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イオンチャネル活性制御などの分子生理学的問題の全原子シミュレーション計算解析

研究課題

研究課題/領域番号 21590241
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生理学一般
研究機関帝京大学

研究代表者

西澤 和久  帝京大学, 医療技術学部, 教授 (00260935)

研究期間 (年度) 2009 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2011年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2009年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
キーワード生体膜 / チャネル / トランスポーター / 脂質ラフト / 計算化学 / 脂質膜融合 / 分子動力学 / 分子シミュレーション / 構造生物化学 / 分子生物物理 / 自由エネルギー摂動法 / 脂質膜 / 膜ドメイン構造 / コレステロール / 膜融合 / 細胞内分子移動 / 膜ドメイン形成 / SNARE / イオンチャネル / カリウムチャネル
研究概要

分子動力学シミュレーション計算手法を、分子生理学で重要なKvチャネル開閉ダイナミクスに応用し、Kvチャネルの原子レベルの詳細での構造機能連関に関する情報を得た。また、曲率を有する脂質膜に脂質分子粗視化モデルを応用し、曲率の高い部分に自発曲率の高い脂質分子が集積することを示した。また、コレステロール依存性に形成される脂質ドメインが、膜曲率の影響のもとで形成される過程を示し、膜ドメイン形成と細胞内脂質分子ソーティング機構との関連を提案した。

報告書

(4件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 図書 (2件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Coarse-grained simulations of branched bilayer membranes-Effects of cholesterol-dependent phase separation on curvature-driven lipid sorting2011

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazuhisa Nishizawa
    • 雑誌名

      J Biophys Chem

      巻: 2 ページ: 268-284

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coarse-grained simulations of branched bilayer membranes-Effects of cholesterol-dependent phase separation on curvature-driven lipid sorting2011

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazuhisa Nishizawa
    • 雑誌名

      Journal of Biophysical Chemistry

      巻: 2 号: 03 ページ: 268-284

    • DOI

      10.4236/jbpc.2011.23032

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Curvature-driven lipid sorting : coarse-grained dynamics simulations of a membrane mimicking a hemifusion intermediate2010

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazuhisa Nishizawa
    • 雑誌名

      J Biophys Chem

      巻: 1 ページ: 86-95

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulation analyses of stalk-inducing effect of viral fusion peptides : importance of oblique orientation in membranes2010

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazuhisa Nishizawa
    • 雑誌名

      J Biophys Chem

      巻: 1 ページ: 19-32

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Curvature-driven lipid sorting : coarse-grained dynamics simulations of a membrane mimicking a hemifusion intermediate2010

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazuhisa Nishizaw
    • 雑誌名

      Journal of Biophysical Chemistry

      巻: 1 ページ: 86-95

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of Kv Channels and Gating-Modifier Peptide Toxins2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuhisa Nishizawa
    • 雑誌名

      Current Computer-Aided Drug Design

      巻: 5 ページ: 155-173

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupling of S4 helix Translocation and S6 Gating Analyzed by Molecular Dynamic Simulations of Mutated Kv channels2009

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazuhisa Nishizawa
    • 雑誌名

      Biophys J

      巻: 97 ページ: 90-100

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coupling of S4 helix Translocation and S6 Gating Aualysed2009

    • 著者名/発表者名
      Manami Nishizawa, Kazahisa Nishizawa
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 97

      ページ: 90-100

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Dymamic Simulations of Kuchaunels2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuhisa Nishzawa
    • 雑誌名

      Curr. Comput. Aided Drug Des 5

      ページ: 155-173

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [図書] Atomistic molecular simulation of gating modifier venom peptides-two binding modes and effects of lipid structure. In : Kamkin A(ed). Mechanosensitivity in Cells and Tissues 4 : Mechanosensitivity and Mechanotransduction2010

    • 著者名/発表者名
      Kazuhisa Nishizawa
    • 出版者
      Berlin, Springer
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] Mechanosensitivity of Cells and Tissues Mechanosensitivity and Mechanotransduction2010

    • 著者名/発表者名
      Kazuhisa Nishizawa
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://homepage3.nifty.com./~gene

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://homepage3.nifty.com./~gene

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://homepage3.nifty.com/~gene

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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