大規模集団に適応できる口腔内細菌叢解析システムの構築

• 研究課題/領域番号: 21592652
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 社会系歯学
• 研究機関: 日本大学
• 研究代表者: 中野 善夫 日本大学, 歯学部, 准教授 (80253459)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2011年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2010年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2009年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
• キーワード: 予防歯科学 / 細菌叢 / 16S rRNA / T-RFLP

研究概要

口腔内には常時数百種の細菌が存在している。これらの菌種の変動を効率良く解析するために制限酵素末端断片長解析法(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism ; T-RFLP)を用いて菌種のその割合の推定を計算するシステムの構築を行なった。T-RFLP法はピークの重なりがあって各菌種の割合を推定するのが難しいのが欠点であるが、それを乱数を用いたシミュレーションを繰り返すことで最適な計算結果を求めるMonte Carlo法を使って解決した。その解析を行なうための口腔内細菌および口腔内細菌と密接な関係のある腸内細菌の16S rRNAデータベースを構築した。

研究成果

• [雑誌論文] Discrimination of the oral microbiota associated with high hydrogen sulfide and methyl mercaptan production (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Takeshita, N. Suzuki, Y. Nakano, M. Yasui, M. Yoneda, Y. Shimazaki, T. Hirofuji, and Y. Yamashita
  • 雑誌名: Sci. Rep 巻: 2 ページ: 215-215
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discrimination of the oral microbiota associated with high hydrogen sulfide and methyl mercaptan production (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Takeshita
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 2 号: 1 ページ: 215-215
  • DOI: 10.1038/srep00215
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enteral tube feeding alters the oral indigenous microbiota in elderly adults (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Takeshita, M. Yasui, M. Tomioka, Y. Nakano, Y. Shimazaki, and Y. Yamashita
  • 雑誌名: Appl. Environ. Microbiol 巻: 77 ページ: 6739-6745
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enteral tube feeding alters the oral indigenous microbiota in elderly adults (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Takeshita
  • 雑誌名: Appl.Environ.Microbiol. 巻: 77 号: 19 ページ: 6739-6745
  • DOI: 10.1128/aem.00651-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of plausible bacterial compo-sition based on terminal restriction fragment length polymorphisms using a Monte Carlo method (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Nakano, T. Takeshita, M. Yasui, and Y. Yamashita
  • 雑誌名: Microb. Ecol 巻: 60 ページ: 365-373
  • 査読あり
• [雑誌論文] Relationship between oral malodor and the global composition of indigenous bacterial populations in saliv (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Takeshita, N. Suzuki, Y. Nakano, Y. Shimazaki, M. Yoneda, T. Hirofuji, and Y. Yamashita
  • 雑誌名: Appl. Environ. Microbiol 巻: 3 ページ: 2806-2814
  • 査読あり
• [雑誌論文] Relationship between oral malodor and the global composition of indigenous bacterial populations in saliva. (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Takeshita, N.Suzuki, Y.Nakano, 他4名
  • 雑誌名: Appl.Environ.Microbiol. 巻: 76 ページ: 2806-2814
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of plausible bacterial composition based on terminal restriction fragment length polymorphisms using a Monte Carlo method. (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Nakano, T.Takeshita, M.Yasui, Y.Yamashita.
  • 雑誌名: Microb.Ecol. 巻: 60 ページ: 364-373
  • 査読あり
• [学会発表] 塩化亜鉛溶液を用いた洗口による口腔常在フローラの変化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木奈央, 中野善夫, 畑野優子, 米田雅裕, 横瀬勝美, 桑田文幸, 廣藤卓雄
  • 学会等名: 日本歯科保存学会2011年度秋季学術大会(第135回)
  • 発表場所: 大阪億再交流センター(大阪府)
  • 年月日: 2011-10-20
• [学会発表] 塩化亜鉛溶液を用いた洗口による口腔常在フローラの変化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木奈央
  • 学会等名: 第135回日本歯科保存学会秋季学術大会
  • 発表場所: 大阪国際交流センター(大阪府)
  • 年月日: 2011-10-20
• [学会発表] 硫化水素およびメチルメルカプタン高産生口腔異常フローラの細菌構成 (2011)
  • 著者名/発表者名: 竹下徹, 鈴木奈央, 中野善夫, 米田雅裕, 廣藤卓雄, 山下喜久
  • 学会等名: 第53回歯科基礎医学会
  • 発表場所: 長良川国際会議場(岐阜県)
  • 年月日: 2011-10-01
• [学会発表] 塩化亜鉛溶液を用いた洗口による口腔内細菌叢の変化の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木奈央, 中野善夫, 畑野優子, 米田雅裕, 横瀬勝美, 桑田文幸, 廣藤卓雄
  • 学会等名: 第52回歯科基礎医学会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京都)
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] 塩化亜鉛溶液を用いた洗口による口腔内細菌叢の変化の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木奈央, 中野善夫, 畑野優子, 米田雅裕, 横瀬勝美, 桑田文幸, 廣藤卓雄
  • 学会等名: 第52回歯科基礎医学会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] 口腔内細菌叢解析による口臭予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中野善夫
  • 学会等名: 第43回日本無菌生物ノートバイオロジー学会総会
  • 発表場所: 日本大学歯学部(東京都)
  • 年月日: 2010-01-21
• [備考]
  • URL: http://trf-alignment.appspot.com
• [備考]
  • URL: http://trflp.info/trfmaw/
• [備考]
  • URL: http://trflp.info/trfmaw/