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オープンサイエンスの分析と基盤的ソフトウェアの構築

研究課題

研究課題/領域番号 21650018
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 メディア情報学・データベース
研究機関東京大学

研究代表者

萩谷 昌己  東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)

研究分担者 木賀 大介  東京工業大学, 総合理工学研究科, 准教授 (30376587)
研究期間 (年度) 2009 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
2010年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
2009年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
キーワードオープンサイエンス / 合成生物学 / 分子計算 / データベース / オントロジー
研究概要

本年度は,オープンサイエンスを志向した情報システム構築を行った.情報システムは,Media Wikiを拡張することによって構築されており,インターネットにアクセス可能なコンピュータであれば,自由に閲覧・編集できるようになっている.これを基盤システムとして,はじめに化学実験に関する情報を電子的に保管するためのテンプレートの作成を行った.実験の情報は,「Material Page」「Method Page」「Result Page」に分類され,相互に関連するページは整合性を保つようにリンク付けされる.
データは電子的に保存されているため,検索性に優れており,即座に必要な情報にアクセスすることが可能である.また,前述したように各種の情報は整合性を保つ形で保存されており,どの実験結果のデータからでも元となる原データや実験プロトコルに辿りつくことができる.つまり,traceabilityを備えている.
従来の実験系研究では,全てのデータは外部に非公開の実験ノートに記載されていたため,部外者は論文に記載されている一部のデータにしかアクセスできなかった.また,実験ノートにアクセスできたとしても,各々の流儀で書かれているために検索性や可読性,traceabilityに難があったが,本システムの導入により,これらの問題が解決され,実験系研究の進展が加速されることが期待される.
また,情報システムの構築に加えて,iGEMの部門賞「Information Processing」を受賞するなど,オープンサイエンス活動に様々な観点から貢献した.

報告書

(2件)
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] 人工遺伝子回路を設計する2011

    • 著者名/発表者名
      木賀大介
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 29 ページ: 1134-1139

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Construction of a genetic AND gate under a new standard for assembly of genetic parts2010

    • 著者名/発表者名
      Shotaro Ayukawa, Akio Kobayashi, Yusaku Nakashima, Hidemasa Takagi, Shogo Hamada, Masahiko Uchiyama, Katsuyuki Yugi, Satoshi Murata, Yasubumi Sakakibara, Masami Hagiya, Masayuki Yamamura, Daisuke Kiga.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 11(Supp14)

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 情報ど"生命"が創発しあう時代---合成生物学の背景にある知の力学2010

    • 著者名/発表者名
      萩谷昌己
    • 雑誌名

      科学

      巻: 80(7) ページ: 743-746

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Automatic Design of DNA Logic Gates Based on Kinetic Simulation2009

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya
    • 雑誌名

      DNA Computing and Molecular Programming : 15th International Conference, Lecture Notes in Computer Science 5877

      ページ: 88-96

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hybrid Method for Simulating Small-Number Molecular Systems2009

    • 著者名/発表者名
      Kazufumi Mizunuma, Masami Hagiya
    • 雑誌名

      Algorithmic Bioprocesses, Natural Computing Series

      ページ: 607-622

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Traceable and Sharable Database of Biological Experiments in Synthetic Biology2010

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Fumiaki Tanaka, Masami Hagiya
    • 学会等名
      International Conference on Bioinformatics 10
    • 発表場所
      Tokyo早稲田大学
    • 年月日
      2010-09-28
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 合成生物学の実験のためのトレース可能なデータベース2010

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 木賀大介, 有田正規, 田中文昭, 萩谷昌己
    • 学会等名
      細胞を創る研究会3.0
    • 発表場所
      東京大学生産技術研究所
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] DNAプログラミング~塩基配列設計からDNAナノ構造・分子デバイスの設計まで~2009

    • 著者名/発表者名
      田中文昭, 川又生吹, 萩谷昌己
    • 学会等名
      計測自動設計学会システム・情報部門学術講演会2009
    • 発表場所
      東工大
    • 年月日
      2009-11-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] DNA反応系の自動設計に向けたモデリングの拡張2009

    • 著者名/発表者名
      川又生吹,田中文昭,萩谷昌己
    • 学会等名
      計測自動設計学会システム・情報部門学術講演会2009
    • 発表場所
      東工大
    • 年月日
      2009-11-26
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] DNAロボットの自動設計に向かって2009

    • 著者名/発表者名
      萩谷昌己
    • 学会等名
      計測自動設計学会システム・情報部門学術講演会2009
    • 発表場所
      東工大
    • 年月日
      2009-11-25
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] DNA as a versatile programming language for nano-engineering2009

    • 著者名/発表者名
      田中文昭
    • 学会等名
      BIC-TA 2009
    • 発表場所
      Peking(China)
    • 年月日
      2009-10-17
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Toward Automatic Design of DNA Logic Gates and Devices2009

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 田中文昭, 萩谷昌己
    • 学会等名
      1st International Workshop on Bio-Design Automation
    • 発表場所
      San Fransisco(USA)
    • 年月日
      2009-07-27
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2016-04-21  

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