核磁気共鳴の緩和分散法を利用した酵素活性部位の遷移状態の構造解析

• 研究課題/領域番号: 21570170
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 池上 貴久 大阪大学, 蛋白質研究所, 准教授 (20283939)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2011年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2010年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2009年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
• キーワード: 核磁気共鳴 / NMR / 遷移状態 / induced-fit / 構造解析 / CPMG / 緩和分散 / 残余双極子相互作用

研究概要

キチナーゼを、Pf1-ファージとアクリルアミドゲルを配向剤として用い、静磁場中で配向させ、残余双極子相互作用値(RDC)を測定し、これらを使った系が有効であることを実証した。さらに、この配向状態での緩和分散法の適用法を開発するため、構造交換していることが確実な複合体の系を用いた。これらのstoichiometryを変えると、RDCの値も複合体の比率に依存して変わることを確認した。

研究成果

• [雑誌論文] Binding Energetics of Ferredoxin-NADP^+ Reductase with Ferredoxin and Its Relation to Function (2011)
  • 著者名/発表者名: Lee, Y. H., Ikegami, T., Standley, D. M., Sakurai, K., Hase, T., and Goto, Y.
  • 雑誌名: Chembiochem 巻: 12 ページ: 2062-2070
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain (2010)
  • 著者名/発表者名: Kaieda, S., Matsui, C., Mimori-Kiyosue, Y., and Ikegami, T.
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 49 ページ: 5143-5153
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-Homology 3 domain. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kaieda, S., Matsui, C., Mimori-Kiyosue, Y., Ikegami, T.
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 49 ページ: 5143-5153
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and functional characterization of Vibrio parahaemolyticus therm ostable direct hemolysin(TDH). (2010)
  • 著者名/発表者名: Yanagihara, I., Kaieda, S., Ikegami, T., Hashimoto.H., et al.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 285 ページ: 16267-16274
  • 査読あり
• [雑誌論文] Immunogenicity of whole-parasite vaccines against Plasmodium falciparum involves malarial hemozoin and host TLR9. (2010)
  • 著者名/発表者名: Coban, C., Yagi, M., Ikegami, T., Ishii, K.J., Akira, S., et al.
  • 雑誌名: Cell Host Microbe 巻: 7 ページ: 50-61
  • 査読あり
• [雑誌論文] A robust approach to calculate entropy change based on density functional theory in the energy representation (2009)
  • 著者名/発表者名: Yokogawa, D. and Ikegami, T.
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 131 ページ: 221101-221101
  • 査読あり
• [雑誌論文] Arabidopsis Tic62 and ferredoxin-NADP(H) oxidoreductase form light-regulated complexes that are integrated into the chloroplast redox poise (2009)
  • 著者名/発表者名: Benz, J.P., Stengel, A., Lintala, M., Lee, Y.H., Weber, A., Philippar, K., Gugel, I.L., Kaieda, S., Ikegami, T., Mulo, P., Soll.J., Bolter.B
  • 雑誌名: Plant Cell 21 ページ: 3965-3983
  • 査読あり
• [雑誌論文] A robust approach to calculate entropy change based on density functional theory in the energy representation (2009)
  • 著者名/発表者名: Yokogawa, D., Ikegami, T.
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 131 ページ: 221101-221104
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unusual thermal disassembly of the SPFH domain oligomer from Pyrococcus horikoshii (2009)
  • 著者名/発表者名: Kuwahara, Y., Unzai, Nagata, T., Hiroaki, Y., Yokoyama, H., Matsui, I., Ikegami, T., Fujiyoshi, Y., Hiroaki, H.
  • 雑誌名: Biophysical Journal 97 ページ: 2034-2043
  • 査読あり
