In-silico 創薬のための機械学習を用いた生理活性配座予測

• 研究課題/領域番号: 21680025
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 津田 宏治 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 主任研究員 (90357517)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 19,890千円 (直接経費: 15,300千円、間接経費: 4,590千円); 2012年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円); 2011年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2010年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2009年度: 8,450千円 (直接経費: 6,500千円、間接経費: 1,950千円)
• キーワード: 機械学習 / 生体分子 / 生理活性

研究概要

プロテインデータバンク(PDB)に登録されているタンパク質三次元構造の数が7万を超えるなど、利用できる三次元情報は、増加を続けている。これらのデータから、機能情報を抽出するため、 SketchSort という全ペア類似度検索アルゴリズムを開発し、 120 万個におよぶリガンド結合サイトに適用した。また、その結果を Possum というデータベースにまとめ、一般に公開した。

研究成果

• [雑誌論文] PoSSuM: a Database of Similar Protein-Ligand Binding and Putative Pockets (2012)
  • 著者名/発表者名: J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tsuda and K. Tomii
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 40 号: D1 ページ: D541-D548
  • DOI: 10.1093/nar/gkr1130
  • 査読あり
• [雑誌論文] PDB-scale Analysis of Known and Putative Ligand-binding Sites with Structural Sketches (2012)
  • 著者名/発表者名: J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tomii and K. Tsuda
  • 雑誌名: Proteins 巻: 80 号: 3 ページ: 747-763
  • DOI: 10.1002/prot.23232
  • 査読あり
• [雑誌論文] SlideSort: All Pairs Similarity Search for Short Reads (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Shimizu and K. Tsuda
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 号: 4 ページ: 464-470
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btq677
  • 査読あり
• [雑誌論文] SketchSort: Fast All Pairs Similarity Search for Large Databases of Molecular Fingerprints (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Tabei and K. Tsuda
  • 雑誌名: Molecular Informatics 巻: 30 号: 9 ページ: 801-807
  • DOI: 10.1002/minf.201100050
  • 査読あり
• [雑誌論文] SlideSort : All Pairs Similarity Search for Short Reads (2011)
  • 著者名/発表者名: Kana Shimizu, Koji Tsuda
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 464-470
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-Way Set Enumeration in Weight Tensors (2011)
  • 著者名/発表者名: Elisabeth Georgii, Koji Tsuda, Bernhard Schoelkopf
  • 雑誌名: Machine Learning 巻: 82 ページ: 123-155
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining Significant Substructure Pairs for Interpreting Polypharmacology in Drug-Target Network (2011)
  • 著者名/発表者名: Ichigaku Takigawa, Koji Tsuda, Hiroshi Mamitsuka
  • 雑誌名: Plos One 巻: 6
  • NAID: 120002949745
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reaction Graph Kernels Predict EC Numbers of Unknown Enzymatic Reactions in Plant Secondary Metabolism (2010)
  • 著者名/発表者名: H.Saigo, M.Hattori, H.Kashima, K.Tsuda
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 11, Suppl.1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Efficiently Finding Genome-wide Three-way Interactions from Transcript and Genotype-Data (2009)
  • 著者名/発表者名: M.Kayano, I.Takigawa, M.Shiga, K.Tsuda, H.Mamitsuka
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 2735-2743
  • 査読あり
• [雑誌論文] Submodularity Cuts and Applications (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Kawahara, K.Nagano, K.Tsuda, J.Bilmes
  • 雑誌名: Advances in Neural Information Processing Systems 22 ページ: 916-924
  • 査読あり
• [学会発表] Possum: A Database for Predicting Protein-Ligand Interactions (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Tomii, J. Ito, Y . Tabei, K. Shimizu, K.Tsuda
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 東京都、タワーホール船堀
  • 年月日: 2012-10-14
• [学会発表] Junichi Ito (2012)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Tomii
  • 学会等名: Koji Tsuda
  • 発表場所: 東京都、タワーホール船堀
• [備考]
  • URL: http://possum.cbrc.jp/PoSSuM/
• [備考]
• [備考]
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