライメント / アルゴリズム / タンパク質構造モデリング / 免疫反応 / RNase / 二重特異性キナーゼ / STAT3

研究概要

抄録なし

研究成果

• [雑誌論文] Modeling the alternative oxidase from the human pathogen Blastocystis using automated hybrid structural template assembly (2012)
  • 著者名/発表者名: Standley DM, van der Giezen M
  • 雑誌名: Research and Reports in Biochemistry 巻: 2 ページ: 1-8
• [雑誌論文] Protein loop modeling with optimized backbone potential functions (2012)
  • 著者名/発表者名: Liang S, Zhang C, Sarmiento J, Standley DM
  • 雑誌名: J Chem Theory Comput 巻: (in press)
• [雑誌論文] Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains by Their Amino Acid Content Using Idd Navigator (2011)
  • 著者名/発表者名: Patil A, Teraguchi S, Dinh H, Nakai K, Standley DM
  • 雑誌名: Pac Symp Biocomput 巻: 17 ページ: 164-175
• [雑誌論文] Bridging the gap between single-template and fragment based protein structure modeling using Spanner (2011)
  • 著者名/発表者名: Lis M, Kim T, Sarmiento J, Kuroda D, Dinh H, Kinjo AR, Devadas S, Nakamura H, Standley DM
  • 雑誌名: Immunome Research 巻: 7
• [雑誌論文] Protein side chain modeling with orientation-dependent atomic force fields derived by series expansions (2011)
  • 著者名/発表者名: Liang S, Zhou Y, Grishin N, Standley DM
  • 雑誌名: J COMPUT CHEM 巻: 32 ページ: 1680-1686
• [雑誌論文] Fast and accurate prediction of protein side-chain conformations (2011)
  • 著者名/発表者名: Liang S, Zheng D, Zhang C, Standley DM
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 2913-2914
• [雑誌論文] Protein loop selection using orientation-dependent force fields derived by parameter optimization (2011)
  • 著者名/発表者名: Liang S, Zhang C, Standley DM
  • 雑誌名: Proteins 巻: 79 ページ: 2260-2267
• [雑誌論文] Binding Energetics of Ferredoxin-NADP(+) Reductase with Ferredoxin and Its Relation to Function (2011)
  • 著者名/発表者名: Lee YH, Ikegami T, Standley DM, Sakurai K, Hase T, Goto Y
  • 雑誌名: ChemBioChem
• [雑誌論文] A mutation in the immunoproteasome subunit PSMB8 causes autoinflammation and lipodystrophy in humans (2011)
  • 著者名/発表者名: Kitamura A, Maekawa Y, Uehara H, Izumi K, Kawachi I, Nishizawa M, Toyoshima Y, Takahashi H, Standley DM, Tanaka K, et al
  • 雑誌名: J Clin Invest 巻: 121 ページ: 4150-4160
• [雑誌論文] Protein Data Bank Japan(PDBj): maintaining a structural data archive and resource description framework format (2011)
  • 著者名/発表者名: Kinjo AR, Suzuki H, Yamashita R, Ikegawa Y, Kudou T, Igarashi R, Kengaku Y, Cho H, Standley DM, Nakagawa A, Nakamura H
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 40 ページ: 453-460
• [雑誌論文] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Fernandez M, Kumagai Y, Standley DM, Sarai A, Mizuguchi K, Ahmad S
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 12 Suppl 13:S5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional characterization of protein domains common to animal viruses and mouse (2011)
  • 著者名/発表者名: Kinjo AR, Kumagai Y, Dinh H, Takeuchi O, Standley DM
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: 12 Suppl 3:S21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stochastic binary modeling of cells in continuous time as an alternative to biochemical reaction equations (2011)
  • 著者名/発表者名: Teraguchi S, Kumagai Y, Vandenbon A, Akira S, Standley DM
  • 雑誌名: Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys 巻: 84(6-1):062903
  • 査読あり
• [雑誌論文] FUNCTIONAL ANNOTATION OF INTRINSICALLY DISORDERED DOMAINS BY THEIR AMINO ACID CONTENT USING IDD NAVIGATOR (2011)
  • 著者名/発表者名: Patil A, Teraguchi S, Dinh H, Nakai K, Standley DM
  • 雑誌名: Pac Symp Biocomput 巻: 17 ページ: 164-175
  • 査読あり
• [雑誌論文] The IκB kinase complex regulates the stability of cytokine-encoding mRNA induced by TLR-IL-1R by controlling degradation of regnase-1. (2011)
  • 著者名/発表者名: Iwasaki H, Takeuchi O, Teraguchi S, Matsushita K, Uehata T, Kuniyoshi K, Satoh T, Saitoh T, Matsushita M, Standley DM, Akira S.