• [学会発表] Is the interaction site with SH2 domains really well-known several residues including phosphotyrosine alone? (2012)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 9^<th> Japan-Korea Bilateral Symposium on Biological NMR
  • 発表場所: 北海道大学Conference Hall
  • 年月日: 2012-03-16
• [学会発表] ダイナミクスを利用したさまざまなNMR相互作用解析法の紹介 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 第43回ワークショップ「計算科学とNMRの融合に向けて」
  • 発表場所: 理化学研究所横浜研究所交流棟ホール
  • 年月日: 2012-02-06
• [学会発表] ダイナミクスを利用したさまざまなNMR相互作用解析法の紹介 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: よこはまNMR構造生物学研究会
  • 発表場所: 理化学研究所横浜研究所(招待講演)
  • 年月日: 2012-02-06
• [学会発表] 核磁気共鳴の測定や解析の実際 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 熊本大学特別講演会
  • 発表場所: 熊本大学薬学教育部
  • 年月日: 2012-01-17
• [学会発表] NMRによる蛋白質と低分子リガンドとの相互作用の解析法 (2012)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: NMRによる蛋白-薬剤相互作用検出実験法
  • 発表場所: 蛋白質研究所
• [学会発表] Advantages and disadvantages of a high magnetic field NMR and <13>^C detection(高磁場NMRの利用・13C検出への期待) (2012)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 第13回RRR-workshop 2011/ 12
  • 発表場所: 首都大学東京秋葉原サテライトキャンパス
• [学会発表] 図で見る新しいNMR手法の原理 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: ISNMR2011チュートリアル講演
  • 発表場所: 横浜大桟橋ホール
  • 年月日: 2011-11-15
• [学会発表] 図で見る新しいNMR手法の原理 (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: ISNMR2011チュートリアル講演
  • 発表場所: 横浜大桟橋ホール(招待講演)
  • 年月日: 2011-11-15
• [学会発表] 950MHz-NMRマシンの性能を最大限に引き出すことを目指して (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 蛋白研セミナー
  • 発表場所: 大阪大学蛋白質研究所
  • 年月日: 2011-07-28
• [学会発表] タンパク質のNMR-13C検出への期待- (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 平成23年度日本分光学会NMR講習会
  • 発表場所: 東京大学薬学部西講義室(西館一階)
  • 年月日: 2011-07-20
• [学会発表] タンパク質のNMR-13C検出への期待- (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 日本分光学会NMR講習会
  • 発表場所: 東京大学薬学部(招待講演)
  • 年月日: 2011-07-20
• [学会発表] 蛋白質解析におけるNMRのより面白い活用法とは (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 日本生物物理学会北海道支部講演会
  • 発表場所: 北海道大学理学部
  • 年月日: 2011-02-24
• [学会発表] 950MHz-NMRマシンの性能を最大限に引き出すことを目指して (2011)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 蛋白研セミナー(先端的NMR拠点から生まれる新たな潮流:最新成果、役割、利用)
  • 発表場所: 蛋白質研究所
• [学会発表] Structural analysis of an SH3 domain that also interacts in the same recognition region with a sequence containing no proline-rich motif. (2010)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: Korea-Japan Bilateral Symposium on Protein Structure and Folding
  • 発表場所: ソウル大学薬学部,韓国(招待講演)
  • 年月日: 2010-11-26
• [学会発表] プロダクトオペレータの基礎(10hr)、プロダクトオペレータの発展(6hr) (2010)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 先導的若手NMRスペシャリスト育成プログラム(第一回研修会)
  • 発表場所: 琵琶湖リゾートクラブ
• [学会発表] Structural analysis of an SH3 domain that also interacts in the same recognition region with a sequence containing no proline-rich motif (2010)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: Korea-Japan Bilateral Symposium on Protein Structure and Folding
  • 発表場所: ソウル大学薬学部
• [学会発表] 950MHz-NMRの設置の経緯、現状、これからの方針 (2010)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 蛋白研セミナー「超高磁場が拓く生体系NMR :最新技術と応用」
  • 発表場所: 大阪大学蛋白質研究所講堂
• [学会発表] 蛋白質のNMR (2009)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 学会等名: 日本分光学会
  • 発表場所: 幕張メッセ国際会議場
  • 年月日: 2009-09-03
• [図書] 分光測定入門シリーズ第8巻 核磁気共鳴分光法 タンパク質のNMR (2009)
  • 著者名/発表者名: 池上貴久
  • 総ページ数: 42
  • 出版者: 講談社