  • 雑誌名: Nat Immunol. 巻: 12 号: 12 ページ: 1167-1175
  • DOI: 10.1038/ni.2137
  • 査読あり
• [雑誌論文] Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology (2011)
  • 著者名/発表者名: Fleishman SJ, Standley DM, et al
  • 雑誌名: J Mol Biol 巻: 414(2) ページ: 289-302
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein Data Bank Japan (PDBj) : maintaining a structural data archive and resource description framework format (2011)
  • 著者名/発表者名: Kinjo AR, Suzuki H, Yamashita R, Ikegawa Y, Kudou T, Igarashi R, Kengaku Y, Cho H, Standley DM, Nakagawa A, Nakamura H
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 40(Database issue)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bridging the gap between single-template and fragment based protein structure modeling using Spanner (2011)
  • 著者名/発表者名: Lis M, Kim T, Sarmiento JJ, Kuroda D, Dinh HV, Kinjo AR, Amada K, Devadas S, Nakamura H, Standley DM
  • 雑誌名: Immunome Res 巻: 7(1) ページ: 1-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] A mutation in the immunoproteasome subunit PSMB8 causes autoinflammation and lipodystrophy in humans (2011)
  • 著者名/発表者名: Kitamura A, Maekawa Y, Uehara H, Izumi K, Kawachi I, Nishizawa M, Toyoshima Y, Takahashi H, Standley DM, Tanaka K, Hamazaki J, Murata S, Obara K, Toyoshima I, Yasutomo K.
  • 雑誌名: J Clin Invest 巻: 121 号: 10 ページ: 4150-4160
  • DOI: 10.1172/jci58414
  • 査読あり
• [雑誌論文] Binding energetics of ferredoxin-NADP+ reductase with ferredoxin and its relation to function (2011)
  • 著者名/発表者名: Lee YH, Ikegami T, Standley DM, Sakurai K, Hase T, Goto Y
  • 雑誌名: Chembiochem 巻: 12(13) 号: 13 ページ: 2062-70
  • DOI: 10.1002/cbic.201100189
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein side chain modeling with orientation-dependent atomic force fields derived by series expansions (2011)
  • 著者名/発表者名: Liang S, Zhou Y, Grishin N, Standley DM
  • 雑誌名: J Comput Chem 巻: 32(8) 号: 8 ページ: 1680-6
  • DOI: 10.1002/jcc.21747
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Teraguchi S, Patil A, Standley DM
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: S7 ページ: 11-11
• [雑誌論文] SeSAW balancing sequence and structural information in protein functional mapping (2010)
  • 著者名/発表者名: Standley DM, Yamashita R, Kinjo AR, Toh H, Nakamura H
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 26 ページ: 1258-1259
• [雑誌論文] The DBCLS BioHackathon : standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows (2010)
  • 著者名/発表者名: Katayama T, Arakawa K, Nakao M, Ono K, K. F A-K, Yamamoto Y, Aerts J, Aranda B, Barboza LH, Bonnal R, (+ 36 authors), Standley DM, (+ 10 authors)
  • 雑誌名: Journal of Biomedical Semantics 巻: 1
• [雑誌論文] Ab initio simulation of a 57-residue protein in explicit solvent reproduces the native conformation in the lowest free-energy cluster (2010)
  • 著者名/発表者名: Ikebe J, Standley DM, Nakamura H, Higo J
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 20 ページ: 187-196
• [雑誌論文] The DBCLS BioHackathon : standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows (2010)
  • 著者名/発表者名: Katayama T, Standley D
  • 雑誌名: Journal of Biomedical Semantics 巻: 21 ページ: 8-27
  • 査読あり
• [雑誌論文] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping (2010)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 26 ページ: 1258-1259
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Teraguchi S, Standley D
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 11 ページ: 2-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping (2010)
  • 著者名/発表者名: Standley DM, Yamashita R, Kinjo AR, Toh H, Nakamura H
  • 雑誌名: Bioinformatics (印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat3 (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto M, Standley DM, Takashima S, Saiga H, Okuyama M, Kayama H, Kubo E, Ito H, Takaura M, Matsuda T, et al
  • 雑誌名: J Exp Med 巻: 206 ページ: 2747-2760
• [雑誌論文] Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research (2009)
  • 著者名/発表者名: Schwede T, Sali A, Honig B, Levitt M, Berman HM, Jones D, Brenner SE, Burley SK, Das R, Dokholyan NV(+ 16 authors), Standley DM, (+ 5 authors)
  • 雑誌名: Structure 巻: 17 ページ: 151-159
• [雑誌論文] Zc3h12a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsushita K, Takeuchi O, Standley DM, Kumagai Y, Kawagoe T, Miyake T, Satoh T, Kato H, Tsujimura T, Nakamura H, Akira S
  • 雑誌名: Nature 巻: 458 ページ: 1185-1190
• [雑誌論文] Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A (2009)
  • 著者名/発表者名: Apostolov R, Yonezawa Y, Standley DM, Kikugawa G, Takano Y, Nakamura H
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 48 ページ: 5864-5873
• [雑誌論文] A single polymorphic amino acid on Toxoplasma gondii kinase ROP16 determines the direct and strain-specific activation of Stat3 (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto M, Standley DM, Takashima S, Saiga H, Okuyama M, Kayama H, Kubo E, Ito H, Takaura M, Matsuda T, Soldati-Favre D, Takeda K
  • 雑誌名: J Exp Med 206 ページ: 2747-2760
  • 査読あり
• [雑誌論文] Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research (2009)
  • 著者名/発表者名: Schwede T, et al. (23 authors), Standley DM, Stouch T, Vajda S, Vasquez M, Westbrook JD, Wilson IA
  • 雑誌名: Structure 17 ページ: 151-159
  • 査読あり
• [雑誌論文] Zc3h12a is an RNase essential for controlling immune responses by regulating mRNA decay (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsushita K, Takeuchi O, Standley DM, Kumagai Y, Kawagoe T, Miyake T, Satoh T, Kato H, Tsujimura T, Nakamura H, Akira S
  • 雑誌名: Nature 458 ページ: 1185-1190
  • 査読あり
• [雑誌論文] Membrane attachment facilitates ligand access to the active site in monoamine oxidase A (2009)
  • 著者名/発表者名: Apostolov R, Yonezawa Y, Standley DM, Kikugawa G, Takano Y, Nakamura H
  • 雑誌名: Biochemistry 48 ページ: 5864-5873
  • 査読あり
• [学会発表] Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains by Their Amino Acid Content Using IDD Navigator (2012)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: Pacific Symposium on Biocomputing
  • 発表場所: Hawaii, USA
  • 年月日: 2012-01-06
• [学会発表] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding sites in proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: Malaysia
  • 発表場所: Kuala Lumpur
  • 年月日: 2011-11-14
• [学会発表] Function prediction of structured and unstructured proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: China 5th China Medical Biotech Forum(CMBF-2011)
  • 発表場所: Beiing
  • 年月日: 2011-11-08
• [学会発表] A structural view of Innate immunity (2011)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: Dana-Farber Cancer Institute
  • 発表場所: Cancer Vaccine Center, USA
• [学会発表] Restrained docking of protein molecular surfaces (2010)
  • 著者名/発表者名: Daron M.Standley
  • 学会等名: Department of Chemistry Colloquium
  • 発表場所: Columbia Univ.
  • 年月日: 2010-11-08
• [学会発表] Restrained docking of protein molecular surfaces (2010)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: Department of Chemistry
  • 発表場所: New York, USA : Columbia Univ
• [学会発表] An introduction to protein-protein docking II (2009)
  • 著者名/発表者名: Daron M.Standley
  • 学会等名: Ochanomizu Univ. Predictive Biology lecture series
  • 発表場所: お茶の水大学
  • 年月日: 2009-11-11
• [学会発表] Functional Annotation using SeSAW (2009)
  • 著者名/発表者名: Daron M.Standley
  • 学会等名: MEI Center lecture series
  • 発表場所: 大阪大学中の島センター
  • 年月日: 2009-11-07
• [学会発表] An introduction to protein-protein docking II (2009)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: Predictive Biology lecture series
  • 発表場所: Tokyo, Japan : Ochanomizu Univ
• [学会発表] Functional Annotation using SeSAW (2009)
  • 著者名/発表者名: Standley DM
  • 学会等名: MEI Center lecture series
  • 発表場所: Osaka, Japan
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/pipeline5/
• [備考]
  • URL: http://www.ifrec.osaka-u.ac.jp/jpn/laboratory/systemsimmunology/index.php
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/sfas/
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/SeSAW/
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/MSThread/
• [備考]
  • URL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/cgi-bin/spanner